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- PDB-5bza: Crystal structure of CbsA from Thermotoga neapolitana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bza
タイトルCrystal structure of CbsA from Thermotoga neapolitana
要素Beta-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / cbsA / Thermotoga / thermostable enzyme / beta-N-acetylglucosaminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-N-acetylglucosaminidase, C-terminal domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Ha, N.C. / Kim, J.S. / Yoon, B.Y.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase CbsA from Thermotoga neapolitana
著者: Kim, J.S. / Yoon, B.Y. / Ahn, J. / Cha, J. / Ha, N.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the beta-N-acetylglucosaminidase CbsA from Thermotoga neapolitana
著者: Yoon, B.Y. / Jiao, L. / Moon, H.R. / Cha, J. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
B: Beta-N-acetylhexosaminidase
C: Beta-N-acetylhexosaminidase
D: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,25937
ポリマ－210,5494
非ポリマー3,71033
水11,295627
1
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
B: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,18619
ポリマ－105,2752
非ポリマー1,91117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
2
C: Beta-N-acetylhexosaminidase
D: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,07318
ポリマ－105,2752
非ポリマー1,79916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area33280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.965, 158.965, 517.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質
Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 52637.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
遺伝子: cbsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AG27, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 1.0 M sodium acetate 0.05 M CdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 158414 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 9.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.002→39.741 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 2000 1.26 %
Rwork0.2379 --
obs0.2384 158344 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→39.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14032 0 33 627 14692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01314339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48519349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8345337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0023-2.05240.44221200.37189369X-RAY DIFFRACTION79
2.0524-2.10790.37911340.36910458X-RAY DIFFRACTION89
2.1079-2.16990.40781370.348910747X-RAY DIFFRACTION91
2.1699-2.23990.38131400.338810911X-RAY DIFFRACTION93
2.2399-2.320.35531400.313610997X-RAY DIFFRACTION93
2.32-2.41290.29031430.285811123X-RAY DIFFRACTION94
2.4129-2.52260.29971430.277111217X-RAY DIFFRACTION95
2.5226-2.65560.34241440.263411296X-RAY DIFFRACTION95
2.6556-2.8220.28421460.247811406X-RAY DIFFRACTION96
2.822-3.03980.25831480.232511526X-RAY DIFFRACTION97
3.0398-3.34550.25491480.214211591X-RAY DIFFRACTION97
3.3455-3.82930.24211500.190611713X-RAY DIFFRACTION98
3.8293-4.82320.21881510.164311792X-RAY DIFFRACTION98
4.8232-39.74910.21311560.190212198X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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