PDB-5bxi: 1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Nucleoside ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bxi

タイトル

1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Nucleoside Diphosphate Kinase from Toxoplasma gondii with Tyrosine of Tag Bound to Active Site

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 2-Layer Sandwich / Putative Nucleoside Diphosphate Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Minasov, G. / Ruan, J. / Ngo, H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2018
タイトル: CSGID Solves Structures and Identifies Phenotypes for Five Enzymes in Toxoplasma gondii .
著者: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. ...

履歴

登録	2015年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bxi.cif.gz	792.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bxi.ent.gz	660.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bxi_validation.pdf.gz	552 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bxi_full_validation.pdf.gz	566.9 KB	表示
XML形式データ	5bxi_validation.xml.gz	86.5 KB	表示
CIF形式データ	5bxi_validation.cif.gz	126.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/5bxi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nmlC 4nogC 4nu7C 4o0nSC 4odiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l7u-1 6xpw-d 4o0n-2 6k3h-2 6joh-4 3bbc-d 5u2i-d 1s5z-d 6k3h-1 6joh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92074

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

219 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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2

D: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	236.814, 73.400, 122.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 18238.816 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ) 遺伝子: TGME49_295350 / プラスミド: pMCSG28 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic 参照: UniProt: S8FF85, UniProt: B9Q287*PLUS, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein:7.5 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: PACT (B10), 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 202729 / Num. obs: 202729 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BLU-MAX		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O0N

