PDB-5c2g: GWS1B RubisCO: Form II RubisCO derived from uncultivated Gallione...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c2g

タイトル

GWS1B RubisCO: Form II RubisCO derived from uncultivated Gallionellacea species (CABP-bound).

要素

Form II RubisCO

キーワード

LYASE / RubisCO / hexamer / metagenomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallionella (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.597 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Varaljay, V.A. / Satagopan, S. / Tabita, F.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Functional metagenomic selection of ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from uncultivated bacteria.
著者: Varaljay, V.A. / Satagopan, S. / North, J.A. / Witte, B. / Dourado, M.N. / Anantharaman, K. / Arbing, M.A. / McCann, S.H. / Oremland, R.S. / Banfield, J.F. / Wrighton, K.C. / Tabita, F.R.

履歴

登録	2015年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c2g.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c2g.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c2g_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c2g_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5c2g_validation.xml.gz	113.2 KB	表示
CIF形式データ	5c2g_validation.cif.gz	142.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c2cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hk4-d 5hao-d 5hql-d 4lf2-d 5han-2 5hqm-1 5hjx-d 5han-1 4lf1-d 5hjy-d 5hat-1 5koz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Form II RubisCO

B: Form II RubisCO

C: Form II RubisCO

D: Form II RubisCO

E: Form II RubisCO

F: Form II RubisCO

ヘテロ分子

319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.380, 120.930, 161.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Form II RubisCO 分子量: 52712.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallionella (バクテリア) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0X1KHE5*PLUS
#2: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Crystals grew using a 1:1 ratio of protein to reservoir solution ...詳細: protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Crystals grew using a 1:1 ratio of protein to reservoir solution (160 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, 20% glycerol).

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Crystals grew using a 1:1 ratio of protein to reservoir solution ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年5月27日 / 詳細: VariMax optics

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.597→40.36 Å / Num. obs: 86719 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.73 Å² / R_merge F obs: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.243 / R_rim(I) all: 0.261 / Χ²: 0.87 / Net I/av σ(I): 9.18 / Net I/σ(I): 9.06 / Num. measured all: 661495

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.597-2.66		7.09	0.639	0.891	2.29	40560	6518	5718	0.96	87.7
2.66-2.74			0.757	0.765	2.9	47983	6340	6251	0.82	98.6
2.74-2.82			0.807	0.681	3.24	46541	6129	6049	0.73	98.7
2.82-2.9			0.849	0.571	3.8	45484	6013	5906	0.611	98.2
2.9-3			0.889	0.474	4.54	43842	5786	5695	0.507	98.4
3-3.1			0.915	0.409	5.32	42988	5663	5584	0.439	98.6
3.1-3.22			0.947	0.339	6.42	41063	5381	5347	0.364	99.4
3.22-3.35			0.956	0.29	7.64	39884	5216	5178	0.31	99.3
3.35-3.5			0.97	0.249	8.72	38074	4990	4953	0.266	99.3
3.5-3.67			0.977	0.212	10.19	36550	4787	4753	0.227	99.3
3.67-3.87			0.984	0.173	12.29	34677	4556	4531	0.186	99.5
3.87-4.11			0.99	0.148	14	32848	4316	4297	0.159	99.6
4.11-4.39			0.991	0.131	15.74	30847	4061	4041	0.14	99.5
4.39-4.74			0.992	0.119	16.98	28744	3760	3753	0.128	99.8
4.74-5.19			0.992	0.122	16.03	26859	3502	3498	0.131	99.9
5.19-5.81			0.989	0.151	13.11	24229	3162	3157	0.162	99.8
5.81-6.71			0.987	0.161	12.3	21527	2798	2799	0.172	100
6.71-8.21			0.995	0.109	17.37	17908	2355	2354	0.117	100
8.21-11.61			0.998	0.062	26.61	13635	1841	1838	0.066	99.8
	11.61		0.998	0.064	25.82	7252	1045	1017	0.068	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.597→40.358 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2219	4334	5 %	Random selection
R_work	0.1809	-	-	-
obs	0.183	86709	98.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.597→40.358 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21092	0	132	620	21844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	21752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	29483
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.784	7852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3066
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3885

