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- PDB-4f4s: Structure of the yeast F1Fo ATPase c10 ring with bound oligomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4s
タイトルStructure of the yeast F1Fo ATPase c10 ring with bound oligomycin
要素ATP synthase subunit 9, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / c10 ring / F1Fo ATP synthase / Oligomycin / mitochondria / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / : / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligomycin A / ATP synthase subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Symersky, J. / Mueller, D.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Oligomycin frames a common drug-binding site in the ATP synthase.
著者: Symersky, J. / Osowski, D. / Walters, D.E. / Mueller, D.M.
履歴
登録2012年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,44117
ポリマ－77,90410
非ポリマー5,5377
水2,702150
1
A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子

A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,65016
ポリマ－77,90410
非ポリマー4,7466
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area32590 Å2
ΔGint-416 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
2
K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子

K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,23218
ポリマ－77,90410
非ポリマー6,3288
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
Buried area33230 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.674, 75.674, 488.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質
ATP synthase subunit 9, mitochondrial / Lipid-binding protein / Oligomycin resistance protein 1


分子量: 7790.385 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OLI1, ATP9, OLI3, PHO2, Q0130 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P61829
#2: 化合物
ChemComp-EFO / Oligomycin A / (1R,4E,5'S,6S,6'S,7R,8S,10R,11R,12S,14R,15S,16R,18E,20E,22R,25S,27R,28S,29R)-22-ethyl-7,11,14,15-tetrahydroxy-6'-[(2R)-2-hydroxypropyl]-5',6,8,10,12,14,16,28,29-nonamethyl-3',4',5',6'-tetrahydro-3H,9H,13H-spiro[2,26-dioxabicyclo[23.3.1]nonacosa-4,18,20-triene-27,2'-pyran]-3,9,13-trione


分子量: 791.062 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H74O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 68% MPD, 8% PROPYLENE GLYCOL, 0.3M NACL, 2MM MGSO4, 50MM MES PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 56957 / Num. obs: 55875 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5052 / Rsym value: 0.652 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3UD0

3ud0


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.211 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22771 2828 5.1 %RANDOM
Rwork0.20178 ---
obs0.20309 53035 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5301 0 392 150 5843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1812.0668273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8615837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55823.077130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31515895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.821510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214102
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 164 -
Rwork0.247 3219 -
obs-3219 88.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82190.0584-1.40880.6048-0.881312.10490.0048-0.15280.07330.08910.0385-0.0344-0.17630.2207-0.04330.01440.0057-0.01230.0329-0.01240.056648.17318.442831.9563
20.55150.226-1.26950.7242-1.50315.4055-0.0108-0.1650.02090.1228-0.0486-0.0668-0.16580.66220.05940.0615-0.0174-0.00920.0758-0.01510.1250.637816.272928.028
30.8240.0914-1.29610.7042-1.911415.07960.0893-0.14990.0780.09630.08220.0303-0.1680.0335-0.17150.0259-0.00260.00180.0412-0.01250.065241.209512.869831.9539
40.6854-0.0157-0.44240.7935-1.850713.60080.0025-0.17010.12120.15610.00110.0164-0.72320.1819-0.00360.0791-0.0103-0.00080.0439-0.02940.116938.589320.757228.4743
50.6750.04890.19420.6393-1.658415.09170.0553-0.1350.03220.11510.0480.0701-0.15480.0099-0.10330.02670.00280.00520.0371-0.00860.074433.007312.352332.0651
60.7009-0.0030.78120.5189-1.80115.1225-0.018-0.15190.06620.17020.04080.041-0.6939-0.0897-0.02280.07450.0280.00070.0523-0.02370.118926.397217.186428.4715
70.7744-0.05450.74270.7095-1.437814.48430.0932-0.13070.01540.12190.10970.0658-0.0677-0.0114-0.20290.03510.00560.01030.0454-0.0040.075126.68637.115131.9921
80.580.00151.30640.4191-0.864413.3215-0.0065-0.18070.0350.1099-0.00550.0778-0.396-0.53250.0120.04330.02190.01280.09-0.01230.118418.4297.193128.8376
90.796-0.15071.63450.6979-0.270915.51280.0447-0.1643-0.02390.12790.12570.0931-0.0473-0.128-0.17050.03170.00760.0180.05290.00310.070424.5122-0.828432.1383
100.4103-0.04522.08710.65110.256714.54880.0073-0.1936-0.01690.1373-0.05580.08050.0151-0.80860.04850.0342-0.02810.01690.11610.0070.125317.7678-5.612328.5088
110.92550.28720.68380.73891.10618.93040.159-0.2307-0.06710.1861-0.03970.02470.2891-0.1016-0.11930.0579-0.03460.00830.06050.00960.0653-8.486427.60431.9374
120.2668-0.07320.10430.65021.544513.4193-0.0097-0.1614-0.02330.1961-0.11710.02150.4837-0.56140.12680.1161-0.07490.0090.15740.02050.1191-9.468919.373728.7293
130.70990.28471.0010.72731.868713.93660.1572-0.212-0.05290.1855-0.0162-0.05820.281-0.0928-0.14110.0652-0.0337-0.01620.07250.02240.0825-0.923724.578131.8681
140.7338-0.03350.06520.50672.650115.5946-0.0143-0.2282-0.11340.2129-0.0516-0.02750.8879-0.13910.06590.1581-0.0411-0.01750.10130.0620.14523.037717.245328.8045
150.61320.0791-0.47280.82591.603414.12510.1898-0.2081-0.06820.1940.0146-0.05380.1490.1944-0.20440.0933-0.0547-0.02650.07610.03730.08467.044626.546632.2231
161.27110.1899-1.02051.1272.522919.13460.0454-0.2958-0.10930.2723-0.0515-0.07570.76280.29810.00620.0783-0.0012-0.03290.0890.0430.13514.558623.197728.1522
170.86590.0697-1.30760.65751.260411.08280.1293-0.2295-0.00130.1843-0.0199-0.05790.27670.133-0.10940.0673-0.0383-0.01580.07660.02630.082512.405732.856532.6788
181.3026-0.0254-1.32040.65890.808214.96660.0574-0.2805-0.08860.1867-0.0133-0.05730.54840.5544-0.04420.0706-0.0141-0.04050.07960.0470.127520.421634.344628.8159
191.0167-0.0225-1.78960.75190.50410.66830.1134-0.22520.00410.1713-0.0482-0.06930.04530.1517-0.06520.0559-0.0423-0.02160.06140.01450.072712.969641.190732.343
201.04850.1764-2.46940.7492-0.572515.02480.0179-0.2761-0.00590.1932-0.1301-0.05420.01540.6110.11220.0718-0.0495-0.02540.10780.01080.115618.513547.110628.7013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4B42 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6C42 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8D42 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9E1 - 41
10X-RAY DIFFRACTION10E42 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 41
12X-RAY DIFFRACTION12K42 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13L1 - 41
14X-RAY DIFFRACTION14L42 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15M1 - 41
16X-RAY DIFFRACTION16M42 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17N1 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18N42 - 75
19X-RAY DIFFRACTION19O1 - 41
20X-RAY DIFFRACTION20O42 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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