PDB-5byg: X-ray structure of AAV2 OBD-AAVS1 complex 2:1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5byg

タイトル

X-ray structure of AAV2 OBD-AAVS1 complex 2:1

要素

DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*T)-3')
DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
Protein Rep78

キーワード

DNA Binding protein/DNA / Protein-DNA complex / DNA Binding protein-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Musayev, F.N. / Escalante, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into the Assembly of the Adeno-associated Virus Type 2 Rep68 Protein on the Integration Site AAVS1.
著者: Musayev, F.N. / Zarate-Perez, F. / Bishop, C. / Burgner, J.W. / Escalante, C.R.

履歴

登録	2015年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5byg_full_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5byg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5byg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zq9C 4zo0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2puk-d 1pwv-1 1hv8-d 3q02-d 6loh-1 6nev-d 5lmc-2 6c6z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein Rep78

B: Protein Rep78

C: Protein Rep78

D: Protein Rep78

E: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*T)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')

G: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*T)-3')

H: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein Rep78

B: Protein Rep78

E: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*T)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein Rep78

D: Protein Rep78

G: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*T)-3')

H: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.136, 79.595, 139.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Protein Rep78 分子量: 24551.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-210 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) 株: isolate Srivastava/1982 / 遺伝子: Rep78 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: Q89268

#1: タンパク質

Protein Rep78

分子量: 24551.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
株: isolate Srivastava/1982 / 遺伝子: Rep78 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: Q89268

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPTPCPGPGPCPGPCPTPCPGPCPTPCPGPCPTPCPGPCPT)-3') 分子量: 6343.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPGPCPGPAPGPCPGPAPGPCPGPAPGPCPGPCPCPGPA)-3') 分子量: 6548.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 133分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Per-6K, Sodium Citrate, Lithium Chloride / PH範囲: 5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射	モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 65724 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / R_merge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZO0

