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- PDB-5bmp: Crystal Structure of Phosphoglucomutase from Xanthomonas citri co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bmp
タイトルCrystal Structure of Phosphoglucomutase from Xanthomonas citri complexed with glucose-1-phosphate
要素Phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / Phosphoglucomutase citrus canker
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Goto, L.S. / Pereira, H.M. / Novo Mansur, M.T.M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of the phosphoglucomutase from Xanthomonas citri subsp. citri.
著者: Goto, L.S. / Vessoni Alexandrino, A. / Malvessi Pereira, C. / Silva Martins, C. / D'Muniz Pereira, H. / Brandao-Neto, J. / Marques Novo-Mansur, M.T.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5023
ポリマ－51,2171
非ポリマー2842
水10,755597
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.861, 54.732, 173.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglucomutase


分子量: 51217.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q8PGN7, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 糖 ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazol pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月23日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 36037 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.13 % / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rrim(I) all: 0.024 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 45.06 / Num. measured all: 132372
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.960.9970.04122.8914908575151460.0589.5
1.96-2.10.9990.03333.8220708545453960.03898.9
2.1-2.260.9990.02740.0319147506450000.03198.7
2.26-2.480.9990.02445.3318119470346710.02899.3
2.48-2.760.9990.02150.8416570427942510.02499.3
2.76-3.180.9990.01955.6814825380637850.02299.4
3.18-3.870.9990.01962.0512406325832240.02299
3.87-5.370.9990.01764.849863260625710.0298.7
5.3710.01762.885826166815910.01995.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn


解像度: 1.85→19.563 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1796 1802 5 %Random selection
Rwork0.152 34235 --
obs0.1534 36037 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.63 Å2 / Biso mean: 15.3968 Å2 / Biso min: 4.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→19.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 17 597 4069
Biso mean--21.81 27.74 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8664814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0381292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89880.23881210.18632302X-RAY DIFFRACTION87
1.8988-1.95470.2261340.16982553X-RAY DIFFRACTION98
1.9547-2.01770.20781380.16072618X-RAY DIFFRACTION100
2.0177-2.08970.20141390.15582644X-RAY DIFFRACTION100
2.0897-2.17330.19151370.14782608X-RAY DIFFRACTION100
2.1733-2.27210.19321400.1532655X-RAY DIFFRACTION100
2.2721-2.39170.17181380.1562619X-RAY DIFFRACTION100
2.3917-2.54120.16771400.15442662X-RAY DIFFRACTION100
2.5412-2.73690.19381420.15922691X-RAY DIFFRACTION100
2.7369-3.01150.21081390.16132643X-RAY DIFFRACTION99
3.0115-3.44520.18021410.15492694X-RAY DIFFRACTION99
3.4452-4.33280.14861430.12882714X-RAY DIFFRACTION99
4.3328-200.14561500.14392832X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60830.2510.15631.16170.91421.7074-0.0055-0.02890.05620.00110.00630.0284-0.1480.0415-0.00910.0787-0.0125-0.00360.0745-0.01460.0743-3.403216.0771-17.2088
20.45240.04860.20220.72-0.22850.8494-0.0061-0.0310.01080.0105-0.0054-0.01960.01530.00850.00060.0437-0.0023-0.00210.0702-0.01690.0682-15.5649-1.0829-31.3758
30.9152-0.10150.05691.17810.58651.5693-0.0407-0.15670.06330.12370.1284-0.0564-0.00210.0833-0.04120.06970.00210.00270.0809-0.02920.087-29.584-8.1678-10.6976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 181 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 386 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 387 through 470 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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