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- PDB-5bps: Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bps
タイトルStructure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A
要素ATP synthase subunit 9, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / C10 ring / F1FO ATP synthase / oligomycin A / mitochondria / membrane / protein-antibiotic complex / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion ...: / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligomycin A / ATP synthase subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Symersky, J. / Xu, T. / Mueller, D.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin A
著者: Mueller, D.M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2012
タイトル: Oligomycin frames a common drug-binding site in the ATP synthase.
著者: Symersky, J. / Osowski, D. / Walters, D.E. / Mueller, D.M.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,44117
ポリマ-77,90410
非ポリマー5,5377
2,576143
1
A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子

A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,65016
ポリマ-77,90410
非ポリマー4,7466
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area32480 Å2
ΔGint-416 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
2
K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子

K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,23218
ポリマ-77,90410
非ポリマー6,3288
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
Buried area32950 Å2
ΔGint-417 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.216, 76.216, 489.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質
ATP synthase subunit 9, mitochondrial / Lipid-binding protein / Oligomycin resistance protein 1


分子量: 7790.385 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P61829, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-EFO / Oligomycin A / (1R,4E,5'S,6S,6'S,7R,8S,10R,11R,12S,14R,15S,16R,18E,20E,22R,25S,27R,28S,29R)-22-ethyl-7,11,14,15-tetrahydroxy-6'-[(2R)-2-hydroxypropyl]-5',6,8,10,12,14,16,28,29-nonamethyl-3',4',5',6'-tetrahydro-3H,9H,13H-spiro[2,26-dioxabicyclo[23.3.1]nonacosa-4,18,20-triene-27,2'-pyran]-3,9,13-trione


分子量: 791.062 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C45H74O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 68% MPD, 8% propylene glycol, 0.3 M sodium chloride, 2 mM magnesium sulfate, 50 mM MES, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 42953 / Num. obs: 42953 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0117位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4F4S
解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.617 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23867 2163 5 %RANDOM
Rwork0.20098 ---
obs0.20285 40744 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5296 0 392 143 5831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.262.0678242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8425831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.47523.101129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71615894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2091510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 144 -
Rwork0.212 2663 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8212-0.0038-2.06040.7615-1.113816.94040.105-0.19310.10870.12960.1868-0.0965-0.33670.1249-0.29180.03670.0055-0.00940.0922-0.03690.094548.41268.483731.867
20.3692-0.1175-1.72760.8913-0.997518.51740.046-0.22450.04880.17260.0457-0.1098-0.33820.9376-0.09170.054-0.0377-0.02640.1411-0.03490.164250.912816.340827.9283
30.8324-0.0641-1.63410.9414-2.312519.17580.1031-0.19190.10260.14540.17910.0212-0.18320.0853-0.28220.05690.00890.00250.0736-0.01940.099641.476512.912831.8582
40.7571-0.0789-0.23120.8263-1.76615.7942-0.0279-0.21740.13260.1590.0324-0.0472-0.47220.1793-0.00450.0666-0.0045-0.00520.069-0.03710.149438.862120.785528.4215
50.87710.0703-0.51460.8958-1.986522.14290.1969-0.19480.06230.1760.21380.1545-0.11160.194-0.41060.07940.01210.02790.12070.00690.091133.231712.381832.001
61.0088-0.01910.58620.4787-2.356421.4237-0.0302-0.22070.05510.20320.03550.0239-0.9014-0.2439-0.00530.09940.0303-0.00030.06-0.03010.15326.590617.132228.3753
70.8251-0.18170.68950.9465-2.177417.05360.1083-0.1782-0.01350.18050.15080.1373-0.1657-0.02-0.25910.06290.00870.02530.06550.0080.086126.95577.10331.8876
80.58210.06890.92060.2896-0.756118.0944-0.0075-0.14480.06590.1214-0.00670.1232-0.5787-0.61070.01420.06410.02950.03130.12060.00160.15918.74287.16528.1155
90.6989-0.14362.220.942-0.712820.9540.0549-0.2015-0.05930.17070.24090.1648-0.0403-0.2417-0.29580.04150.01840.02930.11950.02920.105524.805-0.865532.0373
100.56790.05712.27630.84230.185421.4467-0.0695-0.2399-0.02780.1451-0.00320.1495-0.1269-0.79010.07270.04930.01090.02960.15370.02660.162318.133-5.668928.0585
110.98660.29630.89240.9141.207312.15450.2369-0.337-0.08990.2295-0.02250.03710.33820.142-0.21430.0903-0.07380.00160.15670.02910.085-8.494427.840531.965
120.6814-0.0485-0.31490.96571.638718.816-0.0317-0.2763-0.05890.2656-0.1680.01830.284-0.32560.19970.116-0.0761-0.0030.19170.05370.1496-9.464319.594728.7426
130.62780.2821.30961.24492.136120.63480.2428-0.337-0.13060.23250.0293-0.07030.1594-0.1249-0.27210.1221-0.1183-0.04140.21570.07180.0988-0.909724.881531.8952
140.7175-0.1815-0.47140.33571.608817.5052-0.0287-0.3011-0.1450.2105-0.03840.00880.77150.19150.06710.1629-0.0849-0.03730.20380.09440.19243.037317.599428.772
150.6043-0.0769-0.35461.04222.421522.82160.2161-0.3345-0.09990.21780.0145-0.0660.13590.3023-0.23050.1379-0.1288-0.05320.20030.08790.10367.072326.855932.268
161.291-0.0871-0.32941.10962.798520.54460.057-0.4412-0.15120.3426-0.0758-0.09570.97890.20210.01880.1153-0.0495-0.05310.1810.09460.176214.646223.517528.247
170.8671-0.1641-1.32850.74352.128714.83110.1887-0.3203-0.04170.2211-0.0293-0.09630.3674-0.0073-0.15940.1329-0.1035-0.04970.15150.05570.109112.414433.164832.7227
180.85880.1516-0.63450.61141.441516.86870.0774-0.3088-0.07720.2151-0.0419-0.10880.54880.5949-0.03550.0832-0.0391-0.05130.16830.0620.152220.43134.697428.8475
190.94420.0816-2.15730.83390.0511.81410.1769-0.31120.00450.19060.0275-0.10330.12580.0433-0.20450.1022-0.0944-0.03570.17830.02760.099312.9541.489532.3781
200.77570.2713-2.16381.0986-0.928623.20220.0698-0.32760.020.2285-0.1453-0.06980.08840.64940.07540.0763-0.0747-0.02720.1950.00640.133718.498747.447728.7412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4B42 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6C42 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8D42 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9E1 - 41
10X-RAY DIFFRACTION10E42 - 74
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 41
12X-RAY DIFFRACTION12K42 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13L1 - 41
14X-RAY DIFFRACTION14L42 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15M1 - 41
16X-RAY DIFFRACTION16M42 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17N1 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18N42 - 75
19X-RAY DIFFRACTION19O1 - 41
20X-RAY DIFFRACTION20O42 - 75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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