4o0n

解像度: 1.7→29.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.144 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1917	10203	5 %	RANDOM
R_work	0.15361	-	-	-
obs	0.15551	192440	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14647	0	31	1854	16532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	15712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.958	21301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.79	3	34354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.858	5	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.188	23.461	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.952	15	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.653	15	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.021	17947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.499	1.9	7686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.499	1.9	7685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.218	2.842	9702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.218	2.842	9703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.258	2.185	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.256	2.186	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.38	3.169	11600
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.765	17.44	20233
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.765	17.442	20234
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	741	-
R_work	0.208	13960	-
obs	-	-	97.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1607	-0.279	-0.2129	0.6221	-0.0993	1.0648	0.0491	0.043	0.1472	-0.0439	0.0086	-0.0551	-0.1501	0.0205	-0.0577	0.1132	-0.0059	0.0256	0.0041	-0.0018	0.0623	52.7362	4.9694	48.807
2	4.6447	0.5651	-0.0118	1.7846	0.0719	2.2907	0.0075	-0.1682	0.0645	-0.0591	0.1333	0.0483	-0.1685	-0.0663	-0.1408	0.0976	0.0514	0.023	0.0595	-0.0001	0.054	34.7096	8.6767	58.6425
3	0.5615	-0.1315	-0.1682	0.0588	0.0571	0.898	0.0144	0.0116	0.0661	-0.022	-0.0067	-0.0081	-0.1128	-0.0786	-0.0076	0.1076	0.0212	0.0191	0.0139	0.0028	0.048	45.9598	1.8222	48.2705
4	1.0596	-0.392	-1.3776	1.8697	2.7753	4.8679	0.1	0.088	0.1666	-0.2117	0.0119	-0.0318	-0.3431	0.0151	-0.112	0.1578	0.0059	0.0378	0.0655	0.0432	0.1162	61.4617	8.8398	35.0117
5	0.992	-0.0462	-0.2069	0.9424	0.1239	0.962	-0.0183	-0.0547	-0.075	0.0601	-0.0197	0.0048	0.1218	-0.0367	0.0381	0.0715	-0.0058	0.0235	0.0094	-0.0036	0.0255	51.7029	-26.5521	57.3265
6	5.6873	0.0316	0.9806	1.9251	0.7356	5.9313	0.1263	0.4473	-0.4274	0.0031	-0.074	0.1086	0.1391	-0.3191	-0.0523	0.1972	-0.031	0.0346	0.0687	-0.0494	0.1911	45.2481	-42.9364	49.4319
7	0.5833	0.1048	-0.1457	0.5541	0.1124	1.1298	-0.0437	0.0696	-0.0706	-0.0351	0	0.0122	0.0827	-0.1132	0.0437	0.0724	-0.0246	0.0357	0.0195	-0.0175	0.0388	46.5465	-24.7909	53.0321
8	0.5998	0.0555	-0.2996	0.3966	0.1358	1.3864	-0.0249	-0.0201	-0.1003	0.0131	-0.0186	-0.0052	0.1218	-0.0267	0.0435	0.0848	-0.0235	0.0316	0.0198	-0.0155	0.0473	47.5788	-29.0872	52.2595
9	1.9807	-2.9155	1.398	4.4138	-1.6079	2.7041	-0.097	-0.1228	-0.1151	0.1378	0.1544	0.1607	-0.1191	-0.225	-0.0574	0.0855	-0.0009	0.0226	0.078	0.0037	0.0822	46.5938	-9.4499	67.1446
10	0.9417	0.3438	-0.1965	1.8179	0.2453	0.959	-0.0257	0.2086	-0.0227	-0.2118	-0.0068	-0.0162	0.0145	0.0518	0.0324	0.0915	0.0072	0.0287	0.091	-0.015	0.0312	64.8646	-17.0252	27.3044
11	2.1583	0.8663	-0.298	2.7792	-0.313	1.1593	-0.0732	0.2934	0.1204	-0.2387	0.0516	0.0979	-0.031	-0.0625	0.0216	0.127	0.0048	0.0068	0.1153	-0.0093	0.0206	61.0694	-16.0168	25.3546
12	0.8752	-0.174	-0.2213	1.131	0.1447	0.7731	-0.0058	0.2527	-0.0064	-0.1642	0.0087	0.0072	0.0104	-0.0459	-0.0029	0.1205	-0.0052	0.0237	0.1064	-0.0182	0.024	58.5662	-14.5302	25.8644
13	5.2798	1.3374	-2.5439	2.0185	-2.0386	2.3935	-0.1889	0.1234	-0.2023	-0.0333	0.0178	-0.0981	0.0851	-0.0203	0.1711	0.1749	-0.0039	0.0354	0.1322	-0.0455	0.1611	63.3381	-35.6857	38.3346
14	0.8981	0.0394	0.319	1.1153	0.4531	0.7634	0.0533	-0.111	-0.0201	0.1271	-0.0134	0.0793	0.0669	-0.0833	-0.0399	0.1587	0.0027	0.0252	0.0452	0.0226	0.0242	25.6087	-10.9811	25.078
15	4.6291	1.2189	0.9644	1.7089	0.482	2.6659	-0.1677	-0.0213	0.0175	0.072	-0.0292	-0.087	0.0355	-0.0031	0.1968	0.1564	0.0289	0.0022	0.0334	-0.0005	0.066	34.2835	6.3652	31.6587
16	0.907	0.034	0.1575	1.0432	0.1123	0.7342	0.032	-0.025	-0.0046	0.0541	0.0205	-0.0681	0.0258	0.0512	-0.0525	0.1593	0.008	0.0038	0.0385	0.0052	0.021	34.2822	-9.072	22.115
17	3.0702	0.16	-1.179	2.7385	0.6716	3.3355	0.0926	-0.2294	0.2685	0.3878	0.0444	-0.0113	0.0045	0.0231	-0.1371	0.2554	-0.0014	0.019	0.0664	-0.0005	0.0333	26.8399	-9.2796	36.6335
18	0.214	0.034	-0.1564	0.5993	-0.5621	0.6031	0.029	-0.0497	0.0434	0.0773	-0.003	-0.0202	-0.0796	-0.0002	-0.026	0.4031	-0.0354	-0.0482	0.21	0.0489	0.2441	24.1181	-30.8774	31.9195
19	1.0635	-0.1672	-0.0503	0.6869	0.2551	0.5068	0.0274	0.0797	-0.0012	-0.0463	-0.0236	-0.0667	-0.0082	0.1769	-0.0038	0.0754	-0.0033	0.041	0.1162	-0.0006	0.0482	80.3057	-17.5217	35.5843
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	148 - 155
29	X-RAY DIFFRACTION	29	G	3 - 51
30	X-RAY DIFFRACTION	30	G	52 - 80
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	81 - 102
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	103 - 138
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	139 - 155
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	159 - 160
35	X-RAY DIFFRACTION	35	H	3 - 51
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	52 - 66
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	67 - 91
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	92 - 142
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	143 - 154
40	X-RAY DIFFRACTION	40	I	4 - 51
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	52 - 69
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	70 - 121
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	122 - 138
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	139 - 155
45	X-RAY DIFFRACTION	45	J	4 - 86
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	87 - 100
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	101 - 140
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	141 - 155
49	X-RAY DIFFRACTION	49	K	3 - 55
50	X-RAY DIFFRACTION	50	K	56 - 66
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	67 - 91
52	X-RAY DIFFRACTION	52	K	92 - 138
53	X-RAY DIFFRACTION	53	K	139 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	L	3 - 51
55	X-RAY DIFFRACTION	55	L	52 - 67
56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	68 - 121
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	122 - 141
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	142 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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