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- PDB-5bt9: Crystal Structure of FolM Alternative dihydrofolate reductase 1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bt9
タイトルCrystal Structure of FolM Alternative dihydrofolate reductase 1 from Brucella canis complexed with NADP
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / FolM / Alternative dihydrofolate reductase 1 / fabG / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella canis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2022
タイトル: Crystal structures of FolM alternative dihydrofolate reductase 1 from Brucella suis and Brucella canis.
著者: Porter, I. / Neal, T. / Walker, Z. / Hayes, D. / Fowler, K. / Billups, N. / Rhoades, A. / Smith, C. / Smith, K. / Staker, B.L. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. ...著者: Porter, I. / Neal, T. / Walker, Z. / Hayes, D. / Fowler, K. / Billups, N. / Rhoades, A. / Smith, C. / Smith, K. / Staker, B.L. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9308
ポリマ-119,9574
非ポリマー2,9744
13,043724
1
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7332
ポリマ-29,9891
非ポリマー7431
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7332
ポリマ-29,9891
非ポリマー7431
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7332
ポリマ-29,9891
非ポリマー7431
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7332
ポリマ-29,9891
非ポリマー7431
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18800 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.570, 75.600, 99.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase


分子量: 29989.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella canis (strain ATCC 23365 / NCTC 10854) (イヌ流産菌)
: ATCC 23365 / NCTC 10854 / 遺伝子: fabG, BCAN_A0712 / プラスミド: BrcaA.00010.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9MA73
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: BrcaA.00010.a.B1.PS02349 at 32.3 mg/ml incubated with 6 mM NADP, then mixed 1:1 with MCSG1(a1): 0.1 M HEPES:NaOH, pH=7.5, 20% PEG-8000, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月2日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 164992 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.63 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 18.26 / Num. measured all: 783894
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.544.80.8970.4933.395733612583119080.55394.6
1.54-1.580.9170.41145610712293116670.46294.9
1.58-1.630.9470.3344.855449711937113420.37595
1.63-1.680.9650.2546.185314111590110640.28595.5
1.68-1.730.9740.2117.335178611284107980.23895.7
1.73-1.790.9790.188.514995410860104190.20295.9
1.79-1.860.9890.13810.624870010565101670.15596.2
1.86-1.940.9920.10513.51467281011097600.11896.5
1.94-2.020.9950.08216.5544818969693820.09296.8
2.02-2.120.9970.06619.9642975927289910.07497
2.12-2.240.9980.05423.8141109885986210.06197.3
2.24-2.370.9980.04826.0738714834881400.05497.5
2.37-2.540.9980.04229.5136315787577030.04797.8
2.54-2.740.9980.03932.4933744732871840.04498
2.74-30.9980.03536.6331053676566490.03998.3
3-3.350.9990.03140.1927909612260260.03598.4
3.35-3.870.9990.02844.4924710542053460.03198.6
3.87-4.740.9990.02546.7820638459145030.02898.1
4.74-6.710.9990.02646.5415974356235130.02998.6
6.710.9990.02446.057686201418090.02789.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E7W
解像度: 1.5→36.149 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 8084 4.92 %
Rwork0.1686 156072 -
obs0.1695 164156 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.65 Å2 / Biso mean: 27.637 Å2 / Biso min: 8.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→36.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7542 0 192 726 8460
Biso mean--26.65 35.01 -
残基数----990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13111178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6024907
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.51710.28772350.24864573480885
1.5171-1.53490.27522750.2355092536794
1.5349-1.55360.25372800.23325041532195
1.5536-1.57330.23362590.22475141540095
1.5733-1.5940.262610.21485123538495
1.594-1.61580.2412830.20995132541595
1.6158-1.63890.2362610.20695127538895
1.6389-1.66340.22142560.19945149540595
1.6634-1.68940.23962480.19855132538096
1.6894-1.71710.22292820.19125147542996
1.7171-1.74670.21162620.19035200546296
1.7467-1.77840.22682860.19235167545396
1.7784-1.81260.21062770.18565171544896
1.8126-1.84960.21062760.17925208548496
1.8496-1.88980.19522590.17585209546896
1.8898-1.93380.21542720.17985207547997
1.9338-1.98220.20582810.17545222550397
1.9822-2.03580.20262630.1765233549697
2.0358-2.09570.19542620.17015216547897
2.0957-2.16330.17952590.16595293555297
2.1633-2.24060.16632730.16375275554897
2.2406-2.33030.19752650.16945286555198
2.3303-2.43630.18782630.16795320558398
2.4363-2.56470.19122650.17295298556398
2.5647-2.72540.20212580.175344560298
2.7254-2.93570.20422720.17075344561698
2.9357-3.2310.1942900.16965327561799
3.231-3.69810.16992740.15435408568299
3.6981-4.65770.12712920.12645360565298
4.6577-36.15980.16242950.1545327562296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08761.2911-0.36122.55140.79182.61390.02340.3506-0.1762-0.04020.0694-0.25670.2068-0.0309-0.07880.09150.00150.02250.22990.0110.156362.01531.056216.2324
20.1554-0.40530.10531.5772-0.70941.8609-0.02370.83060.3221-0.17210.0871-0.2139-0.00030.08740.16560.1616-0.05520.03290.46490.13660.233662.96479.60629.1133
31.8278-0.9411.36111.9213-0.5051.1157-0.00150.77150.224-0.33170.3647-0.1464-0.0351-0.07520.10850.1898-0.03820.07530.53150.20380.196851.15356.11966.0785
40.54430.17570.47570.6216-0.31441.0208-0.0410.8320.1437-0.14610.07-0.14930.0349-0.04280.03940.1589-0.02290.02430.46280.0660.151945.47092.87769.3372
