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- PDB-5bz3: CRYSTAL STRUCTURE OF SODIUM PROTON ANTIPORTER NAPA IN OUTWARD-FAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bz3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SODIUM PROTON ANTIPORTER NAPA IN OUTWARD-FACING CONFORMATION.
要素Na(+)/H(+) antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HIGH PH / OUTWARD-CONFORMATION / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


antiporter activity / sodium ion transport / proton transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / Na(+)/H(+) antiporter / Na(+)/H(+) antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coincon, M. / Uzdavinys, P. / Emmanuel, N. / Cameron, A. / Drew, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures reveal the molecular basis of ion translocation in sodium/proton antiporters.
著者: Coincon, M. / Uzdavinys, P. / Nji, E. / Dotson, D.L. / Winkelmann, I. / Abdul-Hussein, S. / Cameron, A.D. / Beckstein, O. / Drew, D.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Structure summary
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42016年3月9日Group: Database references
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2578
ポリマ－40,1541
非ポリマー2,1037
水1,36976
1
A: Na(+)/H(+) antiporter
ヘテロ分子

A: Na(+)/H(+) antiporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,51416
ポリマ－80,3082
非ポリマー4,20614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4120 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.580, 94.090, 147.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-533-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter


分子量: 40153.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TT_C1108 / プラスミド: PWALDOGFPE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q72IM4, UniProt: Q5SIA2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-7E8 / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE / 7.7 MAG


分子量: 300.434 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.4
詳細: Lipid: MAG 7.7 (Lot: 141MG(7.7)-15, Avanti) protein (30mg/ml) weight ratio 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47 Å / Num. obs: 17750 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 12.24 / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.036 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / CC1/2: 0.735 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1938精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.3→47 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 877 4.94 %Random selection
Rwork0.2059 ---
obs0.2065 17750 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 147 76 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2151106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.44410.25931460.24672760X-RAY DIFFRACTION99
2.4441-2.63280.24331370.22052791X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.89770.22731210.19922801X-RAY DIFFRACTION99
2.8977-3.31690.22441490.19952787X-RAY DIFFRACTION100
3.3169-4.17860.18791470.18912840X-RAY DIFFRACTION99
4.1786-48.4990.22091770.21072894X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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