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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bsf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase (MtP5CR) in complex with NAD+ | ||||||
要素 | Pyrroline-5-carboxylate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / proline biosynthesis / decamer / P5C / plant protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2015 タイトル: The structure of Medicago truncatula delta (1)-pyrroline-5-carboxylate reductase provides new insights into regulation of proline biosynthesis in plants. 著者: Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z. #1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structures of delta1-pyrroline-5-carboxylate reductase from human pathogens Neisseria meningitides and Streptococcus pyogenes. 著者: Nocek, B. / Chang, C. / Li, H. / Lezondra, L. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. #2: ジャーナル: New Phytol. / 年: 2014 タイトル: (delta)1-Pyrroline-5-carboxylate reductase from Arabidopsis thaliana: stimulation or inhibition by chloride ions and feedback regulation by proline depend on whether NADPH or NADH acts as co-substrate. 著者: Giberti, S. / Funck, D. / Forlani, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bsf.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bsf.ent.gz | 859.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bsf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bsf_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bsf_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5bsf_validation.xml.gz | 120.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bsf_validation.cif.gz | 164.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28788.066 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_7g090160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: G7KRM5, pyrroline-5-carboxylate reductase #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-MPO / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) A7 solution (100 mM HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 10% polyethylene glycol 4000, 20% glycerol, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 266309 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 17.69 / Num. measured all: 978057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IZZ, 5BSE 解像度: 1.85→39.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1691 / WRfactor Rwork: 0.1501 / FOM work R set: 0.8604 / SU ML: 0.077 / SU Rfree: 0.0966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.76 Å2 / Biso mean: 41.4 Å2 / Biso min: 18.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→39.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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