PDB-5bop: Crystal structure of the artificial nanobody octarellinV.1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bop

タイトル

Crystal structure of the artificial nanobody octarellinV.1 complex

要素

Nanobody
Octarellin V.1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic gene / artificial protein / Rossmann-like

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Figueroa, M. / Sleutel, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Martial, J.A. / van de Weerdt, C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The unexpected structure of the designed protein Octarellin V.1 forms a challenge for protein structure prediction tools.
著者: Figueroa, M. / Sleutel, M. / Vandevenne, M. / Parvizi, G. / Attout, S. / Jacquin, O. / Vandenameele, J. / Fischer, A.W. / Damblon, C. / Goormaghtigh, E. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / ...

履歴

登録	2015年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bop.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bop.ent.gz	201.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bop_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bop_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	5bop_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5bop_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zv6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rbt-d 6rc0-d 6rc1-d 6rc4-d 6rbx-d 5a7z-d 4dx1-2 6rbp-d 6rc2-d 2gq0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nanobody

B: Octarellin V.1

C: Nanobody

D: Octarellin V.1

79.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nanobody

B: Octarellin V.1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nanobody

D: Octarellin V.1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.920, 62.860, 95.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Nanobody 分子量: 14863.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: タンパク質	Octarellin V.1 分子量: 24867.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pJB122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 22% PEG 3350, 10% EtOH, streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→8.72 Å / Num. obs: 89920 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 8.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.95→8.72 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2292	2352	5 %
R_work	0.1921	-	-
obs	0.194	47033	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→8.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4553	0	0	247	4800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	6246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.155	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9898	0.4111	138	0.371	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9898-2.0331	0.3863	139	0.3371	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0331-2.0804	0.3502	136	0.3037	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0804-2.1324	0.3035	137	0.2753	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1324-2.19	0.3172	139	0.2461	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.2545	0.2772	138	0.2473	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2545-2.3273	0.2693	136	0.2203	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3273-2.4104	0.2735	136	0.2277	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4104-2.5069	0.2534	139	0.2138	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5069-2.621	0.2608	138	0.2067	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.621-2.7592	0.2635	137	0.2007	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7592-2.9321	0.243	137	0.1992	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9321-3.1584	0.2121	140	0.1895	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1584-3.4762	0.2122	140	0.1743	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4762-3.979	0.1788	139	0.1603	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.979-5.0124	0.1594	139	0.1411	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0124-49.6833	0.2223	144	0.1698	2714	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7982	-1.7732	-0.4181	6.8617	-0.8546	2.6772	-0.3414	-0.3522	-0.3639	0.2564	0.5402	0.376	0.546	-0.2256	-0.1252	0.3536	-0.0909	0.0881	0.2661	0.027	0.2586	16.8846	29.289	73.1548
