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- PDB-5bnb: Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnb
タイトルCrystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
キーワードCELL CYCLE / ubiquitin-conjugating enzyme / E2 enzyme / UBC domain / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C ...positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / protein K6-linked ubiquitination / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / protein K27-linked ubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / seminiferous tubule development / female gonad development / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin conjugating enzyme activity / Transcriptional Regulation by VENTX / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein K63-linked ubiquitination / neuron projection morphogenesis / energy homeostasis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / regulation of neuron apoptotic process / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / VLDLR internalisation and degradation / protein modification process / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Translesion synthesis by POLI / regulation of mitochondrial membrane potential / Josephin domain DUBs / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / Regulation of signaling by CBL
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Lorenz, S.G. / Feiler, C.G. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
The Leukemia and Lymphoma Society5509-11 米国
German Research FoundationLO 2003/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Ube2S-Ubiquitin Conjugate.
著者: Lorenz, S. / Bhattacharyya, M. / Feiler, C. / Rape, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2015年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
E: Polyubiquitin-B
F: Polyubiquitin-B
G: Polyubiquitin-B
I: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1608
ポリマ－104,1608
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
G: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
I: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
E: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.906, 45.854, 110.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin- ...E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-EPF5 / Ubiquitin-protein ligase S


分子量: 17417.012 Da / 分子数: 4 / 変異: C118M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質
Polyubiquitin-B


分子量: 8622.922 Da / 分子数: 4 / 変異: G76C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % / 解説: bar
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→47.38 Å / Num. obs: 32942 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zdn

1zdn


解像度: 2.49→47.382 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 1647 5 %
Rwork0.243 --
obs0.2462 32915 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→47.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6175 0 0 60 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6298625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.232204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.56330.36341460.30012446X-RAY DIFFRACTION92
2.5633-2.6460.39311420.29872611X-RAY DIFFRACTION99
2.646-2.74060.38351240.30132630X-RAY DIFFRACTION99
2.7406-2.85030.391600.27282650X-RAY DIFFRACTION99
2.8503-2.980.35061360.2692589X-RAY DIFFRACTION99
2.98-3.13710.34531330.25692665X-RAY DIFFRACTION99
3.1371-3.33360.36571090.2572666X-RAY DIFFRACTION99
3.3336-3.59090.29931210.24352603X-RAY DIFFRACTION97
3.5909-3.95210.32111350.23672580X-RAY DIFFRACTION96
3.9521-4.52360.25341470.21182612X-RAY DIFFRACTION97
4.5236-5.69780.24911290.22222615X-RAY DIFFRACTION96
5.6978-47.39050.28481650.2342601X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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