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- PDB-5bz4: Crystal structure of a T1-like thiolase (CoA-complex) from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bz4
タイトルCrystal structure of a T1-like thiolase (CoA-complex) from Mycobacterium smegmatis
要素Beta-ketothiolase
キーワードTRANSFERASE / thiolase / T1 / CoA-complex / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Probable acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Janardan, N. / Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a mitochondrial 3-ketoacyl-CoA (T1)-like thiolase from Mycobacterium smegmatis
著者: Janardan, N. / Harijan, R.K. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn_detector / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketothiolase
B: Beta-ketothiolase
C: Beta-ketothiolase
D: Beta-ketothiolase
E: Beta-ketothiolase
F: Beta-ketothiolase
G: Beta-ketothiolase
H: Beta-ketothiolase
J: Beta-ketothiolase
K: Beta-ketothiolase
L: Beta-ketothiolase
M: Beta-ketothiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,93217
ポリマ－516,09412
非ポリマー3,8385
水28,3561574
1
A: Beta-ketothiolase
B: Beta-ketothiolase
C: Beta-ketothiolase
D: Beta-ketothiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5666
ポリマ－172,0314
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15910 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area50180 Å2
手法PISA
2
E: Beta-ketothiolase
F: Beta-ketothiolase
G: Beta-ketothiolase
H: Beta-ketothiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5666
ポリマ－172,0314
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16000 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area51560 Å2
手法PISA
3
J: Beta-ketothiolase
K: Beta-ketothiolase
L: Beta-ketothiolase
M: Beta-ketothiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,7995
ポリマ－172,0314
非ポリマー7681
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15000 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area51260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.076, 190.076, 265.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
Beta-ketothiolase


分子量: 43007.824 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QUH3
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 45% PEG 200, 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 0.07M calcium chloride dehydrate, 5mM CoA

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→47.52 Å / Num. obs: 201832 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.43→47.519 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.42 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 10211 5.06 %
Rwork0.1607 --
obs0.1641 201832 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→47.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35100 0 240 1574 36914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00935887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24248730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.44813092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4271-2.46890.33324880.29858629X-RAY DIFFRACTION85
2.4689-2.51380.28085210.23749608X-RAY DIFFRACTION95
2.5138-2.56220.24985300.21719610X-RAY DIFFRACTION94
2.5622-2.61450.24754900.20959625X-RAY DIFFRACTION95
2.6145-2.67130.24655540.20329591X-RAY DIFFRACTION94
2.6713-2.73340.24284820.20439680X-RAY DIFFRACTION95
2.7334-2.80180.2295090.19969607X-RAY DIFFRACTION94
2.8018-2.87750.22794970.19149597X-RAY DIFFRACTION94
2.8775-2.96220.2315070.19049574X-RAY DIFFRACTION94
2.9622-3.05780.19625120.17749598X-RAY DIFFRACTION94
3.0578-3.1670.19345180.17329605X-RAY DIFFRACTION94
3.167-3.29380.19724920.16779602X-RAY DIFFRACTION94
3.2938-3.44370.18755180.16299612X-RAY DIFFRACTION94
3.4437-3.62520.1745090.15019607X-RAY DIFFRACTION94
3.6252-3.85220.17254690.14369667X-RAY DIFFRACTION95
3.8522-4.14940.16645310.1339646X-RAY DIFFRACTION94
4.1494-4.56670.13584880.11859672X-RAY DIFFRACTION95
4.5667-5.22660.15375110.13059653X-RAY DIFFRACTION95
5.2266-6.58190.1715180.15619712X-RAY DIFFRACTION95
6.5819-45.66280.18355190.16729768X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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