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- PDB-5btl: Crystal structure of a topoisomerase II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5btl
タイトルCrystal structure of a topoisomerase II complex
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • (DNA substrate 24-mer ...) x 2
キーワードIsomerase/DNA / protein-DNA complex / topoisomerase II / Isomerase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8MX / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Blower, T.R. / Williamson, B.H. / Kerns, R.J. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA077373 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and stability of gyrase-fluoroquinolone cleaved complexes from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Blower, T.R. / Williamson, B.H. / Kerns, R.J. / Berger, J.M.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
E: DNA substrate 24-mer GGTCATGAATGACTATGCACGTAA
F: DNA substrate 24-mer TTACGTGCATAGTCATTCATGACC
G: DNA substrate 24-mer TTACGTGCATAGTCATTCATGACC
H: DNA substrate 24-mer GGTCATGAATGACTATGCACGTAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,30714
ポリマ－198,4398
非ポリマー8686
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.938, 83.047, 128.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The double-stranded DNAs are superposed copies of each other, overlaid in opposite orientations (because directionality could not be resolved). Therefore in reality, rather than in the model, the biological assembly would in fact be hexameric - four proteins and one double-stranded DNA.

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要素

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DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 56209.422 Da / 分子数: 2 / 断片: GyrA 2-500 with IGSG C-terminal tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P9WG47, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 28272.412 Da / 分子数: 2 / 断片: GyrB 426-675 with N-terminal SNA tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: gyrB, MT0005 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P9WG44, UniProt: P9WG45*PLUS, EC: 5.99.1.3

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DNA substrate 24-mer ... , 2種, 4分子 EHFG

#3: DNA鎖 DNA substrate 24-mer GGTCATGAATGACTATGCACGTAA


分子量: 7417.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA substrate 24-mer TTACGTGCATAGTCATTCATGACC


分子量: 7319.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 219分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-8MX / 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methyl-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / 8-methyl-moxifloxacin


分子量: 385.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24FN3O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl, 13-15% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 6.25% PEG 400
PH範囲: 7.0 to 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射モノクロメーター: Si 220 filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.6 Å / Num. all: 250735 / Num. obs: 250735 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 49.24 Å2 / Rmerge F obs: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1335 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 8.38 / Num. measured all: 250907
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.5-2.5890.3350.91153021092892781.77897.11
2.56-2.630.3920.851859610635102821.43696.71.044
2.63-2.710.4941.11183611027799731.138970.829
2.71-2.790.5541.3179791011397800.9796.70.705
2.79-2.880.6741.6817035971693810.75996.60.551
2.88-2.980.7762.0616167935389880.62296.10.453
2.98-3.090.852.5615047913486140.47794.30.347
3.09-3.220.9093.3114332871182130.34994.30.254
3.22-3.360.9484.614964837680990.26396.70.191
3.36-3.530.9655.8914117795576980.19896.80.144
3.53-3.720.9827.5513311764673230.14295.80.103
3.72-3.950.9869.2912253722668740.11395.10.082
3.95-4.220.99111.0910662674662630.08492.80.061
4.22-4.560.99313.1611258629260390.073960.053
4.56-4.990.99514.2310297583855880.06595.70.047
4.99-5.580.99213.18930522049610.074950.053
5.58-6.440.99212.057400464743400.07793.40.056
6.44-7.890.99515.826977385437220.05896.60.042
7.89-11.160.99721.695109302728330.0493.60.029
11.160.99824.632810166815380.03292.20.023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BS8

5bs8


解像度: 2.5→49.6 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 7014 5.03 %Random selection
Rwork0.2297 132535 --
obs0.231 139549 95.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 256.86 Å2 / Biso mean: 73.8221 Å2 / Biso min: 21.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11538 1640 106 213 13497
Biso mean--49.31 64.87 -
残基数----1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68718767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6245303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.52840.4262000.41394154435489
2.5284-2.55820.38922010.3964220442192
2.5582-2.58940.40022560.38114416467295
2.5894-2.62210.36072730.37564527480098
2.6221-2.65660.35832280.36454440466897
2.6566-2.6930.37782350.36734567480297
2.693-2.73150.35392050.35314489469497
2.7315-2.77230.41821980.36514557475597
2.7723-2.81560.40872530.34544424467797
2.8156-2.86170.34212570.32134477473496
2.8617-2.91110.33882460.32914439468597
2.9111-2.9640.32892710.30764431470296
2.964-3.0210.31612120.30184369458196
3.021-3.08270.34792550.29524483473895
3.0827-3.14970.34182220.29124159438191
3.1497-3.22290.29182640.2934471473597
3.2229-3.30350.30912140.27784526474097
3.3035-3.39280.28832400.25144493473397
3.3928-3.49260.29672370.2344518475597
3.4926-3.60530.25012410.22184403464496
3.6053-3.73410.2212010.20664445464696
3.7341-3.88360.23492350.1964401463695
3.8836-4.06030.23422400.18784303454393
4.0603-4.27420.17032420.1684339458194
4.2742-4.54190.17512750.15864434470996
4.5419-4.89220.18022450.15564465471096
4.8922-5.3840.20172100.1624434464495
5.384-6.16190.21752090.19284322453193
6.1619-7.75850.22092250.18654495472097
7.7585-49.61380.18552240.16954334455894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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