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- PDB-5bqk: CRYSTAL STRUCTURE OF C-TERMINAL DOMAIN OF ICP27 PROTEIN FROM HSV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF C-TERMINAL DOMAIN OF ICP27 PROTEIN FROM HSV-1
要素ICP27
キーワードVIRAL PROTEIN / ICP27 / HSV-1 / alpha-helical / C-terminal domain / UL54 / zinc-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell cytoplasm / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Herpes viral adaptor, REF-binding domain / Herpes viral adaptor-to-host cellular mRNA binding domain / Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family
類似検索 - ドメイン・相同性
ICP27 / mRNA export factor
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Patel, V. / Rajakannan, V. / Dahlroth, S. / Nordlund, P.
資金援助 シンガポール, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Nanyang Technological University1 シンガポール
Swedish Research Council1 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the C-Terminal Domain of the Multifunctional ICP27 Protein from Herpes Simplex Virus 1.
著者: Patel, V. / Dahlroth, S.L. / Rajakannan, V. / Ho, H.T. / Cornvik, T. / Nordlund, P.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICP27
B: ICP27
C: ICP27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2586
ポリマ－90,0623
非ポリマー1963
水5,098283
1
A: ICP27
ヘテロ分子

A: ICP27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1724
ポリマ－60,0412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
2
B: ICP27
C: ICP27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1724
ポリマ－60,0412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.983, 120.335, 79.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ICP27


分子量: 30020.678 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 328-598 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL54 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3TCB5, UniProt: P10238*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium Thiocyanate, Benzamidine Hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→23.795 Å / Num. obs: 89418 / % possible obs: 91.48 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 1.46
反射 シェル解像度: 1.997→2.068 Å / % possible all: 93.91

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→23.795 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.223 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 4475 5 %RANDOM
Rwork0.217 84943 --
obs0.2185 89418 91.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.09 Å2 / Biso mean: 36.637 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å2-0.58 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→23.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6083 0 3 283 6369
Biso mean--35.71 39.63 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.9568455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1875794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.48521.875256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9215963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0021559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.53994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79126386
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13132227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4294.52069
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 328 -
Rwork0.298 6359 -
all-6687 -
obs--92.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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