2	3.2343	-1.1746	-0.4123	3.8959	-0.6376	3.8023	0.063	0.2005	0.0105	-0.3075	0.0074	-0.2746	0.5751	0.1224	-0.0606	0.3201	-0.0544	0.0593	0.1618	-0.0243	0.2225	20.1561	30.3577	62.9445
3	6.6883	-3.4728	-1.5314	2.5382	3.3515	9.4712	0.192	0.2577	-0.1108	-0.0586	0.3007	0.3619	0.398	-0.8089	-0.5474	0.3529	-0.1053	0.0361	0.2343	0.0885	0.2914	11.5595	28.1004	67.7191
4	2.0125	-1.5265	0.1587	1.5693	-1.8985	3.3772	0.004	0.0421	-0.2064	-0.4094	-0.2224	-0.2064	0.7123	0.1515	0.1961	0.3187	-0.0319	0.0643	0.1628	-0.0276	0.2104	22.775	30.4412	66.5226
5	4.0604	-0.388	0.1793	5.81	-0.278	6.901	0.0929	-0.1474	0.345	0.3312	0.1137	-0.1297	-1.161	0.2371	-0.1865	0.4193	-0.0691	0.1021	0.1539	0.0012	0.2298	13.7802	56.839	62.0431
6	8.9642	1.2033	-3.7325	4.6	-1.3216	8.6006	0.0477	0.9363	1.4615	-1.434	0.6677	1.5096	-0.9315	-1.8444	-0.8059	0.8208	0.2479	-0.1407	0.5978	0.1382	0.6891	1.5834	62.1623	48.1165
7	4.9297	3.6019	-3.0431	1.84	-2.1654	3.6388	0.6758	0.3753	0.3488	-0.3776	-0.2812	0.1778	-1.1661	-0.0735	-0.3844	0.6614	-0.0305	0.125	0.2728	0.0447	0.2223	15.197	62.4161	49.4921
8	4.0157	-1.1488	-2.2242	6.1513	-2.028	4.9245	0.006	0.4675	-0.2399	-0.7206	-0.1192	0.0124	-0.0584	-0.0358	0.107	0.3843	-0.0528	-0.0002	0.2421	-0.0042	0.1424	12.624	50.8569	52.6474
9	2.1573	1.2902	-0.2241	3.6617	0.2365	1.6903	-0.202	0.3956	-0.2032	-0.691	0.2306	0.33	0.1077	-0.2225	-0.0436	0.2439	-0.0147	-0.0776	0.2558	-0.0115	0.2373	-12.318	32.0824	70.8713
10	6.486	3.1714	-0.9756	5.8355	0.7149	3.7056	-0.0824	-0.1122	0.1064	-0.1057	-0.0248	0.3833	0.1441	-0.1696	0.0495	0.155	0.0286	-0.0004	0.1356	0.0081	0.1298	-8.6199	35.2577	80.2309
11	7.1388	3.6836	-4.1023	2.9162	-4.2121	8.4607	0.0274	0.1817	-0.2085	0.1073	0.1672	-0.229	-0.3108	0.162	0.0282	0.254	0.0216	0.0144	0.257	-0.0281	0.2387	-4.1215	30.9432	72.9108
12	1.398	1.2528	-0.0661	3.9209	1.9585	1.8218	-0.0491	-0.0008	-0.0262	-0.1438	-0.2903	1.0143	0.102	-0.2678	0.3163	0.1399	0.0014	-0.0565	0.2464	-0.021	0.3552	-14.958	33.9952	75.9865
13	4.8494	-1.4389	-0.3887	6.1669	0.6136	7.7266	0.1878	0.1099	0.3019	-0.7871	0.0388	0.1921	-0.5519	-0.2825	-0.2531	0.3302	-0.0026	0.034	0.1532	-0.0019	0.2328	-3.6746	58.6365	79.3461
14	5.2968	-0.081	-2.3571	3.0267	-1.2516	2.527	0.0081	-0.7197	0.7027	0.6155	0.6643	-1.2317	-0.3582	1.2041	-0.5162	0.4944	-0.2289	0.108	0.5845	-0.3041	0.7885	11.1447	64.5014	90.1997
15	4.6731	-3.5143	-3.2236	3.1335	2.3801	7.5226	0.4903	-0.2403	0.6273	-0.0325	0.0999	-0.4398	-1.3254	0.2504	-0.5434	0.4479	-0.0541	0.132	0.2309	-0.0749	0.2917	-2.6835	65.9296	90.9723
16	4.002	-0.5888	-1.0743	6.337	1.697	4.5347	-0.0972	-0.5261	-0.0056	0.4617	0.1018	0.1565	-0.1811	-0.0192	0.0105	0.2984	0.001	0.037	0.2479	-0.0061	0.1319	-1.368	53.9255	87.4935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 33:64)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 65:84)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 85:124)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 2:61)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 62:82)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 83:117)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 118:192)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 2:43)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 44:64)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 65:84)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 85:124)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 2:61)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 62:82)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 83:117)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 118:193)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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