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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bop | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the artificial nanobody octarellinV.1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN / synthetic gene / artificial protein / Rossmann-like | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Figueroa, M. / Sleutel, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Martial, J.A. / van de Weerdt, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016 タイトル: The unexpected structure of the designed protein Octarellin V.1 forms a challenge for protein structure prediction tools. 著者: Figueroa, M. / Sleutel, M. / Vandevenne, M. / Parvizi, G. / Attout, S. / Jacquin, O. / Vandenameele, J. / Fischer, A.W. / Damblon, C. / Goormaghtigh, E. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / ...著者: Figueroa, M. / Sleutel, M. / Vandevenne, M. / Parvizi, G. / Attout, S. / Jacquin, O. / Vandenameele, J. / Fischer, A.W. / Damblon, C. / Goormaghtigh, E. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Durand, D. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Minard, P. / Maes, D. / Meiler, J. / Matagne, A. / Martial, J.A. / Van de Weerdt, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bop.cif.gz | 244.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bop.ent.gz | 205.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bop_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bop_full_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bop_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bop_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14863.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 #2: タンパク質 | 分子量: 24867.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pJB122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 22% PEG 3350, 10% EtOH, streak seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→8.72 Å / Num. obs: 89920 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 8.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→8.72 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→8.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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