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万見
- PDB-5c0o: m1A58 tRNA methyltransferase mutant - Y78A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0o
タイトルm1A58 tRNA methyltransferase mutant - Y78A
要素tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
キーワードTRANSFERASE / TrmI / m1A
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA methylation / tRNA processing
類似検索 - 分子機能
: / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Degut, C. / Ponchon, L. / Folly-Klan, M. / Barraud, P. / Tisne, C.
引用ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2016
タイトル: The m1A58 modification in eubacterial tRNA: An overview of tRNA recognition and mechanism of catalysis by TrmI.
著者: Degut, C. / Ponchon, L. / Folly-Klan, M. / Barraud, P. / Tisne, C.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
F: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
G: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
H: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8869
ポリマ－114,1964
非ポリマー1,6905
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12630 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.540, 79.860, 184.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI / tRNA(m1A58)-methyltransferase / tRNA(m1A58)MTase


分子量: 28549.006 Da / 分子数: 4 / 変異: Y78A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: trmI, TT_C0244 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GBB2, tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: bent cylindrical mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→52.92 Å / Num. all: 34672 / Num. obs: 34672 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.354 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 6.559 / Net I/σ(I): 10.78 / Num. measured all: 139384
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.62-2.633.30.5391.41801255330.3460.539296
2.63-2.793.50.38121854853620.2370.3812.998.2
2.79-2.983.60.253.11820450980.1530.254.498.7
2.98-3.223.60.1465.11734648120.0890.1467.199.6
3.22-3.523.60.0997.31618444420.060.09910.499.8
3.52-3.943.60.06510.21470140560.0390.06514.599.9
3.94-4.553.60.05411.11289935820.0330.05417.599.8
4.55-5.573.50.05610.61070230740.0350.05618.399.6
5.57-7.883.40.068.8816124010.0380.0618.399.4
7.88-52.9233.30.04210.5462713920.0270.04221.798.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.02 Å52.92 Å
Translation7.02 Å52.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PWY

2pwy


解像度: 2.62→52.923 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
Rfactor反射数
Rfree0.2824 -
Rwork0.2352 -
obs-34672
原子変位パラメータBiso max: 141.57 Å2 / Biso mean: 41.1511 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→52.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7019 0 113 132 7264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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