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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bzb | |||||||||
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タイトル | NavMs voltage-gated sodium channel pore and C-terminal domain | |||||||||
![]() | Ion transport protein![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Wallace, B.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of ion permeability in a voltage-gated sodium channel. 著者: Naylor, C.E. / Bagneris, C. / DeCaen, P.G. / Sula, A. / Scaglione, A. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A. #1: ![]() タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels. 著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W. / Wallace, B.A. #2: ![]() タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing. 著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 16836.502 Da / 分子数: 4 断片: navms pore and c-terminal domain, UNP residues 130-274 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: c-terminal is not visible in the electron density 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mmc1_0798 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-2CV / #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.77 % / 解説: flat plates |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1m na3citrate, 0.1m tris ph 8.0, 34% peg 400 / PH範囲: 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月27日 |
放射 | モノクロメーター: si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→57.81 Å / Num. all: 30179 / Num. obs: 30149 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 40.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3ZJZ 解像度: 2.7→57.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9003 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8265 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.51 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.314 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→57.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.79 Å / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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