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- PDB-5bu6: Structure of BpsB deaceylase domain from Bordetella bronchiseptica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bu6
タイトルStructure of BpsB deaceylase domain from Bordetella bronchiseptica
要素BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
キーワードHYDROLASE / deacetylase / family 4 carbohydrate esterase
機能・相同性Glycoside hydrolase/deacetylase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / THIOCYANATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Little, D.J. / Bamford, N.C. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)43998 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Protein BpsB Is a Poly-beta-1,6-N-acetyl-d-glucosamine Deacetylase Required for Biofilm Formation in Bordetella bronchiseptica.
著者: Little, D.J. / Milek, S. / Bamford, N.C. / Ganguly, T. / DiFrancesco, B.R. / Nitz, M. / Deora, R. / Howell, P.L.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
B: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,50413
ポリマ－61,8582
非ポリマー64611
水2,252125
1
A: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3999
ポリマ－30,9291
非ポリマー4708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1044
ポリマ－30,9291
非ポリマー1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子

B: BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,50413
ポリマ－61,8582
非ポリマー64611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2880 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.947, 77.785, 76.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BpsB (PgaB), Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase


分子量: 30928.957 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-307 / 変異: C48S, K128A, K129A, D235H, E239H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
株: RB50 / 遺伝子: hmsF, BN113_1689, BB1768 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0E1QQI1, EC: 3.5.1.33
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Small thin needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 39033 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1760精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.7.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F9D

4f9d


解像度: 1.951→45.6 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 1998 5.19 %Random seletion
Rwork0.1694 ---
obs0.1713 38470 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 0 24 125 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0585808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.641546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9511-1.99990.2641330.22592436X-RAY DIFFRACTION93
1.9999-2.05390.22781410.20782581X-RAY DIFFRACTION98
2.0539-2.11440.24751450.20192597X-RAY DIFFRACTION98
2.1144-2.18260.2471380.19562610X-RAY DIFFRACTION98
2.1826-2.26060.26011420.19692582X-RAY DIFFRACTION98
2.2606-2.35110.2291410.19542594X-RAY DIFFRACTION99
2.3511-2.45810.24081440.18962613X-RAY DIFFRACTION99
2.4581-2.58770.24341470.19572625X-RAY DIFFRACTION99
2.5877-2.74980.2391390.20192618X-RAY DIFFRACTION99
2.7498-2.96210.28631410.20542650X-RAY DIFFRACTION99
2.9621-3.26010.20631470.18722602X-RAY DIFFRACTION99
3.2601-3.73170.22591470.16792635X-RAY DIFFRACTION99
3.7317-4.70080.16941480.13912645X-RAY DIFFRACTION99
4.7008-45.6120.16981450.14362684X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49081.5024-0.5117.97943.00911.7703-0.048-0.25070.59620.0954-0.31140.6326-0.57-0.26240.27290.51610.0274-0.03970.5331-0.08110.3114110.3299-13.2542156.4765
22.0132-0.17270.35343.0456-1.16453.37730.0263-0.0776-0.01860.0608-0.094-0.0622-0.11560.11630.09620.2466-0.01360.00430.2528-0.04570.2832117.1937-15.7115144.6873
35.7303-1.40320.88963.7869-0.29123.14760.21570.27780.46180.30610.31840.2251-0.433-0.9435-0.49190.45170.12990.05440.83820.19151.104587.8272-8.8703139.5016
42.8610.0222-0.09132.2102-1.16053.7462-0.0507-0.1117-0.1208-0.0326-0.00490.34510.1897-0.43670.03670.2777-0.001-0.00450.2568-0.02970.3091104.5127-21.1721143.0683
58.5116-4.8221.72472.9379-1.63426.18710.17950.57870.7624-0.3642-0.2681-1.0514-0.33610.56510.23470.5176-0.0544-0.01860.53830.01460.4737101.24620.1754167.9185
64.1909-1.4187-0.91775.46620.28954.6873-0.25870.2531-0.7436-0.24010.2372-0.4790.47920.2736-0.02640.50030.00480.0610.8284-0.01640.816109.7257-11.4263172.1638
72.66630.3539-0.3963.1209-1.16454.2194-0.0067-0.01630.09720.0843-0.0441-0.3634-0.09510.36750.04730.26130.0243-0.00170.3446-0.04160.281899.3684-6.9833183.2807
81.8920.60240.57443.3634-0.02212.0909-0.08510.3361-0.079-0.24250.05890.08030.1416-0.0060.01570.30720.0220.02490.356-0.01260.26987.4883-14.6537175.1877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 190 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 191 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 298 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 35 through 50 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 51 through 83 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 84 through 190 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 191 through 298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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