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- PDB-5c2n: The de novo evolutionary emergence of a symmetrical protein is sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c2n
タイトルThe de novo evolutionary emergence of a symmetrical protein is shaped by folding constraints
要素Beta propeller
キーワードUNKNOWN FUNCTION / bladed beta propeller
機能・相同性Tachylectin 2 / Tachylectin 2 superfamily / Tachylectin / Beta propeller
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage L1 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Smock, R.G. / Yadid, I. / Dym, O. / Clarke, J. / Tawfik, D.S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: De Novo Evolutionary Emergence of a Symmetrical Protein Is Shaped by Folding Constraints.
著者: Smock, R.G. / Yadid, I. / Dym, O. / Clarke, J. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta propeller
B: Beta propeller
C: Beta propeller
D: Beta propeller
E: Beta propeller
F: Beta propeller
G: Beta propeller
H: Beta propeller
I: Beta propeller
J: Beta propeller
K: Beta propeller
L: Beta propeller
M: Beta propeller
N: Beta propeller
O: Beta propeller
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,01230
ポリマ－79,69415
非ポリマー3,31815
水9,008500
1
B: Beta propeller
D: Beta propeller
F: Beta propeller
H: Beta propeller
J: Beta propeller
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,67110
ポリマ－26,5655
非ポリマー1,1065
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Beta propeller
C: Beta propeller
E: Beta propeller
G: Beta propeller
I: Beta propeller
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,67110
ポリマ－26,5655
非ポリマー1,1065
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
K: Beta propeller
L: Beta propeller
M: Beta propeller
N: Beta propeller
O: Beta propeller
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,67110
ポリマ－26,5655
非ポリマー1,1065
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.219, 112.219, 107.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-215-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta propeller


分子量: 5312.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage L1 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UHM9*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M PCB buffer (2:1:2 ratio of sodium propionate, sodium cacodylate and Bis-Tris propane, pH 7) 12% polyethylene glycol 1,500.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 92166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 6.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.65→30.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.318 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24753 4637 5 %RANDOM
Rwork0.18613 ---
obs0.1893 87992 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.546 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.55 Å2-0 Å2
2---0.55 Å2-0 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→30.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5636 0 75 500 6211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.025926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.9628070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2233.02212027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7995689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.83623.866269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47415776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.0091515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.818311133
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.525144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.089511296
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 306 -
Rwork0.313 6505 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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