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- PDB-5bwj: Structural characterization and modeling of the Borrelia burgdorf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bwj
タイトルStructural characterization and modeling of the Borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase Hk1 periplasmic sensor
要素Sensory transduction histidine kinase, putative
キーワードSIGNALING PROTEIN / periplasmic sensor domain / Lyme disease / Venus Fly Trap fold
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HPT domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...HPT domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Periplasmic binding protein-like II / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.054 Å
データ登録者Bauer, W.J. / Luthra, A. / Zhu, G. / Radolf, J.D. / Malkowski, M.G. / Caimano, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI 29735 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 094611 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural characterization and modeling of the Borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase Hk1 periplasmic sensor: A system for sensing small molecules associated with tick feeding.
著者: Bauer, W.J. / Luthra, A. / Zhu, G. / Radolf, J.D. / Malkowski, M.G. / Caimano, M.J.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory transduction histidine kinase, putative
B: Sensory transduction histidine kinase, putative
C: Sensory transduction histidine kinase, putative
D: Sensory transduction histidine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,02213
ポリマ－106,5014
非ポリマー5209
水4,630257
1
A: Sensory transduction histidine kinase, putative
B: Sensory transduction histidine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5237
ポリマ－53,2512
非ポリマー2725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
2
C: Sensory transduction histidine kinase, putative
D: Sensory transduction histidine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4996
ポリマ－53,2512
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.300, 62.853, 111.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sensory transduction histidine kinase, putative


分子量: 26625.326 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 23-249 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0420 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): NheI/XhoI-digested / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: O51381
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: D1 samples were concentrated to 1.7 mg/ml in 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl and 1 mM Tris (2-carboxyethyl) phosphine (TCEP). Crystals grown in 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), 0.1 M Mg(NO3)2 and 18% ...詳細: D1 samples were concentrated to 1.7 mg/ml in 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl and 1 mM Tris (2-carboxyethyl) phosphine (TCEP). Crystals grown in 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), 0.1 M Mg(NO3)2 and 18% PEG 20,000 equilibrated by hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→37.66 Å / Num. obs: 49534 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 2.0538→2.1052 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / % possible all: 99.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.054→37.66 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1996 4.03 %
Rwork0.1934 47528 -
obs0.1945 49524 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 254.67 Å2 / Biso mean: 54.7777 Å2 / Biso min: 22.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.054→37.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6338 0 33 257 6628
Biso mean--98.42 45.92 -
残基数----796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6418814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1362278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0538-2.10520.32791490.29573246339595
2.1052-2.16210.29871320.272533843516100
2.1621-2.22570.30741390.26233563495100
2.2257-2.29760.29231300.246733923522100
2.2976-2.37970.25381610.240133743535100
2.3797-2.47490.25271290.232233923521100
2.4749-2.58750.25091370.219433953532100
2.5875-2.72390.28881500.217534033553100
2.7239-2.89450.2691440.216133993543100
2.8945-3.11790.22561410.211233993540100
3.1179-3.43150.22331460.194734153561100
3.4315-3.92760.19941430.172534333576100
3.9276-4.94660.16251430.141934373580100
4.9466-37.67010.19921520.180435033655100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41890.26161.50992.45390.07681.63350.04370.3383-0.3096-0.13130.0533-0.07180.07320.3450.01660.30610.06150.02530.398-0.06890.2748-21.1295-27.0959-34.8493
