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- PDB-5bre: Crystal structure of Trypanosoma cruzi glucokinase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bre
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor CBZ-GlcN
要素Glucokinase 1, putative
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Transferase / Hexose Kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucokinase / glucokinase activity / D-glucose binding / glycolytic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glucokinase / Glucokinase / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4UZ / Glucokinase 1, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者D'Antonio, E.L. / Perry, K. / Deinema, M.S. / Kearns, S.P. / Frey, T.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103499 米国
University of South Carolina Office of the Vice President for Research 米国
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2016
タイトル: Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
著者: D'Antonio, E.L. / Deinema, M.S. / Kearns, S.P. / Frey, T.A. / Tanghe, S. / Perry, K. / Roy, T.A. / Gracz, H.S. / Rodriguez, A. / D'Antonio, J.
履歴
登録2015年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase 1, putative
B: Glucokinase 1, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0804
ポリマ－84,4532
非ポリマー6272
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.673, 79.047, 76.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase 1, putative


分子量: 42226.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-367 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510187.100 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4E4E1, glucokinase
#2: 糖 ChemComp-4UZ / 2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-D-glucosamine / 2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-deoxy-D-glucose / 2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}-2-deoxy-glucose / 2-[(ベンジルオキシカルボニル)アミノ]-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 313.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19NO7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: A glucose-free TcGlcK crystal was soaked in 1.0 mM CBZ-GlcN, 5.0% (v/v) DMSO, 0.1 M sodium citrate (pH 7.0), 15% (w/v) PEG 3,350 for 24 hours

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月26日 / 詳細: LR-Design detector positioner
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28549 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.122 / Net I/av σ(I): 13.262 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 105473
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.593.70.69428430.6740.4220.8141.042100
2.59-2.693.70.53828390.7510.3260.631.153100
2.69-2.823.70.41228360.8390.2490.4831.152100
2.82-2.963.70.28428520.9230.1710.3321.223100
2.96-3.153.70.19928390.9580.120.2321.151100
3.15-3.393.70.13828400.9740.0830.1611.16100
3.39-3.733.70.10328570.9820.0620.1211.108100
3.73-4.273.70.08528780.9860.0510.0991.021100
4.27-5.383.70.08328610.9840.0510.0971.106100
5.38-503.50.06129040.990.0390.0731.10198.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q2R

2q2r


解像度: 2.5→27.427 Å / FOM work R set: 0.7902 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 1434 5.06 %
Rwork0.1902 26898 -
obs0.1924 28332 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.44 Å2 / Biso mean: 78.49 Å2 / Biso min: 42.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→27.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5696 0 44 4 5744
Biso mean--73.29 60.4 -
残基数----734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1247924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.942194
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.58930.32061610.272726502811100
2.5893-2.69290.31861360.250826912827100
2.6929-2.81530.31831330.245827062839100
2.8153-2.96360.30321500.231726502800100
2.9636-3.1490.29131260.240826952821100
3.149-3.39170.31471290.221826932822100
3.3917-3.73230.22481450.193526772822100
3.7323-4.27060.22261530.180327032856100
4.2706-5.37390.19611420.161626972839100
5.3739-27.42870.17171590.14982736289599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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