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- PDB-5boc: Crystal structure of topoisomerase ParE inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5boc
タイトルCrystal structure of topoisomerase ParE inhibitor
要素DNA topoisomerase 4 subunit B
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / topoisomerase / ParE / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII ...DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TSJ / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, Y.W. / Chen, G.Y. / Hung, A.W. / Hill, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Agency for Science, Technology and Research (A*STAR) Joint Council1231B105 シンガポール
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Application of Fragment-based Drug Discovery against DNA GyraseB
著者: Chen, G.Y. / Ng, F.M. / Tan, Y.W. / Poulsen, A. / Seetoh, W. / Lin, G. / Kang, C. / Then, S.W. / Ahmad, N.H. / Wong, Y.L. / Ng, H. / Chia, B.C.S. / Lau, Q.Y. / Hill, J. / Hung, A.W. / Keller, T.H.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0042
ポリマ－24,6011
非ポリマー4031
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.782, 94.802, 60.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 24600.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: parE, spr0756 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DQB5, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-TSJ / 3-methyl-4-({3-[3-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]-1H-pyrazol-5-yl}carbamoyl)benzoic acid


分子量: 403.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16F3N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 % / 解説: plate like
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 18-22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→47.4 Å / Num. obs: 11160 / % possible obs: 98.76 % / 冗長度: 12.04 % / Biso Wilson estimate: 17.77 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/av σ(I): 25.27 / Net I/σ(I): 25.27 / Num. measured all: 134367
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rsym valueDiffraction-IDRejects
2.198-2.2760.28710
2.276-2.3680.23510
2.368-2.4750.21410
2.475-2.6060.18810
2.606-2.7690.16510
2.769-2.9830.13910
2.983-3.2830.12310
3.283-3.7580.11110
3.758-4.7340.09910
4.7340.10210

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTV8.30Cデータスケーリング
PHASER2.5.6data processing
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EM7

4em7


解像度: 2.2→47.4 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1028 9.92 %
Rwork0.1962 18662 -
obs0.2004 10359 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.47 Å2 / Biso mean: 18.1851 Å2 / Biso min: 6.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 29 33 1538
Biso mean--22.95 17.43 -
残基数----192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8492167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.517579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2002-2.25140.25881310.22761163129489
2.2514-2.30770.29041270.20741179130695
2.3077-2.370.26711410.20941244138599
2.37-2.43980.24781360.199812641400100
2.4398-2.51850.30111410.222312411382100
2.5185-2.60850.31391350.229812741409100
2.6085-2.7130.27331300.222412361366100
2.713-2.83640.22571410.209912571398100
2.8364-2.98590.26061390.212512671406100
2.9859-3.1730.25661370.228612771414100
3.173-3.41790.24111390.204112321371100
3.4179-3.76170.21831470.186112711418100
3.7617-4.30580.21451390.162212471386100
4.3058-5.42360.17581350.155712501385100
5.4236-47.4120.22851380.177612601398100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.2438 Å / Origin y: 32.2421 Å / Origin z: 0.3711 Å
111213212223313233
T0.0588 Å20.004 Å20.0024 Å2-0.0639 Å20.0058 Å2--0.0646 Å2
L0.3219 °2-0.0747 °20.0791 °2-0.5633 °2-0.0827 °2--0.4737 °2
S-0.023 Å °-0.0016 Å °-0.0064 Å °-0.0055 Å °-0.0003 Å °0.0152 Å °0.0596 Å °0.0259 Å °-0.0008 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA17 - 226
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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