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- PDB-5c0x: Structure of a 12-subunit nuclear exosome complex bound to struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0x
タイトルStructure of a 12-subunit nuclear exosome complex bound to structured RNA
要素
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 2
  • RNA synthetic
キーワードhydrolase/RNA / hydrolase / RNA / nuclease / protein-RNA complex / hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing ...nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rRNA catabolic process / rRNA primary transcript binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / nonfunctional rRNA decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA metabolic process / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / mRNA processing / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / K Homology domain, type 1 / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / Large family of predicted nucleotide-binding domains / 3'-5' exonuclease / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / S1 domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 ...RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP6 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.812 Å
データ登録者Makino, D.L. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European CommissionERC 294371 ドイツ
European CommissionMarie Curie ITN RNPnet ドイツ
German Research FoundationSFB646, SFB1035, GRK1721, FOR1680, CIPSM ドイツ
Louis Jeantet ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
著者: Makino, D.L. / Schuch, B. / Stegmann, E. / Baumgartner, M. / Basquin, C. / Conti, E.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info ...pdbx_data_processing_status / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component SKI6
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome complex exonuclease DIS3
K: Exosome complex exonuclease RRP6
R: RNA synthetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,92113
ポリマ－495,85612
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50820 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area157830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.150, 177.390, 299.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP45 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP45, YDR280W, D9954.1 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q05636
#2: タンパク質 Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 27794.926 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP41 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: SKI6, ECM20, RRP41, YGR195W, G7587 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P46948
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 44109.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP43 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP43, YCR035C, YCR35C, YCR522 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25359
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 26913.988 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP46 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP46, YGR095C / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P53256
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29294.398 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP42 / Mutation: V138I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP42, YDL111C / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q12277
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27559.869 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component MTR3 / Mutation: T75S, M161T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: MTR3, YGR158C, G6676 / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P48240
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26875.668 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP40 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP40, YOL142W / プラスミド: pETMCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q08285
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39714.445 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component RRP4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP4, YHR069C / プラスミド: pECK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P38792
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 31911.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex component CSL4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CSL4, SKI4, YNL232W, N1154 / プラスミド: pETMCN-CDF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P53859

-
Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 JK

#10: タンパク質 Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 113983.898 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex exonuclease RRP44 / Mutation: D171N, D551N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: DIS3, RRP44, YOL021C, O2197 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#11: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 79649.438 Da / 分子数: 1 / 断片: Exosome complex exonuclease RRP6 / Mutation: D296N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R

#12: RNA鎖 RNA synthetic


分子量: 14046.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % / 解説: long needles
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7%(w/v) PEG 8000, 0.1M MES pH 6.5, 0.15M NaCl, 5%(v/v) Glycerol, 283K or 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.81→57.887 Å / Num. obs: 45806 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 159.59 Å2 / Rmerge F obs: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 4.83 / Num. measured all: 256794
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.81-4.21.80.6560.8430.6999321448454991.08138
4.2-4.50.760.7231.218160775463780.86682.3
4.5-50.7330.7451.8232448916787310.86395.2
5-5.50.8180.7762.2832470616261350.86299.6
5.5-60.8730.5633.1725627430742960.61899.7
6-6.20.9250.4533.998578134313410.49399.9
6.2-6.50.9440.4284.5511932173317320.46499.9
6.5-6.80.9620.3555.2410364144114410.382100
6.8-70.9680.3236.3371588378370.343100
7-7.20.9670.3296.5563177487480.35100
7.2-7.50.9710.2647.886209779770.281100
7.5-7.80.9860.2359.4986838208200.247100
7.8-80.9870.2149.9650165025020.225100
8-90.9940.15713.8321517185818580.164100
9-100.9950.12418.1114164118911890.13100
10-200.9950.10120.1531389288328810.10699.9
200.9790.09121.744194664410.09894.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IFD, 2HBJ