50.56870.71520.02781.1929-0.37181.549-0.01040.6110.2082-0.0870.0653-0.0962-0.1117-0.0905-0.09340.10790.00270.03010.28460.07520.165343.80355.735114.3788
60.9511.4352-0.44922.2377-0.29362.52980.10920.38360.3925-0.1288-0.0407-0.1557-0.6077-0.00310.0220.28510.02680.09890.19640.13240.369644.16424.581723.3377
71.486-0.47390.33890.7634-0.12150.713-0.00540.19750.246-0.00790.05110.0334-0.13520.0147-0.01230.12370.00140.02740.09070.04410.150246.28828.723924.7248
84.35033.67214.56615.01422.95665.2134-0.255-2.04790.1752-2.53531.50520.0692-3.6822-3.3587-1.24320.65420.2633-0.05580.65520.28160.594222.869721.609127.7108
94.8205-0.2506-0.33111.63220.77423.9595-0.0062-0.3350.02070.0730.0644-0.11460.02420.2739-0.00080.09170.0182-0.02470.14-0.01390.093452.77024.458246.7397
105.13780.82511.62492.6546-0.24392.11940.0003-0.63920.02330.4195-0.1106-0.10990.03810.30910.09960.27340.0077-0.02920.37810.02560.150449.92853.145755.6316
113.48791.36260.36462.2240.22851.44950.133-0.3994-0.0010.1359-0.0644-0.00830.0683-0.0837-0.07380.13150.00480.00790.14880.00520.079436.57113.977447.8999
121.5542-0.0122-0.11460.55320.13030.74530.0094-0.01-0.13510.01490.0132-0.03690.07490.0467-0.03020.10550.00950.00130.06340.01010.106142.1972-1.027733.6706
1322-1.92062220.1303-4.46828.7166.57512.6732-0.2154-2.6416-6.4772-2.80560.6480.09740.17960.6747-0.2060.941131.6615-22.374813.2685
140.75040.58030.56890.79020.2041.123-0.13320.58250.1826-0.31890.48870.1285-0.1704-0.13120.48230.1522-0.1195-0.16540.9806-0.12930.094410.4835-2.2728-0.293
150.7520.05650.54080.8570.50841.3875-0.1120.1944-0.003-0.28380.11410.0625-0.17470.12910.08330.4558-0.2526-0.20861.0021-0.20.21636.9561-9.6189-8.9751
160.5918-0.13930.76970.70550.07031.09470.0037-0.0589-0.0035-0.36270.2431-0.0348-0.14860.2116-0.05770.4969-0.2475-0.03741.2397-0.1360.225816.7239-1.3944-9.0113
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226.09240.21560.38265.7104-1.87955.49470.00830.2762-0.3033-0.2598-0.02750.24810.2827-0.17980.0820.0599-0.00960.02220.1579-0.00860.13071.9448-3.413632.0025
233.59410.85060.70171.79140.21613.0252-0.02520.04460.25170.00490.01830.0707-0.1676-0.08420.02210.08080.02740.0170.1156-0.01630.15980.32623.327632.7293
245.42521.15441.63812.371.47753.90180.1581-0.4397-0.07940.2216-0.12530.11950.0131-0.22310.01860.1428-0.0120.03880.12410.00010.1484-1.78681.689141.0632
254.0732.77670.50474.9451-0.69332.76470.1271-0.1041-0.14110.3011-0.01470.17030.0531-0.2592-0.09930.12050.00420.02220.08460.01230.16312.9941-7.925439.0201
266.29074.26871.61664.07131.12160.5130.1016-0.35520.66480.198-0.08210.0744-0.07980.0568-0.04750.1731-0.01250.03470.1899-0.10030.334920.646414.407742.4173
273.81392.17740.82763.97941.20782.62450.0998-0.3388-0.15520.1029-0.0591-0.12450.0873-0.0124-0.01810.09320.01390.02190.13450.01420.104217.1857-1.020342.6251
282.16850.08490.03970.9178-0.14111.4944-0.02780.09560.1113-0.02020.03280.11040.0592-0.05570.02260.11220.01280.00750.05950.00040.098417.16841.870430.9466
291.7942-0.109-0.040710.09141.6511-0.00950.05080.1058-0.0750.00210.1213-0.1058-0.0524-0.01010.09450.00440.00670.0737-0.00060.118418.522.148331.3715
303.29391.7767-0.36963.3166-2.52772.3453-0.21520.1470.97550.2454-0.01190.2896-0.49450.04020.07220.2933-0.0003-0.08940.22690.12840.497113.525319.860719.8516
312.06070.6078-0.18231.07120.30011.12380.0160.42320.2562-0.0264-0.0290.0463-0.1336-0.0293-0.01960.12010.0159-0.0020.15660.05670.145616.15335.93321.1287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 77 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 108 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 157 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 199 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 217 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 253 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 254 through 254 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 7 through 46 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 47 through 77 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 78 through 133 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 134 through 255 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 256 through 256 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 6 through 46 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 47 through 60 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 61 through 74 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 75 through 108 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 109 through 157 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 158 through 199 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 200 through 217 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 218 through 255 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 8 through 22 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 23 through 46 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 47 through 77 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 78 through 94 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 95 through 108 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 109 through 133 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 134 through 157 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 158 through 202 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 203 through 217 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 218 through 256 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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