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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c2m | ||||||
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タイトル | The de novo evolutionary emergence of a symmetrical protein is shaped by folding constraints | ||||||
要素 | Predicted protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | Tachylectin 2 / Tachylectin 2 / Tachylectin 2 superfamily / Tachylectin / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Mainly Beta / Predicted protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nematostella vectensis (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Smock, R.G. / Yadid, I. / Dym, O. / Clarke, J. / Tawfik, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: De Novo Evolutionary Emergence of a Symmetrical Protein Is Shaped by Folding Constraints. 著者: Smock, R.G. / Yadid, I. / Dym, O. / Clarke, J. / Tawfik, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c2m.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c2m.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c2m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28179.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g114158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7SDD2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.1M NaF, 0.05 M Bis-Tris propane pH 7.5, 10% polyethylene glycol 3,350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5417 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 19656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TL2 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.783 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.718 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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