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Yorodumi- PDB-5bop: Crystal structure of the artificial nanobody octarellinV.1 complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bop | ||||||
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Title | Crystal structure of the artificial nanobody octarellinV.1 complex | ||||||
Components |
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Keywords | DE NOVO PROTEIN / synthetic gene / artificial protein / Rossmann-like | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Lama glama (llama) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Figueroa, M. / Sleutel, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Martial, J.A. / van de Weerdt, C. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2016 Title: The unexpected structure of the designed protein Octarellin V.1 forms a challenge for protein structure prediction tools. Authors: Figueroa, M. / Sleutel, M. / Vandevenne, M. / Parvizi, G. / Attout, S. / Jacquin, O. / Vandenameele, J. / Fischer, A.W. / Damblon, C. / Goormaghtigh, E. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / ...Authors: Figueroa, M. / Sleutel, M. / Vandevenne, M. / Parvizi, G. / Attout, S. / Jacquin, O. / Vandenameele, J. / Fischer, A.W. / Damblon, C. / Goormaghtigh, E. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Durand, D. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Minard, P. / Maes, D. / Meiler, J. / Matagne, A. / Martial, J.A. / Van de Weerdt, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bop.cif.gz | 244.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bop.ent.gz | 205.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bop.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bop_validation.pdf.gz | 447.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bop_full_validation.pdf.gz | 449.5 KB | Display | |
Data in XML | 5bop_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5bop_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bop | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 14863.193 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Plasmid: pMES4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): WK6 #2: Protein | Mass: 24867.068 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pJB122 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100mM Tris pH 8.5, 22% PEG 3350, 10% EtOH, streak seeding |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 2, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→8.72 Å / Num. obs: 89920 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.3 % / Net I/σ(I): 8.51 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.95→8.72 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→8.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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