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- PDB-5bvb: Engineered Digoxigenin binder DIG5.1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvb
タイトルEngineered Digoxigenin binder DIG5.1a
要素DIG5.1a
キーワードDE NOVO PROTEIN / engineered / computationally designed / designed / ligand binder / digoxigenin
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DIGOXIGENIN
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2016
タイトル: CSAR Benchmark Exercise 2013: Evaluation of Results from a Combined Computational Protein Design, Docking, and Scoring/Ranking Challenge.
著者: Smith, R.D. / Damm-Ganamet, K.L. / Dunbar, J.B. / Ahmed, A. / Chinnaswamy, K. / Delproposto, J.E. / Kubish, G.M. / Tinberg, C.E. / Khare, S.D. / Dou, J. / Doyle, L. / Stuckey, J.A. / Baker, D. / Carlson, H.A.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIG5.1a
B: DIG5.1a
C: DIG5.1a
D: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8548
ポリマ－60,2924
非ポリマー1,5624
水3,369187
1
A: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4642
ポリマ－15,0731
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4642
ポリマ－15,0731
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4642
ポリマ－15,0731
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4642
ポリマ－15,0731
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: DIG5.1a
B: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9274
ポリマ－30,1462
非ポリマー7812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
6
C: DIG5.1a
ヘテロ分子

D: DIG5.1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9274
ポリマ－30,1462
非ポリマー7812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area3210 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.732, 68.623, 72.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DIG5.1a


分子量: 15073.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-DOG / DIGOXIGENIN / 4-(3,12,14-TRIHYDROXY-10,13-DIMETHYL-HEXADECAHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-17-YL)-5H-FURAN-2-ONE


分子量: 390.513 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 22.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 32939 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.795 / Net I/av σ(I): 22.437 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 235487
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.06-2.135.10.23529270.75487
2.13-2.226.70.21932240.66195.2
2.22-2.327.20.19832810.63897.6
2.32-2.447.50.15933020.7498.1
2.44-2.67.60.12533030.81498.3
2.6-2.87.60.09933420.82398.7
2.8-3.087.60.07533390.92898.9
3.08-3.527.50.05933610.8999.1
3.52-4.447.40.0533960.91899.3
4.44-507.20.04534640.73599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.66 Å47.6 Å
Translation2.66 Å47.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACREFMAC 5.8.0049精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z1S

1z1s


解像度: 2.06→47.6 Å / FOM work R set: 0.8849 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / SU Rfree: 0.1597 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1672 -
Rwork0.1895 --
obs-32939 97.2 %
原子変位パラメータBiso max: 66.47 Å2 / Biso mean: 24.6492 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 112 187 4181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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