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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bzr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule | ||||||
![]() | CD44 antigen | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Hyaluronan uptake and degradation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, L.K. / Finzel, B.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule 著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5bzcC ![]() 5bzeC ![]() 5bzfC ![]() 5bzgC ![]() 5bzhC ![]() 5bziC ![]() 5bzjC ![]() 5bzkC ![]() 5bzlC ![]() 5bzmC ![]() 5bznC ![]() 5bzoC ![]() 5bzpC ![]() 5bzqC ![]() 5bzsC ![]() 5bztC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16855.803 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 21-171 / 変異: H23M; Q24N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DMS / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-4XM / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG MME 5000, MES, (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.15→40.856 Å / Num. obs: 47806 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 162378 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 36.6 Å2 / Biso mean: 11.098 Å2 / Biso min: 2.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→40.856 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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