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- PDB-5bsw: Crystal structure of 4-coumarate:CoA ligase delta-V341 mutant com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bsw
タイトルCrystal structure of 4-coumarate:CoA ligase delta-V341 mutant complexed with feruloyl adenylate
要素4-coumarate--CoA ligase 2
キーワードLIGASE / 4-coumarate:CoA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-feruloyl-CoA synthase activity / trans-cinnamate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase / 4-coumarate-CoA ligase activity / (E)-caffeate-CoA ligase activity / 4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / CoA-ligase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / response to jasmonic acid ...trans-feruloyl-CoA synthase activity / trans-cinnamate-CoA ligase activity / trans-feruloyl-CoA synthase / 4-coumarate-CoA ligase activity / (E)-caffeate-CoA ligase activity / 4-coumarate-CoA ligase / phenylpropanoid metabolic process / CoA-ligase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / response to jasmonic acid / response to wounding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4UW / 4-coumarate--CoA ligase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, Z. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Specificity and Flexibility in a Plant 4-Coumarate:CoA Ligase.
著者: Li, Z. / Nair, S.K.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-coumarate--CoA ligase 2
B: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9404
ポリマ－118,8932
非ポリマー1,0472
水10,287571
1
A: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9702
ポリマ－59,4471
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-coumarate--CoA ligase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9702
ポリマ－59,4471
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.276, 97.186, 124.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-coumarate--CoA ligase 2 / 4CL 2 / 4-coumaroyl-CoA synthase 2


分子量: 59446.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: 4CL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O24146, 4-coumarate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-4UW / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(2E)-3-(5-methoxy-4-oxocyclohexa-1,5-dien-1-yl)prop-2-enoyl]oxy}phosphoryl]adenosine


分子量: 523.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N5O10P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: AMP-CoA complex (DV341 mutant): 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 65538 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 0.874 / Net I/av σ(I): 18.636 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 533741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1860.46956820.77286
2.18-2.266.90.40262820.78695
2.26-2.377.80.37365060.78198.4
2.37-2.498.50.32865990.8399.8
2.49-2.658.70.25566420.861100
2.65-2.858.70.18466360.858100
2.85-3.148.70.12166850.867100
3.14-3.598.70.08267211.126100
3.59-4.528.60.04667460.943100
4.52-508.30.03470390.82799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.368 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 3302 5 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1992 62119 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.73 Å2 / Biso mean: 28.031 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8120 0 72 571 8763
Biso mean--26.96 31.21 -
残基数----1052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.99111361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92251050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16624.97338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.773151445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7771534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.55258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17128545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74733108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8734.52816
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 192 -
Rwork0.245 3858 -
all-4050 -
obs--83.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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