20.5684-1.25690.54472.7807-1.20410.5213-0.354-0.33060.01470.66820.1303-0.0876-0.2526-0.3028-0.35040.3860.01980.0790.3983-0.03750.2189-22.9725-23.3609-21.2182
32.7385-0.57440.26931.8716-0.58971.0579-0.2525-0.32540.35350.26820.08630.0777-0.0382-0.1549-0.00280.30080.02990.01950.3451-0.04850.3207-37.4971-15.1299-25.9391
42.2328-0.35150.90221.2304-0.23211.1874-0.0740.03980.24310.0424-0.08360.1358-0.0562-0.065600.2618-0.0050.03430.28550.00760.2802-38.6151-17.0343-32.7286
50.121-0.44670.19442.8856-2.4072.6112-0.16250.40420.28090.1205-0.2045-0.4226-0.66690.9947-0.06630.2759-0.06280.03910.53860.13520.3006-12.4639-15.7864-33.6656
60.8573-1.3765-0.14112.6059-0.41841.0712-0.01740.37910.0688-0.2594-0.1985-0.03210.1032-0.021100.3523-0.0206-0.04130.39820.03420.2989-42.8316-2.5179-51.1163
70.01390.15430.06211.71110.67950.2733-0.05810.44060.3561-0.1567-0.1075-0.79750.34850.43460.08170.3588-0.00920.06320.5950.14360.3412-28.8621-3.7402-54.594
80.9688-0.0109-0.54222.1564-0.16820.3170.15820.7126-0.1028-0.3329-0.12470.06670.28020.30060.04880.46430.12710.04610.6174-0.02610.2266-29.1035-20.6471-59.4907
91.3868-1.61760.75672.149-1.27631.04040.12230.38990.06660.0279-0.1726-0.05990.13070.19770.00320.3667-0.00140.05570.5676-0.00610.3174-31.8657-14.0801-51.9427
100.0053-0.00370.01310.0024-0.00890.037-0.3772-0.56630.61580.545-0.4363-0.8874-0.36830.15590.00250.59330.0321-0.1240.58690.05240.5793-33.8497-0.3802-36.6424
111.11530.03950.28671.5507-0.65861.07370.27610.0983-0.1218-0.0484-0.0473-0.01620.03250.535900.33270.0415-0.00280.2988-0.06260.3332-18.299223.8128-25.4322
120.7962-0.50920.34131.9475-0.94992.58970.34240.1208-0.20610.18690.4440.7697-0.2007-0.73941.27780.31150.06460.00190.37240.07760.4865-29.641322.7311-25.5133
130.05430.3315-0.03783.0643-1.61361.83-0.0755-0.05390.11480.09630.25250.69760.3725-0.33580.08920.42150.01540.13770.43380.02490.5072-27.591110.7269-11.3825
141.04-0.9607-0.05871.2601-0.77691.8604-0.1017-0.36870.00870.62170.08160.7859-0.2056-0.4718-0.1990.4570.07910.22190.3958-0.01660.5833-26.564416.8572-4.5879
150.36030.19030.61930.55411.49774.09160.0964-0.1233-0.3272-0.06020.1270.63880.9031-0.3418-0.55040.2421-0.06990.01540.32230.08290.6277-27.31449.1938-17.608
160.1354-0.0279-0.06420.3229-0.14850.11330.03430.7746-0.3028-0.8627-0.04940.44760.0020.1363-0.01640.53850.0844-0.11160.3472-0.08930.5474-18.571213.5566-34.3309
171.2826-0.00350.1231.9467-0.46462.45060.1012-0.248-0.04840.8176-0.1379-0.3941-0.12610.154-0.00080.4905-0.0363-0.06810.29170.00550.3464-5.6541-1.6865-4.2206
180.85970.13110.23581.68930.28471.47020.04450.21540.0211-0.0635-0.1078-0.2536-0.16690.2116-0.00010.30050.0186-0.00130.34980.01270.40741.04958.9781-19.6971
190.535-0.32560.31822.4401-0.21421.94840.02880.10240.29480.2348-0.0723-0.3527-0.30150.09300.3842-0.0512-0.04360.38920.03150.46660.288219.4765-14.6184
200.96381.07050.73251.22070.72190.82140.19320.0042-0.13060.0977-0.2323-0.03330.12920.0038-0.12280.2880.0187-0.01540.2748-0.03320.3583-10.4184-6.0856-15.261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 74 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 89 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 170 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 218 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 219 through 234 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 86 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 87 through 111 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 170 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 171 through 227 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 228 through 237 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 26 through 64 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 65 through 96 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 97 through 135 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 136 through 198 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 199 through 218 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 219 through 237 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 27 through 86 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 87 through 150 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 151 through 205 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 206 through 237 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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