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- PDB-5bk7: The structure of MppP E15A mutant soaked with the substrate L-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bk7
タイトルThe structure of MppP E15A mutant soaked with the substrate L-arginine
要素PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimer / substrate binding in E15A mutant / oxidase / PLP / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Enduracididine biosynthesis enzyme MppP / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Enduracididine biosynthesis enzyme MppP / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQJ / PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces wadayamensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Han, L. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1606842 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Streptomyces wadayamensis MppP is a PLP-Dependent Oxidase, Not an Oxygenase.
著者: Han, L. / Vuksanovic, N. / Oehm, S.A. / Fenske, T.G. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2018年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
B: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
C: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
D: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
E: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
F: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
G: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
H: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,06416
ポリマ－331,8388
非ポリマー3,2278
水15,241846
1
A: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
B: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7664
ポリマ－82,9592
非ポリマー8072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
2
C: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
D: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7664
ポリマ－82,9592
非ポリマー8072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
3
E: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
F: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7664
ポリマ－82,9592
非ポリマー8072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
4
G: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
H: PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7664
ポリマ－82,9592
非ポリマー8072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.441, 200.514, 139.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP


分子量: 41479.719 Da / 分子数: 8 / 変異: E15A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wadayamensis (バクテリア)
プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0X1KHF5
#2: 化合物
ChemComp-EQJ / (E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-arginine


分子量: 403.328 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M citric acid, 0.06 M BIS-TRIS Propane, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 170041 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7831 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJ1

5dj1


解像度: 2.196→45.401 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 2001 1.28 %
Rwork0.2008 --
obs0.2015 156244 89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.196→45.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22848 0 216 846 23910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01323552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30832075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.46513997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1956-2.25050.3571910.29616483X-RAY DIFFRACTION53
2.2505-2.31130.30681120.27658365X-RAY DIFFRACTION68
2.3113-2.37930.32921230.26819550X-RAY DIFFRACTION77
2.3793-2.45610.30671270.261210297X-RAY DIFFRACTION83
2.4561-2.54390.35331410.259710999X-RAY DIFFRACTION89
2.5439-2.64570.31771530.25311715X-RAY DIFFRACTION95
2.6457-2.76610.28211510.251112059X-RAY DIFFRACTION98
2.7661-2.91190.35351630.238112098X-RAY DIFFRACTION97
2.9119-3.09440.29261530.231211631X-RAY DIFFRACTION94
3.0944-3.33320.28061580.216812233X-RAY DIFFRACTION99
3.3332-3.66850.25341590.191312302X-RAY DIFFRACTION100
3.6685-4.1990.20571610.163512276X-RAY DIFFRACTION99
4.199-5.2890.18971560.143312196X-RAY DIFFRACTION98
5.289-45.41060.20951530.161712039X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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