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- PDB-5by4: Structure and function of the Escherichia coli Tol-Pal stator pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5by4
タイトルStructure and function of the Escherichia coli Tol-Pal stator protein TolR
要素Protein TolR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / strand-swapped dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / cell division site / transmembrane transporter activity / protein transport / cell cycle / cell division / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tol-Pal system protein TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Wojdyla, J.A. / Kaminska, R. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure and Function of the Escherichia coli Tol-Pal Stator Protein TolR.
著者: Wojdyla, J.A. / Cutts, E. / Kaminska, R. / Papadakos, G. / Hopper, J.T. / Stansfeld, P.J. / Staunton, D. / Robinson, C.V. / Kleanthous, C.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7744
ポリマ－11,7051
非ポリマー693
水2,900161
1
A: Protein TolR
ヘテロ分子

A: Protein TolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5498
ポリマ－23,4112
非ポリマー1386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.727, 51.727, 155.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-334-

HOH

31A-411-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein TolR


分子量: 11705.334 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tolR, b0738, JW0728 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABV6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes buffer pH 7.5, 1.0 M sodium phosphate and 0.8 M potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 25551 / Num. obs: 25522 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23 % / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JWK and 2PFU

2jwk

2pfu


解像度: 1.702→20 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 716 5.01 %
Rwork0.1751 --
obs0.177 14354 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数788 0 3 161 952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1641237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7021-1.83350.2351300.20342641X-RAY DIFFRACTION100
1.8335-2.0180.23651600.18042619X-RAY DIFFRACTION100
2.018-2.310.191420.15712661X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.91020.23651380.18372730X-RAY DIFFRACTION100
2.9102-38.79580.20551460.17192917X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.0743 Å / Origin y: 10.7285 Å / Origin z: 2.7295 Å
111213212223313233
T0.1207 Å2-0.0013 Å20.0016 Å2-0.0784 Å2-0.0002 Å2--0.0949 Å2
L0.3952 °20.171 °20.2716 °2-1.0219 °20.0461 °2--0.6992 °2
S-0.0118 Å °-0.0015 Å °0.0153 Å °0.0446 Å °-0.0376 Å °-0.0075 Å °-0.1262 Å °0.001 Å °-0.005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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