4zo0

解像度: 2.5→29.396 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	3316	5.06 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1914	65509	94.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5980	1710	29	128	7847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8069
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.114	11323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.543	3047
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5002-2.5358	0.3571	95	0.3171	1932	X-RAY DIFFRACTION	72
2.5358-2.5737	0.3319	112	0.3077	2231	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5737-2.6139	0.2945	123	0.3059	2310	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6139-2.6567	0.3371	134	0.3077	2344	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6567-2.7025	0.3358	127	0.3036	2487	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7025-2.7516	0.3722	137	0.2976	2545	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7516-2.8045	0.2868	142	0.2959	2577	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8045-2.8617	0.3335	148	0.2968	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8617-2.9238	0.3606	140	0.2989	2671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9238-2.9918	0.3536	134	0.269	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9918-3.0665	0.2698	136	0.2462	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0665-3.1493	0.2944	141	0.2394	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1493-3.2419	0.3227	126	0.2263	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2419-3.3464	0.2744	132	0.2219	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3464-3.4658	0.2254	139	0.2107	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4658-3.6044	0.2079	149	0.2003	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6044-3.7681	0.2314	144	0.2073	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7681-3.9663	0.2052	154	0.1789	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9663-4.2141	0.2134	163	0.1501	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2141-4.5384	0.1938	150	0.1341	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5384-4.9931	0.1722	128	0.1356	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9931-5.7111	0.1975	137	0.1415	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7111-7.178	0.194	159	0.1615	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
7.178-29.3978	0.1855	166	0.1573	2706	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6821	-3.3285	-0.9998	4.4228	-2.1898	6.6514	0.7557	0.0126	-0.4527	0.38	-0.5026	0.0615	1.3323	-0.8923	-0.3627	0.5188	-0.2834	-0.117	0.6863	-0.0835	0.5526	4.1872	-57.9619	191.3191
2	3.8625	-4.028	-5.564	4.4199	5.995	8.7344	-0.1769	1.1593	2.0391	-0.4763	0.44	-0.774	-1.2546	0.5823	0.0868	0.5308	-0.1273	-0.0534	0.5192	0.14	0.8801	1.9969	-41.1176	191.53
3	0.9232	-1.7233	1.9944	3.7677	-3.3103	4.1002	-0.4035	0.5877	1.147	-1.8942	1.0869	1.5463	0.8545	0.1051	-0.3885	0.7467	-0.1526	-0.1393	1.316	0.173	1.0887	-16.4253	-43.5163	182.6786
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6	6.555	-4.9725	-2.7197	6.7428	2.9197	5.3135	-0.3637	1.1745	0.8178	-1.0541	0.5	-0.5781	-0.4622	0.1298	-0.3179	0.7157	-0.3762	-0.0657	0.714	0.0277	0.6734	4.8418	-49.9189	179.2288
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99	7.0709	3.6139	3.045	3.6889	0.114	2.5647	0.0073	2.6443	-0.0647	-1.7537	1.5626	0.2091	0.8294	-0.4026	-0.9596	1.2268	-0.0148	0.0317	2.2031	-0.2205	0.8121	14.4531	-9.9473	136.6566
100	8.7428	4.6958	-5.1223	9.6244	-6.2188	5.7646	1.4116	0.1926	1.6968	0.1239	0.8627	-0.1495	-1.0229	1.0077	-2.1478	2.1339	0.5126	0.1433	2.4704	-0.2013	1.0739	17.7416	-0.7296	123.9342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:12)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 13:40)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 41:48)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 49:57)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 58:74)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 75:85)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 86:91)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 92:100)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 101:113)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 114:119)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 120:125)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 126:133)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 134:140)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 141:148)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 149:156)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 157:169)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 170:176)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 177:195)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 196:201)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 1:7)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 8:13)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 14:28)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 29:36)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 37:45)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 46:69)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 70:75)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 76:85)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 86:90)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 91:95)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 96:106)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 107:116)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 117:124)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 125:149)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 150:159)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 160:173)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 174:185)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 186:194)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 195:200)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 201:207)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 1:6)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 7:21)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 22:27)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 28:34)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 35:40)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 41:48)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 49:54)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain C and resid 55:61)
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 89:97)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain C and resid 98:111)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 112:117)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 118:124)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 125:130)
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58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain C and resid 159:173)
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60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain C and resid 187:200)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain D and resid 1:8)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain D and resid 9:42)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain D and resid 43:55)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain D and resid 56:63)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain D and resid 64:74)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain D and resid 75:80)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain D and resid 81:87)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain D and resid 88:91)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain D and resid 92:112)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(chain D and resid 113:117)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain D and resid 118:126)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain D and resid 127:132)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	(chain D and resid 133:140)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	(chain D and resid 141:152)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	(chain D and resid 153:157)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	(chain D and resid 158:163)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	(chain D and resid 164:169)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain D and resid 170:178)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain D and resid 179:184)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain D and resid 185:207)
81	X-RAY DIFFRACTION	81	(chain E and resid 1:4)
82	X-RAY DIFFRACTION	82	(chain E and resid 5:8)
83	X-RAY DIFFRACTION	83	(chain E and resid 9:12)
84	X-RAY DIFFRACTION	84	(chain E and resid 13:16)
85	X-RAY DIFFRACTION	85	(chain E and resid 17:21)
86	X-RAY DIFFRACTION	86	(chain F and resid 22:25)
87	X-RAY DIFFRACTION	87	(chain F and resid 26:29)
88	X-RAY DIFFRACTION	88	(chain F and resid 30:33)
89	X-RAY DIFFRACTION	89	(chain F and resid 34:37)
90	X-RAY DIFFRACTION	90	(chain F and resid 38:42)
91	X-RAY DIFFRACTION	91	(chain G and resid 1:5)
92	X-RAY DIFFRACTION	92	(chain G and resid 6:9)
93	X-RAY DIFFRACTION	93	(chain G and resid 10:13)
94	X-RAY DIFFRACTION	94	(chain G and resid 14:17)
95	X-RAY DIFFRACTION	95	(chain G and resid 18:21)
96	X-RAY DIFFRACTION	96	(chain H and resid 22:26)
97	X-RAY DIFFRACTION	97	(chain H and resid 27:30)
98	X-RAY DIFFRACTION	98	(chain H and resid 31:34)
99	X-RAY DIFFRACTION	99	(chain H and resid 35:38)
100	X-RAY DIFFRACTION	100	(chain H and resid 39:42)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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