PDB-5bv5: Structure of CYP119 with T213A and C317H mutations

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bv5

タイトル

Structure of CYP119 with T213A and C317H mutations

要素

Cytochrome P450 119

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 / heme / P420 / cytochrome

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / peroxidase / lactoperoxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Buller, A.R. / Heel, T. / McIntosh, J.A. / Arnold, F.H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1F32GM110851	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1F32GM101792	米国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structural Adaptability Facilitates Histidine Heme Ligation in a Cytochrome P450.
著者: McIntosh, J.A. / Heel, T. / Buller, A.R. / Chio, L. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2015年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bv5.cif.gz	494.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bv5.ent.gz	411 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wh8-1 4e2p-d 4l4e-d 3wrl-2 4g3u-2 4g3u-1 6xix-4 1io7-2 1t87-1 6ki9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 119

B: Cytochrome P450 119

D: Cytochrome P450 119

C: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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2

B: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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43.8 kDa, 1 ポリマー
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3

D: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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43.7 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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43.7 kDa, 1 ポリマー
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5

B: Cytochrome P450 119

D: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 119

C: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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175 kDa, 4 ポリマー
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6

B: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

C: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

D: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

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175 kDa, 4 ポリマー
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7

A: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

D: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.3 kDa, 2 ポリマー
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8

B: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

C: Cytochrome P450 119

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.486, 137.871, 91.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 119 分子量: 42929.008 Da / 分子数: 4 / 変異: T213A, C317H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55080*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PIM / 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE / 4-フェニル-1H-イミダゾ-ル分子量: 144.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 5 % PEG 4000 / PH範囲: 7.25

