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- PDB-5bql: Fluorescent protein cyOFP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bql
タイトルFluorescent protein cyOFP
要素Fluorescent protein cyOFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein cyOFP
類似検索 - 構成要素
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Sens, A. / Ataie, N. / Ng, H.L. / Lin, M.Z. / Chu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1U01NS090600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50GM107615 米国
引用ジャーナル: Sensors Basel Sensors / 年: 2016
タイトル: A Guide to Fluorescent Protein FRET Pairs.
著者: Bajar, B.T. / Wang, E.S. / Zhang, S. / Lin, M.Z. / Chu, J.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein cyOFP
B: Fluorescent protein cyOFP
C: Fluorescent protein cyOFP
D: Fluorescent protein cyOFP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0024
ポリマ－110,0024
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.124, 102.764, 123.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein cyOFP


分子量: 27500.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A182DW87*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.01623 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→79 Å / Num. obs: 38045 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 58.76 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 467689
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.39-2.530.6421.0221.946772711616112501.11496.8
2.53-2.710.8670.6143.467366510912108690.66599.6
2.71-2.930.9510.3575.76866710171101450.38799.7
2.93-3.20.9870.199.9263084940093860.20599.9
3.2-3.580.9960.09318.6856198846984600.10199.9
3.58-4.130.9980.06226.6948919748874850.067100
4.13-5.050.9980.04634.2440813632063190.05100
5.05-7.10.9980.04633.7530983490849070.05100
7.10.9990.03639.6917633277727590.03999.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 24.223 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.475 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 1858 4.9 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1955 35895 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.93 Å2 / Biso mean: 63.039 Å2 / Biso min: 32.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7139 0 1903 44 9086
Biso mean--69.92 50.41 -
残基数----653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.9749921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.979316016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3485892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50724.214337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.613151267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3791537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3813.6623565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3813.6623564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2055.4894446
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 143 -
Rwork0.333 2472 -
all-2615 -
obs--95.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58590.88890.22923.35280.85162.34140.3501-0.6322-0.05050.8555-0.11240.02780.4478-0.106-0.23770.3201-0.08020.04870.2811-0.13760.2182-17.7316-18.059939.2109
22.847-0.031-0.57313.09140.14312.23490.1850.32980.6301-0.34160.09490.7088-0.1624-0.4103-0.27990.0948-0.04870.03190.24970.00940.4116-24.7242-7.88310.9322
32.8235-0.4498-0.86281.88240.59282.21710.16650.34670.3288-0.2004-0.12250.016-0.11810.0701-0.0440.07210.01450.07710.06740.02780.13426.7547-2.27165.7309
42.05720.0419-0.10843.0417-0.59971.70620.0626-0.3574-0.14430.1253-0.10330.07460.03430.26410.04070.018-0.00660.03730.09770.02760.17712.9937-19.337230.8581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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