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- PDB-5c1t: Crystal structure of the GTP-bound wild type EhRabX3 from Entamoe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c1t
タイトルCrystal structure of the GTP-bound wild type EhRabX3 from Entamoeba histolytica
要素Small GTPase EhRabX3
キーワードHYDROLASE / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases fold / Tandem GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / small monomeric GTPase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Srivastava, V.K. / Chandra, M. / Datta, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
JSPS-DST24590514 インド
SERB-DSTSB/YS/LS-120/2014 インド
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure Analysis of Wild Type and Fast Hydrolyzing Mutant of EhRabX3, a Tandem Ras Superfamily GTPase from Entamoeba histolytica.
著者: Srivastava, V.K. / Chandra, M. / Saito-Nakano, Y. / Nozaki, T. / Datta, S.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small GTPase EhRabX3
B: Small GTPase EhRabX3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1385
ポリマ－90,0672
非ポリマー1,0713
水1,11762
1
A: Small GTPase EhRabX3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5572
ポリマ－45,0341
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Small GTPase EhRabX3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5813
ポリマ－45,0341
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.965, 62.965, 312.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Small GTPase EhRabX3


分子量: 45033.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Entamoeba histolytica
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EhRabX3 / プラスミド: pET-28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NT25
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 200mM Ammonium sulphate, 100mM BisTris, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.692 Å / Num. obs: 16942 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 12.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.801→44.692 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3021 852 5.03 %
Rwork0.2631 --
obs0.2665 16942 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→44.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4084 0 65 62 4211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6811403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8046-2.98020.39621390.35612696X-RAY DIFFRACTION95
2.9802-3.21010.34221540.31342658X-RAY DIFFRACTION94
3.2101-3.53270.29931300.27532700X-RAY DIFFRACTION95
3.5327-4.0430.29921350.25212671X-RAY DIFFRACTION94
4.043-5.09030.24951420.22752656X-RAY DIFFRACTION94
5.0903-31.48450.32051500.26722672X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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