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 40139 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 36.336 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.27 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27673	2146	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23849	-	-	-
obs	0.24038	40139	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9806	0	10	11	9827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.019	10047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.852	1.993	13702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.643	3	21205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.557	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.032	23.326	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.134	15	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.265	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.554	3.374	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.554	3.374	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.036	5.052	6142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.036	5.052	6143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.47	3.381	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.47	3.381	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.801	5.086	7561
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.283	27.183	11342
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.283	27.185	11343
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	153	-
R_work	0.35	2926	-
obs	-	-	97.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0421	-0.0182	-1.4293	5.5075	1.7223	5.3608	-0.0025	-0.1586	0.0287	-0.1456	0.087	0.2482	0.2544	-0.4817	-0.0846	0.2473	-0.006	-0.0711	0.3935	0.1225	0.2779	-36.486	-33.444	-5.295
2	3.614	-2.5996	-0.1776	5.6651	0.5771	1.1434	-0.0123	-0.2377	0.2022	0.0289	0.072	-0.068	-0.0655	0.0469	-0.0597	0.4506	-0.0345	-0.1338	0.2119	-0.0857	0.319	-9	-15.618	-8.745
3	2.1384	-0.3669	0.2373	4.31	0.7576	6.3883	0.2803	-0.0551	0.0425	0.4092	-0.175	-0.0626	0.0412	0.1128	-0.1052	0.5403	-0.0129	-0.0898	0.2094	-0.0176	0.2667	-13.447	-6.314	5.913
4	1.7757	0.2075	0.3759	0.3288	-0.406	0.8003	-0.096	-0.1617	0.0827	-0.1048	0.101	0.0469	0.0127	-0.115	-0.005	0.5243	0.0204	-0.1157	0.242	0.0204	0.3004	-23.631	-28.678	-12.627
5	7.1392	0.7968	-5.7276	10.262	7.2193	10.7144	-0.2448	-0.6498	-0.8334	-1.2867	-0.2388	-0.0043	-0.8596	0.698	0.4836	0.5101	0.1758	-0.0737	0.6823	-0.1268	0.2637	-1.591	-26.322	-19.185
6	6.7193	-2.2429	2.0286	1.9196	-0.9829	0.6993	-0.4157	-0.4666	-0.2965	0.2316	0.3832	-0.4618	-0.0874	-0.2054	0.0325	0.5618	0.0608	-0.135	0.2149	-0.0026	0.3676	-7.91	-35.599	-5.96
7	4.0036	-0.7009	-0.886	3.9561	1.1781	3.1907	-0.1636	-0.4731	-0.4954	0.1528	0.2871	0.1753	-0.0258	-0.5359	-0.1235	0.3128	-0.1001	-0.0987	0.3845	0.1853	0.3021	-47.824	-37.464	-31.846
8	2.009	0.3881	-0.7095	7.5706	-0.4521	0.7289	-0.1638	0.4937	-0.2934	-0.126	0.359	-0.1612	-0.0266	0.1377	-0.1952	0.4162	-0.0424	-0.0224	0.4534	-0.1989	0.305	-23.347	-33.68	-56.597
9	2.5198	2.3023	3.9464	9.5361	3.9625	6.2003	0.1789	0.1774	-0.0129	-0.6279	-0.2567	0.3952	0.1142	0.2667	0.0778	0.4783	-0.0175	-0.1594	0.2556	-0.1263	0.4144	-34.665	-50.097	-63.796
10	2.1372	0.8343	-0.1008	0.4903	-0.48	1.6167	0.0682	0.0384	-0.068	-0.0795	0.1345	0.0321	0.122	0.0005	-0.2027	0.4651	-0.0318	-0.1107	0.2883	0.0369	0.3017	-36.627	-33.579	-39.621
11	4.321	-0.0333	2.1743	0.0159	-0.185	4.1823	0.1865	-0.4282	-0.4656	0.029	0.0492	0.0214	0.1622	-0.1012	-0.2357	0.4896	0.0229	-0.0489	0.296	0.1112	0.3155	-34.772	-33.304	-32.985
12	2.0699	-0.3399	-0.7169	4.1146	-1.219	3.0684	0.1031	0.3497	0.0544	-0.2051	0.0805	-0.1694	-0.1316	-0.0271	-0.1836	0.4277	-0.0356	-0.0532	0.2701	-0.0303	0.2146	-29.881	-24.99	-50.711
13	7.2189	-1.1242	0.0088	1.8716	-1.2504	2.345	0.2674	0.2055	0.0072	-0.44	-0.1053	0.0043	0.2362	0.0664	-0.1622	0.663	0.0266	-0.0461	0.119	0.0006	0.2116	-8.412	-53.759	-15.603
14	4.4851	-1.313	-0.3189	0.9304	-1.2068	3.7851	-0.243	-0.7425	-0.5642	-0.103	0.4342	0.1515	0.6192	-0.1676	-0.1912	0.4567	-0.1272	-0.1321	0.365	0.0408	0.2314	-17.424	-62.357	13.949
15	3.7234	-3.2774	2.7904	3.3219	-2.1395	2.3509	-0.1924	-0.5563	-0.2349	0.1828	0.4551	0.2461	-0.0073	-0.3012	-0.2627	0.5258	-0.0027	-0.1168	0.5119	0.0925	0.2486	-15.021	-55.654	18.232
16	8.3726	-1.395	-0.1298	2.2581	-0.0226	0.6035	-0.1236	-0.499	0.4159	0.0111	0.2519	-0.5788	0.0892	-0.1687	-0.1282	0.5268	-0.0543	-0.1718	0.2226	-0.0064	0.3513	0.119	-61.598	19.036
17	2.7994	-0.0318	-2.0576	0.6926	-0.4166	2.5306	0.1644	-0.107	-0.0761	-0.2598	0.0319	-0.057	0.2573	-0.2051	-0.1963	0.554	-0.0559	-0.1531	0.1647	0.0627	0.3327	-19.381	-56.282	-6.889
18	3.3588	-1.9564	-1.4269	4.5361	1.0568	4.9657	-0.0809	-0.3071	0.0491	-0.085	0.3955	-0.0554	0.1366	-0.1846	-0.3146	0.4325	-0.0571	-0.1777	0.1789	0.1021	0.1982	-22.815	-52.85	6.75
19	3.6992	-1.669	1.4164	2.432	0.4722	3.5939	0.0405	0.1413	0.2588	-0.0055	0.4843	-0.339	-0.5535	0.5223	-0.5248	0.2883	-0.0642	-0.0039	0.255	-0.1706	0.4972	-43.736	-1.148	-46.069
20	1.2766	-0.6642	-0.2162	5.2952	-1.0351	1.3834	-0.0259	-0.1417	-0.071	-0.1995	0.2552	0.318	0.107	-0.3693	-0.2293	0.4022	-0.011	-0.0531	0.4064	0.0906	0.2846	-70.376	-15.057	-49.132
21	1.4703	1.9169	0.888	6.007	-1.1199	2.7979	0.0288	-0.0047	0.0744	-0.823	0.4579	0.4354	0.2851	-0.1577	-0.4867	0.6	-0.0157	-0.0534	0.3529	0.0541	0.2571	-68.795	-6.484	-66.57
22	0.1118	-0.2909	0.0739	1.1389	-0.3561	0.1412	-0.1721	-0.0345	0.0875	0.0297	0.1137	-0.2735	0.0462	-0.131	0.0584	0.491	-0.0019	-0.1217	0.3747	0.0001	0.2856	-58.708	-10.552	-45.271
23	7.1474	2.0636	3.9585	3.5638	-3.4894	9.8534	-1.0686	0.3227	0.7336	-1.1346	-0.454	-0.93	0.8129	0.6898	1.5226	0.3877	0.0301	0.3494	0.3468	0.0526	1.2399	-32.781	4.995	-47.885
24	3.0956	0.738	0.141	3.4244	0.209	0.9745	-0.1648	-0.1194	0.1382	0.0037	0.3216	-0.2168	-0.0082	-0.0751	-0.1568	0.3817	0.0424	-0.0837	0.2968	-0.0361	0.2092	-55.297	-12.535	-40.047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	134 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	331 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	340 - 365
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	134 - 204
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	205 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	280 - 320
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	321 - 365
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 42
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	43 - 115
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	116 - 161
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	162 - 213
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	214 - 312
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	313 - 364
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	93 - 134
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	135 - 190
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	192 - 256
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	257 - 276
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	277 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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