4ifd

2hbj


解像度: 3.812→57.887 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2996 2286 5 %Random selection
Rwork0.2947 43437 --
obs0.2949 45723 81.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 458.56 Å2 / Biso mean: 270.9274 Å2 / Biso min: 157.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.812→57.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27238 557 1 0 27796
Biso mean--298.46 --
残基数----3664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00428314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70438587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1710402
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8119-3.89480.4787390.452974478323
3.8948-3.98530.5143440.442181986325
3.9853-4.0850.4432840.43351591167548
4.085-4.19540.36441020.40721958206060
4.1954-4.31880.40271390.38932667280681
4.3188-4.45820.41171440.35412718286282
4.4582-4.61740.371590.32893021318091
4.6174-4.80220.34461670.33653167333496
4.8022-5.02070.35971640.32393126329095
5.0207-5.28520.37371750.3363313348899
5.2852-5.61610.32681750.322633263501100
5.6161-6.04930.32541740.343632973471100
6.0493-6.65720.32071760.326433593535100
6.6572-7.61870.31461770.304533673544100
7.6187-9.59170.24531800.240134093589100
9.5917-57.89390.23081870.241835553742100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88280.9275-1.33983.7621-1.58573.00690.0172-0.33140.4191-0.0973-0.035-0.5927-0.9580.2048-02.3625-0.0613-0.0591.9066-0.0121.956137.1508-10.0201-23.5391
25.5065-0.026-1.26074.0427-2.4228.74030.04791.1699-0.17120.18190.1097-0.5656-0.97241.37701.8146-0.1073-0.05842.8185-0.1082.079156.9644-30.5333-37.852
34.9594-2.55030.71785.205-0.6656.4331-0.24021.8740.1253-1.3008-0.3529-0.4626-0.0160.52802.1776-0.12740.05282.88650.01272.050516.048-39.1579-68.5569
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102.30870.51180.01173.13052.83353.5138-0.40440.44760.2640.8130.3492-0.2472-1.11961.1443-02.1993-0.1639-0.25922.59530.47212.418247.0523-34.2815-0.8739
11-0.1945-0.4259-0.31440.14840.2211-0.2263-0.6274-1.1654-0.6398-0.15850.4662-0.46920.3390.764203.76610.39670.04713.44820.2542.733324.1548-23.6501-39.1507
120.7747-1.1372-1.2121.58531.58181.48250.4133-0.1714-0.19863.2868-0.848-1.61590.04420.783-03.76910.1326-0.63532.9839-0.03813.812711.8988-63.2344-12.8075
134.0612-1.13111.38276.00110.06440.36131.2036-0.2949-0.9548-0.8512-1.1567-1.0282-0.10590.8414-0.00174.80420.2071-0.18044.4657-0.11614.291371.6626-86.7594-33.168
14-0.12810.10670.01782.1407-2.7532.05050.694-0.02983.28871.44460.30261.2495-1.72022.2130.01123.80380.05230.46613.16160.60964.877722.923425.9539-62.6001
151.8688-0.0919-1.95610.39270.53872.67230.2263-0.4319-1.3091.1190.69531.4877-1.08420.51380.00525.7839-0.51420.48822.12310.55864.326211.453347.1792-44.2613
16-0.0703-0.0305-0.2766-0.3289-0.1869-0.00684.55630.12880.9445-4.711-0.7431-0.8154-0.6349-0.43321.42117.7025-0.893-0.58534.84011.2945.426141.935358.6673-50.8237
176.51760.20772.7653.0372-1.79146.2071-0.58750.56230.696-0.02940.89970.5732-1.0453-0.7075-0.00332.08780.1938-0.07851.76590.40772.13988.1136-13.179-24.8089
181.89431.18540.30394.0315-0.52042.8471-0.05710.66030.2234-0.9195-0.0153-0.4625-0.1670.7877-02.2507-0.28280.25953.0192-0.04752.050745.4491-28.4707-63.2161
192.344-0.8709-0.62868.9652-0.71664.0346-0.63220.67980.5413-0.24050.47490.3588-0.4108-1.3778-02.0323-0.0239-0.36042.50410.39732.4007-2.1801-22.0168-54.6603
202.81620.9783-3.33012.3082-0.73174.4373-0.60530.2164-0.93120.17580.074-0.39641.59191.012302.3147-0.0689-0.11472.4070.08292.68293.7312-55.8822-28.5757
216.6096-1.1081.75716.7667-0.07798.3395-0.39910.02620.0970.01880.08450.30490.7915-1.3175-01.7613-0.23170.0392.5172-0.06492.345-17.4942-46.3078-34.7884
225.18130.4803-0.28140.0627-0.55680.00491.6433-2.0959-4.418-1.4868-1.3786-1.14821.68050.34160.04472.7845-0.38050.80092.8044-0.60372.24244.6456-44.8341-76.3704
230.077-0.56960.48060.2847-0.23180.310.4975-0.2453-0.2374-0.72890.47161.99542.1631-1.826703.59070.3511-0.44953.8608-0.89943.772448.3783-67.2796-62.2859
245.4227-1.07143.54040.7682-0.67274.9791-0.5225-0.2474-1.51640.15610.4351-0.38230.4099-0.279502.36660.3-0.14342.4991-0.07592.923433.0218-63.4348-40.7112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and ((resseq 124:291))CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2chain DD1 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3chain F and not (resid 5:23)F4 - 5
4X-RAY DIFFRACTION3chain F and not (resid 5:23)F23 - 248
5X-RAY DIFFRACTION4chain G and resid 62:150G62 - 150
6X-RAY DIFFRACTION5chain H and resid 50:102H50 - 102
7X-RAY DIFFRACTION6chain G and resid 1:61G1 - 61
8X-RAY DIFFRACTION7(chain K and resid 532:562) or (chain I and resid 1:114)K532 - 562
9X-RAY DIFFRACTION7(chain K and resid 532:562) or (chain I and resid 1:114)I1 - 114
10X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN J AND RESID 9:238) OR (CHAIN J AND RESID 1101)J9 - 238
11X-RAY DIFFRACTION8(chain J and resid 9:238) or (chain J and resid 1101)J1101
12X-RAY DIFFRACTION9(chain J and resid 491:909) or (chain R and resid -6:-1)J491 - 909
13X-RAY DIFFRACTION9(chain J and resid 491:909) or (chain R and resid -6:-1)R-6 - -1
14X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and ((resseq 151:238))G0
15X-RAY DIFFRACTION11chain 'R' and ((resseq -30:-20))R0
16X-RAY DIFFRACTION12chain 'R' and resid -44:-31R-44 - -31
17X-RAY DIFFRACTION13CHAIN K AND RESID 148:417k0
18X-RAY DIFFRACTION14chain 'J' and ((resseq 252:398))J0
19X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and ((resseq 399:490))J0
20X-RAY DIFFRACTION16(chain J and resid 910:1001)J910 - 1001
21X-RAY DIFFRACTION17chain BB1 - 244
22X-RAY DIFFRACTION18chain C or (chain F and resid 5:20)C0
23X-RAY DIFFRACTION19chain E or (chain H and resid 2:17)E0
24X-RAY DIFFRACTION20chain H and resid 103:195H103 - 195
25X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and ((resseq 196:356))H0
26X-RAY DIFFRACTION22chain K and resid 566:596K566 - 596
27X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and ((resseq 597:620))K0
28X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and ((resseq 124:291))I0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る