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- PDB-5bo9: Structure of human sialyltransferase ST8SiaIII in complex with CM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bo9
タイトルStructure of human sialyltransferase ST8SiaIII in complex with CMP-3FNeu5Ac and Sia-6S-LacNAc
要素Sia-alpha-2,3-Gal-beta-1,4-GlcNAc-R:alpha 2,8-sialyltransferase
キーワードTRANSFERASE / sialyltransferase / ternary complex / donor / acceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase / Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / ganglioside biosynthetic process / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialylation / glycosphingolipid biosynthetic process / N-Glycan antennae elongation / glycoprotein metabolic process / Sialic acid metabolism / sialic acid binding ...alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase / Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / ganglioside biosynthetic process / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialylation / glycosphingolipid biosynthetic process / N-Glycan antennae elongation / glycoprotein metabolic process / Sialic acid metabolism / sialic acid binding / oligosaccharide metabolic process / N-glycan processing / protein glycosylation / Golgi membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 29 / Glycosyl transferase family 29 / Sialyltransferase / GT29-like superfamiliy / Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase) / sialyltransferase cstii, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CSF / Alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase ST8SIA3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Volkers, G. / Worrall, L. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of human ST8SiaIII sialyltransferase provides insight into cell-surface polysialylation.
著者: Volkers, G. / Worrall, L.J. / Kwan, D.H. / Yu, C.C. / Baumann, L. / Lameignere, E. / Wasney, G.A. / Scott, N.E. / Wakarchuk, W. / Foster, L.J. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sia-alpha-2,3-Gal-beta-1,4-GlcNAc-R:alpha 2,8-sialyltransferase
B: Sia-alpha-2,3-Gal-beta-1,4-GlcNAc-R:alpha 2,8-sialyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,54414
ポリマ－75,8382
非ポリマー5,70612
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10380 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.350, 94.874, 126.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 90 - 380 / Label seq-ID: 33 - 323

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Dimer by SEC-MALS

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sia-alpha-2,3-Gal-beta-1,4-GlcNAc-R:alpha 2,8-sialyltransferase / Alpha-2 / 8-sialyltransferase 8C / 8-sialyltransferase III / ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2 ...Alpha-2 / 8-sialyltransferase 8C / 8-sialyltransferase III / ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2 / 8-sialyltransferase 3 / Sialyltransferase 8C / SIAT8-C / Sialyltransferase St8Sia III / ST8SiaIII


分子量: 37919.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST8SIA3, SIAT8C / プラスミド: pFHMSP LIC N
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O43173, EC: 2.4.99.-

-
糖 , 4種, 10分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 754.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAc[6S]b1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 175分子

#6: 化合物 ChemComp-CSF / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-3-FLUORO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / CMP-3FNEUAC


タイプ: RNA linking / 分子量: 632.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30FN4O16P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18-21% PEG3350, 30 mM sodium tartrate, 100 mM sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→75.89 Å / Num. obs: 34645 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 166324
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.384.90.6862.21650133450.6740.347100
8.91-75.894.20.02533.529376960.9990.01399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.5.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BO8

5bo8


解像度: 2.3→75.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.956 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1743 5 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1871 32842 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.04 Å2 / Biso mean: 43.944 Å2 / Biso min: 20.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→75.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4640 0 342 173 5155
Biso mean--58.21 41.4 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.9887049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.107310775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0065559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96723.306242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.19715796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9441528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9842.6042252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9822.5992249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0343.8822805
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16975 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 121 -
Rwork0.256 2406 -
all-2527 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0001-0.3218-1.83342.0148-1.99734.8692-0.0466-0.43550.34940.40340.1334-0.2372-0.35740.1141-0.08680.19450.043-0.1270.1533-0.12060.1534-9.4417-6.908750.3948
21.5262-0.0201-0.7481.4016-0.57763.4060.014-0.0380.0958-0.03230.0763-0.04830.098-0.0502-0.09040.05260.0282-0.05350.0259-0.03860.0674-12.5492-10.927232.9763
31.019-0.1201-0.29491.1284-0.39382.782-0.0811-0.1389-0.04810.05980.0927-0.19540.35950.136-0.01150.07740.0291-0.04020.0444-0.03320.1082-8.7561-16.922434.9228
44.0498-0.7541-3.31881.29860.97836.41570.12080.5841-0.2272-0.3269-0.1712-0.1135-0.225-0.51640.05040.10710.02240.03020.0998-0.01040.057-5.0836-4.17-16.8967
51.6295-0.1543-1.0641.73310.06582.43070.00310.22510.0063-0.02480.1736-0.13680.0977-0.2215-0.17670.0314-0.01-0.00590.0586-0.01210.0377-2.9583-4.8247-4.861
61.2308-0.2947-0.84321.26410.65522.61840.06820.06930.0131-0.04380.0839-0.31630.1020.236-0.15220.0492-0.00040.04710.0674-0.0410.18787.6341-6.9391-7.4624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 1001
4X-RAY DIFFRACTION4B57 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5B127 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6B173 - 1001

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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