PDB-5c2x: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwelli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c2x

タイトル

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwellia psychrerythraea (tetragonal form)

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Colwellia psychrerythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Dick, M. / Weiergraeber, O.H. / Pietruszka, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
著者: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J.

履歴

登録	2015年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c2x.cif.gz	198.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c2x.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c2x_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c2x_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	5c2x_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5c2x_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c5yC 5c6mC 1jclS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c5y-2 3npx-d 5c6m-2 3npw-d 4ao7-1 3q2d-d 5c5y-1 4hkk-d 6z9i-d 2x9x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (3)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.760, 103.760, 112.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- HOH

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase 分子量: 28330.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア) 遺伝子: deoC, CPS_1972 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q483R4, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 104.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, Lithium sulfate, TRIS buffer, triethanolamine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→47.15 Å / Num. obs: 29931 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.43 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 12.15 / Num. measured all: 207680

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.11-2.16		6.5	0.564	0.91	2.02	14244	2657	2185	0.986	82.2
2.16-2.22			0.678	0.742	2.49	14089	2563	2187	0.806	85.3
2.22-2.28			0.776	0.66	2.85	14077	2505	2144	0.715	85.6
2.28-2.35			0.835	0.567	3.39	14667	2429	2056	0.611	84.6
2.35-2.43			0.813	0.536	3.57	14192	2369	2015	0.578	85.1
2.43-2.52			0.883	0.439	4.27	13564	2296	1938	0.473	84.4
2.52-2.61			0.92	0.354	5.19	12788	2209	1857	0.382	84.1
2.61-2.72			0.947	0.284	6.38	11672	2145	1785	0.308	83.2
2.72-2.84			0.97	0.229	7.9	11883	2045	1700	0.247	83.1
2.84-2.98			0.981	0.182	10.01	11857	1967	1624	0.196	82.6
2.98-3.14			0.988	0.152	12.03	11310	1898	1549	0.163	81.6
3.14-3.33			0.994	0.108	16.25	10307	1759	1439	0.117	81.8
3.33-3.56			0.995	0.086	19.61	9103	1688	1355	0.093	80.3
3.56-3.84			0.997	0.061	27.23	9209	1569	1253	0.066	79.9
3.84-4.21			0.998	0.053	30.82	8545	1448	1146	0.057	79.1
4.21-4.71			0.998	0.044	36.93	7654	1327	1041	0.047	78.4
4.71-5.44			0.999	0.043	33.84	6104	1184	919	0.047	77.6
5.44-6.66			0.998	0.054	30.8	5803	1011	775	0.058	76.7
6.66-9.41			0.999	0.032	43.92	4317	809	611	0.034	75.5
	9.41		0.999	0.028	46.33	2295	489	352	0.03	72

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JCL

1jcl

解像度: 2.11→47.15 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2012	1497	5 %	Random selection
R_work	0.1606	28432	-	-
obs	0.1626	29929	82.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.68 Å² / B_iso mean: 34.08 Å² / B_iso min: 10.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.11→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3600	0	26	303	3929
B_iso mean	-	-	44.95	42	-
残基数	-	-	-	-	492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	5011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	652
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.015	1300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1051-2.173	0.2847	134	0.2365	2554	X-RAY DIFFRACTION	83
2.173-2.2507	0.2428	140	0.2091	2650	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2507-2.3408	0.2434	137	0.1916	2614	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3408-2.4474	0.2586	139	0.1951	2622	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4474-2.5764	0.2346	137	0.1858	2618	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5764-2.7378	0.2496	136	0.1744	2586	X-RAY DIFFRACTION	83
2.7378-2.9491	0.186	137	0.1659	2603	X-RAY DIFFRACTION	83
2.9491-3.2459	0.2291	135	0.1592	2557	X-RAY DIFFRACTION	82
3.2459-3.7154	0.175	133	0.1432	2536	X-RAY DIFFRACTION	81
3.7154-4.6803	0.1677	133	0.1176	2526	X-RAY DIFFRACTION	79
4.6803-47.1587	0.1652	136	0.1587	2566	X-RAY DIFFRACTION	76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8823	0.2251	-0.2088	1.8882	-0.1149	0.805	-0.0124	-0.0434	-0.072	0.0313	0.0257	0.0252	0.0613	-0.1263	-0.0168	0.2599	-0.0192	-0.0055	0.2606	0.012	0.1596	8.6825	1.987	14.1512
2	2.9468	0.1287	-0.9558	1.4537	-0.3327	1.4469	0.0591	-0.3077	0.0869	0.0609	-0.0868	-0.1758	-0.1015	0.2224	0.0274	0.2275	-0.0339	-0.0034	0.2138	0.03	0.2105	44.525	13.3589	18.0876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:301	A	2 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 2:301	B	2 - 301

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