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- PDB-5bkc: Crystal structure of AAD-1 in complex with (R)-diclofop, Mn(II), ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bkc
タイトルCrystal structure of AAD-1 in complex with (R)-diclofop, Mn(II), and 2-oxoglutarate
要素(R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / herbicide degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-dichlorprop dioxygenase (2-oxoglutarate) / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Chem-O0D / (R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Delftia acidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for enantioselective herbicide degradation imparted by aryloxyalkanoate dioxygenases in transgenic plants.
著者: Chekan, J.R. / Ongpipattanakul, C. / Wright, T.R. / Zhang, B. / Bollinger Jr., J.M. / Rajakovich, L.J. / Krebs, C. / Cicchillo, R.M. / Nair, S.K.
履歴
登録2019年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase
B: (R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4289
ポリマ－66,5052
非ポリマー9227
水12,034668
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.764, 97.700, 69.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 (R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase / RdpA / (R)-dichlorprop/(R)-mecoprop dioxygenase / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase / ...RdpA / (R)-dichlorprop/(R)-mecoprop dioxygenase / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase / Dichlorprop/alpha-ketoglutarate-dioxygenase / Mecoprop/alpha-ketoglutarate-dioxygenase


分子量: 33252.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Delftia acidovorans (バクテリア)
遺伝子: rdpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P83310, (R)-dichlorprop dioxygenase (2-oxoglutarate)

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非ポリマー , 5種, 675分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-O0D / (2R)-2-{4-[(3,5-dichloropyridin-2-yl)oxy]phenoxy}propanoic acid


分子量: 328.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 25% PEG 3350 0.3M LiSO4 0.1M Bicine pH 9.0 8 mg/mL AAD-1 Cryo: 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→85.8 Å / Num. obs: 55192 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.111 / Net I/av σ(I): 0.999 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.806 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 541 / CC1/2: 0.801 / Rsym value: 0.929 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GQW

1gqw


解像度: 1.8→48.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2740 4.97 %
Rwork0.1625 --
obs0.1644 55138 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4394 0 53 668 5115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0666375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2291738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8310.27951380.22412564X-RAY DIFFRACTION100
1.831-1.86430.24381530.20722563X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.90020.22751360.18852588X-RAY DIFFRACTION100
1.9002-1.9390.22761310.17672613X-RAY DIFFRACTION100
1.939-1.98110.22431350.17342568X-RAY DIFFRACTION100
1.9811-2.02720.23831190.16872607X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.07790.24541250.1722615X-RAY DIFFRACTION100
2.0779-2.13410.23991270.16712602X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.19690.2131320.15852589X-RAY DIFFRACTION100
2.1969-2.26780.21351190.16172641X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.34890.23071410.15532573X-RAY DIFFRACTION100
2.3489-2.44290.22771400.16222613X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.55410.20421560.162582X-RAY DIFFRACTION100
2.5541-2.68870.19791460.16152626X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-2.85720.19331360.17182603X-RAY DIFFRACTION100
2.8572-3.07780.19791350.16832649X-RAY DIFFRACTION100
3.0778-3.38740.18971490.15642616X-RAY DIFFRACTION100
3.3874-3.87740.17681550.15032660X-RAY DIFFRACTION100
3.8774-4.88440.15861300.13012694X-RAY DIFFRACTION100
4.8844-48.8680.17811370.17512832X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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