PDB-5btx: Structure of the N-terminal domain of lpg1496 from Legionella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5btx

タイトル

Structure of the N-terminal domain of lpg1496 from Legionella pneumophila in complex with nucleotide

要素

lpg1496

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / bacterial effector / alpha-beta fold / nucleotide-binding / complex / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wong, K. / Kozlov, G. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Legionella Effector, lpg1496, Suggests a Role in Nucleotide Metabolism.
著者: Wong, K. / Kozlov, G. / Zhang, Y. / Gehring, K.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5btx.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5btx.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5btx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5btx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5btx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5btx_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5btx_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5btwSC 5btyC 5btzC 5bu0C 5bu1C 5bu2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5btw-2 1qg1-d 1h8u-1 4eet-2 1f4v-1 3qk2-d 1pxw-1 1tbd-d 1x5c-d 3cz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lpg1496

B: lpg1496

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lpg1496

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: lpg1496

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.622, 57.446, 63.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	lpg1496 分子量: 16340.897 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-138 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_1434 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G8UY02
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 14063 / Num. obs: 12544 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BTW

5btw

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 16.764 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29159	654	5 %	RANDOM
R_work	0.23763	-	-	-
obs	0.2404	12544	94.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8 Å²	0 Å²	0.38 Å²
2-	-	-1.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2057	0	44	107	2208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.992	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.665	5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.2	25.765	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.839	15	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.409	2.068	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.126	3.091	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.648	2.234	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.543	18.115	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.095→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	46	-
R_work	0.292	901	-
obs	-	-	92.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1711	0.4073	0.4586	0.4982	-0.1291	2.1779	0.031	-0.112	0.1958	0.0513	0.0179	0.1331	0.0555	-0.1206	-0.049	0.1494	0.0003	-0.014	0.1589	0.0047	0.0525	16.5594	35.7838	45.3781
2	2.1234	-0.9625	-0.1893	3.8309	-0.1959	0.197	0.0379	0.0693	0.072	-0.0314	-0.0164	0.1082	0.0609	-0.1044	-0.0215	0.1286	-0.0151	-0.0348	0.1685	-0.0102	0.0338	10.9716	25.4078	35.619
3	4.759	-2.3567	1.4673	4.412	-1.6043	1.2059	-0.0337	-0.2046	-0.045	0.21	0.128	0.2186	-0.071	-0.1454	-0.0943	0.1303	-0.0098	-0.0213	0.155	-0.0086	0.0264	12.8631	28.9326	46.1166
4	0.518	0.83	-0.0505	2.0459	0.252	1.4253	0.1136	0.0043	-0.0758	0.0246	0.021	-0.0937	0.1053	-0.0149	-0.1347	0.1003	0.007	-0.048	0.1607	0.0051	0.0398	22.5119	23.6119	42.6666
5	5.2311	2.5355	0.1535	2.7868	2.7403	4.5699	-0.058	0.3745	-0.0467	-0.0448	0.2401	-0.1409	-0.0172	0.1073	-0.182	0.1181	0.0096	0.0074	0.1821	0.0106	0.1098	30.8502	29.4198	37.354
6	2.4343	1.5438	0.3957	1.7386	-0.9133	1.9766	-0.0746	0.0283	-0.0593	-0.0873	0.0331	-0.1424	0.0814	0.1027	0.0415	0.1242	0.0145	-0.018	0.1991	-0.0434	0.1595	29.3218	25.8011	43.0861
7	0.2905	0.4634	-0.1111	2.4812	-1.7541	1.476	0.0867	0.0069	0.0993	0.123	-0.0482	0.1555	-0.0379	0.0231	-0.0384	0.1755	0.0269	0.0109	0.1923	0.0123	0.0445	25.8186	42.2569	40.3905
8	1.6518	0.1778	-0.8247	2.3273	0.1003	0.4595	0.003	-0.1902	-0.0838	0.1678	0.0023	-0.0986	0.0297	0.1684	-0.0053	0.1357	0.0084	-0.0352	0.2114	-0.0439	0.0605	29.1365	23.5068	72.929
9	0.6568	0.1431	-0.3608	2.1288	0.094	1.2627	-0.018	-0.0343	0.1228	0.1789	0.0511	0.0065	0.0555	0.0631	-0.0331	0.132	-0.0063	-0.0183	0.1565	-0.0124	0.0266	27.878	33.6827	76.8826
10	0.0588	0.0614	-0.227	2.8989	-0.0483	1.5696	0.0732	0.039	-0.007	-0.1309	-0.0304	0.2014	-0.1252	-0.1088	-0.0428	0.1371	0.0117	-0.0421	0.1627	-0.0051	0.0466	19.2949	31.4188	69.6195
11	0.6143	0.897	0.4158	1.3539	0.6688	1.5379	0.0414	-0.0042	0.0635	0.0287	-0.0177	0.1355	0.1074	-0.0383	-0.0238	0.0994	-0.0141	-0.0074	0.1641	-0.013	0.0775	15.5605	23.6843	73.4413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	45 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	62 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	94 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	105 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	114 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 33
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	34 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	75 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	101 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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