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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5btg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a topoisomerase II complex | ||||||
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![]() | Isomerase/DNA / protein-DNA complex / topoisomerase II / Isomerase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blower, T.R. / Williamson, B.H. / Kerns, R.J. / Berger, J.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and stability of gyrase-fluoroquinolone cleaved complexes from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Blower, T.R. / Williamson, B.H. / Kerns, R.J. / Berger, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 944.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 793.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The double-stranded DNAs are superposed copies of each other, overlaid in opposite orientations (because directionality could not be resolved). Therefore in reality, rather than in the model, the biological assembly would in fact be hexameric - four proteins and one double-stranded DNA. |
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要素
-DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 56209.422 Da / 分子数: 2 / 断片: GyrA 2-500 with IGSG C-terminal tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28272.412 Da / 分子数: 2 / 断片: GyrB 426-675 with N-terminal SNA tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gyrB, Rv0005, MTCY10H4.03 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA substrate 24-mer ... , 2種, 4分子 EHFG
#3: DNA鎖 | 分子量: 7417.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 7319.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 195分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Tris-HCl, 13-15% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 6.25% PEG 400 PH範囲: 7.0 to 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→46.33 Å / Num. all: 283502 / Num. obs: 283502 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.67 Å2 / Rmerge F obs: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.1391 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 8.93 / Num. measured all: 283517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5BS8 解像度: 2.5→46.325 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 255.2 Å2 / Biso mean: 65.8645 Å2 / Biso min: 14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→46.325 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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