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- PDB-5bnb: Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnb
タイトルCrystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
キーワードCELL CYCLE / ubiquitin-conjugating enzyme / E2 enzyme / UBC domain / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C ...protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K63-linked ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein modification process / Separation of Sister Chromatids / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Ubiquitin family / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Lorenz, S.G. / Feiler, C.G. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
The Leukemia and Lymphoma Society5509-11 米国
German Research FoundationLO 2003/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Ube2S-Ubiquitin Conjugate.
著者: Lorenz, S. / Bhattacharyya, M. / Feiler, C. / Rape, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2015年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
E: Polyubiquitin-B
F: Polyubiquitin-B
G: Polyubiquitin-B
I: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1608
ポリマ－104,1608
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
G: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
I: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S
E: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0402
ポリマ－26,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.906, 45.854, 110.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin- ...E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-EPF5 / Ubiquitin-protein ligase S


分子量: 17417.012 Da / 分子数: 4 / 変異: C118M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質
Polyubiquitin-B


分子量: 8622.922 Da / 分子数: 4 / 変異: G76C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % / 解説: bar
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→47.38 Å / Num. obs: 32942 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zdn

1zdn


解像度: 2.49→47.382 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 1647 5 %
Rwork0.243 --
obs0.2462 32915 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→47.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6175 0 0 60 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6298625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.232204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.56330.36341460.30012446X-RAY DIFFRACTION92
2.5633-2.6460.39311420.29872611X-RAY DIFFRACTION99
2.646-2.74060.38351240.30132630X-RAY DIFFRACTION99
2.7406-2.85030.391600.27282650X-RAY DIFFRACTION99
2.8503-2.980.35061360.2692589X-RAY DIFFRACTION99
2.98-3.13710.34531330.25692665X-RAY DIFFRACTION99
3.1371-3.33360.36571090.2572666X-RAY DIFFRACTION99
3.3336-3.59090.29931210.24352603X-RAY DIFFRACTION97
3.5909-3.95210.32111350.23672580X-RAY DIFFRACTION96
3.9521-4.52360.25341470.21182612X-RAY DIFFRACTION97
4.5236-5.69780.24911290.22222615X-RAY DIFFRACTION96
5.6978-47.39050.28481650.2342601X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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