PDB-5buf: 2.37 Angstrom Structure of EPSP Synthase from acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5buf

タイトル

2.37 Angstrom Structure of EPSP Synthase from acinetobacter baumannii

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Shikimate pathway / EPSP synthase

機能・相同性

Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Sutton, K.A. / Schultz, L.W. / Breen, J. / Graham, J. / Umland, T.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate (EPSP) synthase from the ESKAPE pathogen Acinetobacter baumannii.
著者: Sutton, K.A. / Breen, J. / Russo, T.A. / Schultz, L.W. / Umland, T.C.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5buf.cif.gz	487.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5buf.ent.gz	407.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5buf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5buf_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5buf_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	5buf_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	5buf_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5buf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/5buf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o0bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xwb-1 4neq-d 5bs5-2 3roi-2 1rf5-3 4e7e-3 2gg4-d 4e7f-1 3roi-1 7brd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

96.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.893, 103.380, 113.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid B	B	0

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 分子量: 48344.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 293-748 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: ABBFA_001168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) 参照: UniProt: A0A0A7XPK6, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0, 100 mM potassium bromide, 40% (w/v) PEG 8000 PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→34.791 Å / Num. obs: 34793 / % possible obs: 96.89 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.74 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1682)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2o0b

2o0b

解像度: 2.37→34.791 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	1748	5.02 %
R_work	0.1833	33045	-
obs	0.1856	34793	96.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.43 Å² / B_iso mean: 39.5193 Å² / B_iso min: 8.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.37→34.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6560	0	4	423	6987
B_iso mean	-	-	38.97	33.05	-
残基数	-	-	-	-	890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	9032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.181	2470

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4968	X-RAY DIFFRACTION	16.542	TORSIONAL
1	2	B	4968	X-RAY DIFFRACTION	16.542	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.37-2.4395	0.2518	127	0.2103	2783	2910	99
2.4395-2.5183	0.2767	158	0.2252	2792	2950	100
2.5183-2.6082	0.2748	127	0.2161	2824	2951	100
2.6082-2.7126	0.2647	147	0.2133	2799	2946	100
2.7126-2.836	0.2534	162	0.2113	2806	2968	100
2.836-2.9855	0.2406	185	0.2137	2768	2953	100
2.9855-3.1724	0.2616	136	0.2102	2844	2980	100
3.1724-3.4171	0.2738	131	0.208	2837	2968	100
3.4171-3.7607	0.2441	92	0.2086	1873	1965	66
3.7607-4.304	0.2227	166	0.1559	2809	2975	99
4.304-5.4193	0.1693	154	0.135	2894	3048	100
5.4193-34.7951	0.1787	163	0.1458	3016	3179	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2535	0.2269	0.143	1.1226	0.4487	1.2267	-0.0212	-0.0217	0.0139	0.0576	-0.022	0.084	0.0382	0.0488	0.0475	0.1522	0.0146	0.0203	0.1985	0.0018	0.1764	-4.0296	19.9645	-19.0983
2	4.3118	1.0134	1.723	2.7541	-0.152	4.7802	0.2364	-0.16	-0.8141	0.1342	-0.0341	0.1082	0.6147	0.0408	-0.0942	0.3572	0.0128	-0.0263	0.2085	0.0411	0.311	4.4268	28.03	-0.6811
3	1.9733	-0.2502	1.0353	2.1206	-0.1256	3.3862	-0.014	0.0907	-0.0146	0.0368	0.0959	-0.2261	-0.0275	0.4062	-0.0923	0.2262	-0.0101	-0.0035	0.2341	-0.0419	0.2461	11.9525	37.9259	-7.5279
4	2.5531	0.2692	-0.3229	2.1257	-0.9534	1.5053	-0.0624	-0.2474	0.1477	0.325	0.1809	0.1101	-0.3343	-0.2052	-0.0355	0.2957	0.0412	-0.0343	0.3163	-0.0063	0.1846	36.3978	26.689	-38.7723
5	3.6397	0.655	-0.5935	1.1062	-0.0129	1.2752	-0.2193	-0.3207	-0.8125	-0.025	-0.0114	-0.223	0.1015	0.1237	0.1712	0.2531	0.0501	0.0528	0.2815	0.1343	0.4045	30.6466	1.7883	-33.4863
6	2.8946	-0.5652	-0.6625	2.2762	-1.1171	2.1887	0.083	0.2592	-0.209	-0.0793	-0.1088	-0.0148	0.0579	0.1875	0.0917	0.204	0	-0.0175	0.2832	-0.0248	0.2374	45.1769	22.9579	-48.9712
7	3.7464	-1.6402	0.3539	2.3346	0.2705	4.8369	0.399	0.9931	-0.382	-0.5102	-0.3854	0.3893	-0.0376	-0.9459	-0.056	0.3424	0.1268	-0.0876	0.6304	-0.0876	0.3269	31.6304	29.4469	-59.7143
8	4.1668	-0.6044	-0.441	4.4345	-0.5339	4.0327	-0.0555	-0.1848	-0.1505	0.3162	0.1936	0.43	-0.3229	-0.5491	-0.0765	0.3035	0.1048	0.0273	0.3358	0.0354	0.2592	29.9211	34.3452	-43.7508

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 312:621 )	A	312 - 621
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 622:660 )	A	622 - 660
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 661:756 )	A	661 - 756
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 312:344 )	B	312 - 344
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 345:540 )	B	345 - 540
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 541:631 )	B	541 - 631
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 632:700 )	B	632 - 700
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 701:756 )	B	701 - 756

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