[日本語] English
万見
- PDB-5bwe: Benzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex with bound tolu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bwe
タイトルBenzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex with bound toluene and fumarate
要素(benzylsuccinate synthase ...) x 3
キーワードLYASE / radical / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A - #20 / Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site ...High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A - #20 / Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / TOLUENE / IRON/SULFUR CLUSTER / TutF / TutD / TutG
類似検索 - 構成要素
生物種Thauera aromatica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Funk, M.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Substrate-bound Structures of Benzylsuccinate Synthase Reveal How Toluene Is Activated in Anaerobic Hydrocarbon Degradation.
著者: Funk, M.A. / Marsh, E.N. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: benzylsuccinate synthase alpha chain
B: benzylsuccinate synthase beta chain
C: benzylsuccinate synthase gamma chain
D: benzylsuccinate synthase alpha chain
F: benzylsuccinate synthase beta chain
G: benzylsuccinate synthase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,69212
ポリマ－230,5726
非ポリマー1,1206
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15460 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area60090 Å2
手法PISA
2
A: benzylsuccinate synthase alpha chain
B: benzylsuccinate synthase beta chain
C: benzylsuccinate synthase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8466
ポリマ－115,2863
非ポリマー5603
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
3
D: benzylsuccinate synthase alpha chain
F: benzylsuccinate synthase beta chain
G: benzylsuccinate synthase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8466
ポリマ－115,2863
非ポリマー5603
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.534, 115.360, 121.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
Benzylsuccinate synthase ... , 3種, 6分子 ADBFCG

#1: タンパク質 benzylsuccinate synthase alpha chain / TutD


分子量: 99117.109 Da / 分子数: 2 / 変異: M789I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutD / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68395, benzylsuccinate synthase
#2: タンパク質 benzylsuccinate synthase beta chain / TutG


分子量: 9303.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutG / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68396
#3: タンパク質 benzylsuccinate synthase gamma chain / TutF


分子量: 6865.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutF / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68394

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#5: 化合物 ChemComp-MBN / TOLUENE / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2:1 8 mg/mL BSS-alpha-beta-gamma (in 50 mM Tris, pH 7.6, 15% v/v glycerol, 200 mM sodium chloride) to well solution (25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 60 mM potassium chloride, 5 mM ...詳細: 2:1 8 mg/mL BSS-alpha-beta-gamma (in 50 mM Tris, pH 7.6, 15% v/v glycerol, 200 mM sodium chloride) to well solution (25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 60 mM potassium chloride, 5 mM fumarate), 1-2 uL toluene was added to the bottom of the well and allowed to diffuse slowly into the protein drop, diffraction-quality crystals grew over the course of three weeks in a temperature-controlled anaerobic chamber

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 30311 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→38.27 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1809 5.99 %
Rwork0.2119 --
obs0.2133 30205 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15350 0 46 0 15396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91321306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8235938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3002-3.38930.44581320.36682063X-RAY DIFFRACTION95
3.3893-3.4890.32951280.3362163X-RAY DIFFRACTION99
3.489-3.60150.31891430.30882164X-RAY DIFFRACTION100
3.6015-3.73020.29161410.29932184X-RAY DIFFRACTION100
3.7302-3.87940.26821360.26372155X-RAY DIFFRACTION100
3.8794-4.05570.31011460.24962202X-RAY DIFFRACTION99
4.0557-4.26930.25111410.22612168X-RAY DIFFRACTION99
4.2693-4.53640.23011320.20932191X-RAY DIFFRACTION99
4.5364-4.8860.24211390.19322184X-RAY DIFFRACTION99
4.886-5.37650.2211460.19042192X-RAY DIFFRACTION99
5.3765-6.15170.26461370.19752218X-RAY DIFFRACTION99
6.1517-7.740.18271440.1792228X-RAY DIFFRACTION99
7.74-38.27230.15481440.14432284X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る