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.597-2.6266	0.3484	114	0.2993	2175	X-RAY DIFFRACTION	77
2.6266-2.6574	0.3285	141	0.2571	2672	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6574-2.6898	0.3185	144	0.2494	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6898-2.7239	0.2951	143	0.2367	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7239-2.7597	0.2644	142	0.2249	2705	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7597-2.7975	0.2609	146	0.2259	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7975-2.8375	0.2876	145	0.2245	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8375-2.8798	0.2963	143	0.2297	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8798-2.9248	0.2706	143	0.212	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9248-2.9727	0.2485	145	0.2062	2752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9727-3.024	0.2461	144	0.2148	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.079	0.2474	146	0.2071	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
3.079-3.1382	0.2664	143	0.2015	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1382-3.2022	0.2314	147	0.2041	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2022-3.2718	0.2307	143	0.2007	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2718-3.3479	0.2464	147	0.1924	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3479-3.4315	0.2497	145	0.1883	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4315-3.5243	0.2232	147	0.1759	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5243-3.6279	0.2238	145	0.1719	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6279-3.7449	0.2022	146	0.1573	2783	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7449-3.8787	0.1891	146	0.1639	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8787-4.0338	0.1894	147	0.1503	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0338-4.2172	0.1707	146	0.151	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2172-4.4393	0.1586	147	0.1372	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4393-4.7171	0.1688	147	0.1345	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7171-5.0806	0.1632	148	0.1369	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0806-5.5907	0.1849	147	0.1548	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5907-6.3969	0.204	148	0.1718	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3969-8.049	0.1933	149	0.1621	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
8.049-40.363	0.2017	150	0.1576	2866	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9278	0.046	-0.1263	0.2815	0.1184	0.2565	0.0071	0.0179	-0.1178	0.0403	-0.0011	-0.0366	0.0254	0.029	-0.0069	0.2235	0.0108	-0.0044	0.1226	0.0213	0.2076	23.1176	-14.3902	68.1477
2	0.9857	0.0458	-0.1658	0.3575	-0.1098	0.4809	-0.0243	0.1899	-0.2823	-0.0311	0.025	-0.0293	0.1752	-0.0627	-0.0035	0.2373	-0.0254	-0.0193	0.2551	-0.0741	0.2411	10.2342	-28.7174	34.8827
3	0.8329	0.0204	-0.0714	0.4604	-0.0252	0.3704	0.009	-0.038	0.1312	0.0634	0.0239	0.0128	-0.07	0.0057	-0.0353	0.2347	-0.0122	0.0216	0.1198	0.002	0.2104	9.6318	9.6313	74.2837
4	0.6698	-0.1884	-0.1336	0.5121	-0.0869	0.4499	0.0959	0.1087	0.301	0.0078	-0.0278	-0.0176	-0.135	-0.0033	-0.0588	0.2656	0.006	0.0536	0.2045	0.0922	0.323	12.3636	34.8779	45.1209
5	0.601	0.1845	-0.2828	0.6152	0.0423	0.1107	0.0468	0.2864	0.1582	-0.1162	-0.0078	0.0651	-0.0555	-0.0935	-0.0263	0.2624	0.027	0.0154	0.4815	0.1347	0.2346	0.6606	24.1286	22.0534
6	0.3978	0.1625	-0.0942	0.4692	-0.0606	0.2851	0.005	0.2491	-0.0807	-0.0941	0.0186	-0.0197	0.0241	-0.0757	-0.022	0.2504	0.0093	-0.0059	0.4614	-0.0633	0.1801	15.814	-10.1678	13.282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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