PDB-5bxy: Crystal structure of RNA methyltransferase from Salinibacter rube...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bxy

タイトル

Crystal structure of RNA methyltransferase from Salinibacter ruber in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine

要素

RNA methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-lysine N-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salinibacter ruber (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Handing, K.B. / LaRowe, C. / Shabalin, I.G. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of RNA methylase family protein from Salinibacterruber in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine.
著者: Handing, K.B. / LaRowe, C. / Shabalin, I.G. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Ahmed, M. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W.

履歴

登録	2015年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bxy.cif.gz	144 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bxy.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bxy_validation.pdf.gz	945.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bxy_full_validation.pdf.gz	945.7 KB	表示
XML形式データ	5bxy_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	5bxy_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qnq-3 5s3e-1 4qnq-9 5s1m-1 5dpw-5 2j16-2 5e0h-2 5hgt-d 7bf5-2 5s3s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-030807

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA methyltransferase

B: RNA methyltransferase

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: RNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.574, 86.040, 85.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 154 / Label seq-ID: 6 - 155

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	RNA methyltransferase 分子量: 17703.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salinibacter ruber (バクテリア) / 株: DSM 13855 / M31 / 遺伝子: SRU_1020 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL 参照: UniProt: Q2S3S9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 #23 (0.1M Tris, 20%w/v PEG 8K, 0.2M ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 #23 (0.1M Tris, 20%w/v PEG 8K, 0.2M Magnesium Chloride, 6-Hydrate pH=8.5) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 #23 (0.1M Tris, 20%w/v PEG 8K, 0.2M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 31176 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 17.8 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MLPHARE		位相決定
HKL-3000		位相決定
直接法		位相決定
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
REFMAC	5.8.0107	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.134 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1882	1508	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1484	-	-	-
obs	0.1503	29629	94.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.17 Å² / B_iso mean: 20.852 Å² / B_iso min: 5.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2348	0	56	341	2745
B_iso mean	-	-	14.19	31.8	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	2.015	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.206	3	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.292	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.87	23.365	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.765	15	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.814	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.007	0.528	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.98	0.526	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.481	0.762	1547

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17258 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.752→1.798 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	120	-
R_work	0.211	2159	-
all	-	2279	-
obs	-	-	95.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.346	0.5431	-0.5367	2.6438	1.6356	1.9432	0.0087	0.0699	-0.0524	-0.0937	0.033	-0.0687	-0.1005	0.0812	-0.0417	0.099	-0.0092	0.0046	0.0948	0.0027	0.0611	12.269	21.019	52.429
2	5.2513	-1.4837	-5.4024	9.4197	9.2508	15.4523	-0.1863	0.213	-0.0676	0.3616	-0.2766	0.7075	0.2413	-0.7636	0.4629	0.0764	-0.0015	0.0007	0.1578	-0.0342	0.1317	-2.183	17.673	58.088
3	1.6515	-0.6954	-0.4635	1.8522	0.1798	2.8539	-0.071	0.0126	-0.0386	0.0704	0.0025	0.0942	-0.0643	-0.1697	0.0686	0.0811	0.0079	-0.001	0.0695	-0.0221	0.0449	7.391	22.754	62.447
4	8.4432	-3.2566	-0.4975	6.0175	0.13	2.1423	0.2254	0.2496	0.382	-0.1585	-0.1008	-0.386	-0.3377	0.2371	-0.1246	0.1305	-0.0215	-0.0036	0.0821	-0.0217	0.0557	17.809	29.952	63.984
5	1.5627	-0.4756	-0.4883	1.4576	0.5724	0.938	-0.0684	-0.1744	-0.0204	0.1963	0.041	-0.0237	0.0562	0.0232	0.0274	0.1081	0.0075	-0.0034	0.0812	-0.0103	0.0066	11.318	19.332	68.213
6	1.4149	0.8507	-1.7362	3.109	-1.2253	2.4913	-0.0807	-0.1529	-0.1681	0.0674	0.0255	-0.1343	0.2658	0.2449	0.0552	0.1621	0.0262	-0.0253	0.1055	-0.007	0.123	16.88	7.912	59.786
7	2.063	-0.0763	0.4419	1.7032	0.6431	1.9805	-0.0368	0.0522	-0.1007	0.0378	-0.0033	0.1553	0.2753	0.0086	0.0402	0.1192	-0.0275	0.0285	0.0558	-0.0085	0.0746	7.269	7.117	56.054
8	16.9318	-1.9346	-11.0356	19.9948	-15.9099	22.1055	0.1029	0.5982	-1.4295	1.1691	-0.7696	0.4331	-1.0696	0.2175	0.6667	0.6184	0.0923	-0.1166	0.166	-0.0135	0.5829	7.553	-5.405	63.711
9	5.1407	-0.8105	4.8958	5.151	-2.8548	13.6235	0.009	-0.0783	-0.384	-0.0458	0.0823	0.232	0.3201	-0.206	-0.0914	0.0846	0.0063	0.0348	0.0693	0.0234	0.0861	27.548	-10.442	48.408
10	1.9865	-0.5925	-0.0923	1.6624	-0.3938	1.6649	-0.0192	0.0349	-0.2075	-0.0807	0.0031	0.0657	0.0882	-0.1071	0.0161	0.0673	0.0052	0.0057	0.0575	-0.011	0.0324	32.628	-7.222	39.884
11	2.2264	2.1065	2.4218	4.8708	2.6058	5.6853	0.1547	0.0205	-0.2085	0.0592	-0.1082	-0.0804	0.3661	-0.1124	-0.0464	0.0721	0.0264	0.0118	0.0952	-0.0192	0.1005	37.172	-9.335	40.669
12	1.0876	0.278	0.6789	6.6295	2.4283	2.7914	0.0693	0.027	-0.1526	0.1653	0.0135	-0.4498	0.2666	0.2417	-0.0828	0.0485	0.0297	0.0252	0.0965	-0.002	0.1164	43.779	-9.281	41.866
13	24.3639	11.8867	16.7874	8.5229	7.3494	22.3931	-0.4721	0.8329	0.0955	-0.3227	0.3249	-0.2213	-0.3377	0.6209	0.1473	0.1024	-0.0196	0.0329	0.1433	0.0037	0.0949	39.841	4.59	35.701
14	1.305	-0.0374	0.0154	1.2324	0.0953	0.0293	-0.0415	-0.0893	0.0516	0.0679	0.0099	0.0527	-0.0241	0.0193	0.0316	0.0943	0.0009	-0.0036	0.1051	0.0095	0.0492	29.182	5.519	44.727
15	11.1054	-2.6118	5.0955	8.742	-3.1486	17.9	0.1494	-0.6008	-0.6551	0.0156	0.1872	0.6205	0.8734	-0.5299	-0.3366	0.0957	-0.013	0.0268	0.0957	0.0325	0.1288	19.887	-2.83	49.679
16	3.8353	1.2134	-1.5823	0.6773	-0.0245	3.6241	0.19	-0.2319	0.558	0.0216	0.0303	0.198	-0.6739	-0.0509	-0.2203	0.1815	0.0211	0.024	0.1228	-0.0264	0.1131	23.489	13.983	40.771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	69 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	95 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	110 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	150 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	5 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	18 - 39
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	40 - 56
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	57 - 83
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	84 - 89
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	90 - 132
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	133 - 144
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	145 - 157

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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