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- PDB-5bpd: Structure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpd
タイトルStructure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel mode of DNA binding.
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • TrmBL2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin binding protein / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DNA / DNA (> 10) / Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ahmad, M.U. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Nonspecific Binding of DNA by TrmBL2, an Archaeal Chromatin Protein.
著者: Ahmad, M.U. / Waege, I. / Hausner, W. / Thomm, M. / Boos, W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrmBL2
B: TrmBL2
C: TrmBL2
D: TrmBL2
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,90111
ポリマ－135,4876
非ポリマー4145
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26150 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area52090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.791, 58.670, 143.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and ( resseq 2:263 )
21chain B and ( resseq 2:263 )
12chain C and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )
22chain D and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and ( resseq 2:263 )A0
211chain B and ( resseq 2:263 )B0
112chain C and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )C2 - 114
122chain C and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )C124 - 262
212chain D and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )D2 - 114
222chain D and ( resseq 2:114 or resseq 124:262 )D124 - 262

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
TrmBL2


分子量: 30651.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: trmBL2, PF0496 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3H1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6460.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6420.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus furiosus (古細菌)

-
非ポリマー , 3種, 108分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Imidazole HCl, pH 8.0, 30% MPD, 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→7.13 Å / Num. obs: 62275 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1375 / Net I/σ(I): 8.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→7.13 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 3030 4.87 %
Rwork0.2336 59206 -
obs0.2359 62236 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.78 Å2 / Biso mean: 81.9447 Å2 / Biso min: 36.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→7.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8542 861 62 103 9568
Biso mean--108.24 65.13 -
残基数----1087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59713237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4863773
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2578X-RAY DIFFRACTION10.315TORSIONAL
12B2578X-RAY DIFFRACTION10.315TORSIONAL
21C2486X-RAY DIFFRACTION10.315TORSIONAL
22D2486X-RAY DIFFRACTION10.315TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.43750.39681160.36572470258690
2.4375-2.47750.38981210.3662607272899
2.4775-2.52020.36941610.349526602821100
2.5202-2.5660.40711340.353527102844100
2.566-2.61540.34051230.336126792802100
2.6154-2.66880.3891470.305327172864100
2.6688-2.72680.36631420.315126102752100
2.7268-2.79020.35811510.307626942845100
2.7902-2.860.37021330.30242680281399
2.86-2.93730.33421450.284926912836100
2.9373-3.02370.31441340.282826992833100
3.0237-3.12130.32551550.287726632818100
3.1213-3.23280.31141390.27527082847100
3.2328-3.36220.30271350.253427022837100
3.3622-3.51520.29171090.236227342843100
3.5152-3.70050.30351320.228327242856100
3.7005-3.93220.26561340.215326992833100
3.9322-4.23570.24071470.201627102857100
4.2357-4.66160.23871560.185327152871100
4.6616-5.33540.22751540.187527392893100
5.3354-6.7190.29661450.223427252870100
6.719-47.84690.25521170.20882870298799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57311.5534-2.07313.4130.70325.46380.04610.31790.2465-0.3941-0.0780.24730.0417-0.22160.06520.44520.04580.01930.44670.05510.5023.618233.7503128.9978
27.23861.6962-6.2556-0.208-0.66956.27570.0269-0.65220.0939-0.16320.1198-0.12850.08980.655-0.21070.43030.05730.04690.4525-0.02370.530822.937935.0886130.7191
33.11311.6574-1.68513.1176-4.5646.7875-0.1298-0.4350.70230.21220.29130.4769-0.3064-0.5513-0.13710.79440.0830.01730.5865-0.04190.501753.125132.557184.691
47.0611-3.8246-3.4456.52225.54069.5063-0.23170.57320.3964-0.7759-0.3003-0.4494-0.25930.26650.47461.1132-0.06240.25680.72680.2030.772968.568239.157473.9354
54.1734-0.84251.82896.1165-0.05254.866-0.25420.34120.1186-0.61570.0145-0.93940.18660.61450.22210.85570.09470.22580.64480.0830.593768.263227.990678.5769
61.3849-0.4332-1.8620.6242-0.96055.7913-0.01130.05510.0195-0.22060.00560.06790.07650.10290.00650.7371-0.03310.01050.4191-0.02960.366338.37439.699594.5184
76.59165.1535-4.86033.8012-4.3245.37420.1790.31070.131-0.5066-0.0117-0.17410.30.3037-0.05940.5460.00520.05450.59-0.05760.46858.208511.5816146.975
83.4532-3.0649-3.27227.93874.09148.73910.2829-0.3526-0.6660.2111-0.29320.59520.4529-0.55770.070.7274-0.11820.08830.67770.05890.63243.00934.9899165.1013
94.95110.94740.27885.79960.16523.72690.2719-0.4056-0.02370.6772-0.17780.4056-0.13520.0035-0.07340.5297-0.06110.07920.5186-0.09770.45467.179816.2897163.1624
104.8023-0.8382-4.65460.36561.56215.40120.4203-0.09670.3012-0.45510.0379-0.0487-0.51970.1591-0.65280.70970.05670.08910.41420.00060.53933.267636.5137107.4653
112.80121.27721.53861.94750.14453.3999-0.0132-0.22230.53120.1829-0.1205-0.039-0.48720.23680.13770.5073-0.03270.10860.558-0.09210.599819.309836.0098153.4544
123.6088-1.5264-4.60411.09671.51647.4744-0.37640.0228-0.2171-0.0703-0.07790.42030.6572-0.13650.50710.5778-0.01720.03140.4284-0.07740.407323.69217.6896120.605
134.9315-0.43730.57711.9883-0.84151.816-0.0223-0.3064-0.5053-0.07450.0018-0.29580.45180.29380.02420.91520.10940.13460.62010.03550.455662.7428.151692.9986
141.46130.5425-2.9451-1.6381-0.21952.57480.13960.89910.665-0.59550.06170.1601-0.4044-1.6998-0.22470.96430.05130.04451.1301-0.01970.837415.087222.2946103.7186
150.4060.5781-3.3279-0.5513-0.93283.9214-0.40941.3462-0.3965-0.24710.31830.77151.0364-1.23230.05761.0146-0.0748-0.00770.9826-0.01530.827714.338921.8009104.8489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 59 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 111 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 112 through 145 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 198 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 264 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 111 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 112 through 145 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 146 through 198 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 199 through 263 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 109 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 110 through 264 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 110 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 111 through 262 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1 through 21 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 1 through 21 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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