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- PDB-5bk1: Crystal structure of maltose binding protein in complex with an e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bk1
タイトルCrystal structure of maltose binding protein in complex with an endosteric synthetic antibody
要素
  • (Synthetic antibody, Fab fragment, ...) x 2
  • Maltose binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Maltose binding protein / conformation specific synthetic antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Mukherjee, S. / Kossiakoff, A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Chicago Biomedical Consortium 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Engineered synthetic antibodies as probes to quantify the energetic contributions of ligand binding to conformational changes in proteins.
著者: Mukherjee, S. / Griffin, D.H. / Horn, J.R. / Rizk, S.S. / Nocula-Lugowska, M. / Malmqvist, M. / Kim, S.S. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain
L: Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain
C: Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain
D: Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain
A: Maltose binding protein
B: Maltose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,5949
ポリマ－185,3756
非ポリマー2203
水17,727984
1
H: Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain
L: Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain
A: Maltose binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6873
ポリマ－92,6873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
2
C: Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain
D: Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain
B: Maltose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9076
ポリマ－92,6873
非ポリマー2203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area33470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.830, 120.810, 193.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resid 2 through 56 or resid 58 through 190 or resid 192 through 228))
21(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...
12(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...
22(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
13(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...
23(chain L and (resid 7 through 89 or resid 91...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain C and (resid 2 through 56 or resid 58 through 190 or resid 192 through 228))C2 - 56
121(chain C and (resid 2 through 56 or resid 58 through 190 or resid 192 through 228))C58 - 190
131(chain C and (resid 2 through 56 or resid 58 through 190 or resid 192 through 228))C192 - 228
211(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H2 - 56
221(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H58 - 139
231(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H141 - 190
241(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H192 - 228
112(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A1 - 21
122(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A23 - 238
132(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A239
142(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A1 - 366
152(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A1 - 366
162(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A1 - 366
172(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...A1 - 366
212(chain B and ((resid 1 and (name N or name...B1
222(chain B and ((resid 1 and (name N or name...B1 - 366
232(chain B and ((resid 1 and (name N or name...B1 - 366
242(chain B and ((resid 1 and (name N or name...B1 - 366
252(chain B and ((resid 1 and (name N or name...B1 - 366
113(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D7 - 23
123(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D24 - 25
133(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D7 - 215
143(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D7 - 215
153(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D7 - 215
163(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...D7 - 215
213(chain L and (resid 7 through 89 or resid 91...L7 - 89
223(chain L and (resid 7 through 89 or resid 91...L91 - 162
233(chain L and (resid 7 through 89 or resid 91...L164 - 194
243(chain L and (resid 7 through 89 or resid 91...L196 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Maltose binding protein


分子量: 44175.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pHFT2 / 詳細 (発現宿主): N-terminal 10XHis, FLag, TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#1: 抗体 Synthetic antibody, Fab fragment, Heavy Chain


分子量: 25251.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 抗体 Synthetic antibody, Fab fragment, Light Chain


分子量: 23260.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 987分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium/potassium phosphate: pH 6.4 and 24% PEG1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.806 Å / Num. obs: 97817 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.961 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.24.0630.891.6464890.6041.025100
2.2-2.34.0760.7421.98112910.6450.855100
2.3-2.44.0820.5632.5996040.7640.64999.9
2.4-2.54.0920.4483.2280440.8390.51699.9
2.5-34.0640.2345.85262400.9510.2799.9
3-43.8330.07215.31207580.9930.08498.5
4-53.5760.04323.8872970.9960.05196.1
5-63.720.03726.6132980.9970.04397.1
6-103.880.02734.7637000.9990.03198.9
10-19.8063.630.01646.75109610.01998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MD2データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OMP, 3PGF

1omp

3pgf


解像度: 2.15→19.806 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 4857 4.97 %
Rwork0.2054 --
obs0.2078 97669 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 179.23 Å2 / Biso mean: 38.9834 Å2 / Biso min: 17.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→19.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12220 0 13 984 13217
Biso mean--55.43 39.99 -
残基数----1604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59217150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4897515
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C1988X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
12H1988X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
21A3404X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
22B3404X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
31D1815X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
32L1815X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.17440.33161510.293630573208100
2.1744-2.20.2961600.288531163276100
2.2-2.22670.3551620.284130363198100
2.2267-2.25490.37791440.28931063250100
2.2549-2.28450.36561630.298530733236100
2.2845-2.31580.34541790.278330833262100
2.3158-2.34880.35481590.271731013260100
2.3488-2.38380.33351630.262230833246100
2.3838-2.4210.31921600.254430893249100
2.421-2.46060.30261940.253830403234100
2.4606-2.5030.32921420.245831303272100
2.503-2.54840.311770.243830713248100
2.5484-2.59730.28111590.240530923251100
2.5973-2.65020.34761600.246131073267100
2.6502-2.70770.30391600.239530823242100
2.7077-2.77050.31491730.241930833256100
2.7705-2.83960.28221600.233531073267100
2.8396-2.91610.28381850.240230633248100
2.9161-3.00170.29811690.230631133282100
3.0017-3.09820.27951490.219431343283100
3.0982-3.20850.23341630.21243096325999
3.2085-3.33640.25481740.21023088326299
3.3364-3.48740.23631500.19793087323798
3.4874-3.67020.23411570.19363055321298
3.6702-3.89850.25531810.18623046322798
3.8985-4.19690.19831380.16993060319897
4.1969-4.61440.1931650.14713043320896
4.6144-5.27110.19021500.1473059320996
5.2711-6.59990.19451500.17053159330998
6.5999-19.80640.16841600.15993353351399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.6323 Å / Origin y: 5.8194 Å / Origin z: -69.2155 Å
111213212223313233
T0.1711 Å2-0.0016 Å2-0.0078 Å2-0.2136 Å20.0078 Å2--0.227 Å2
L0.0533 °2-0.0156 °20.0438 °2-0.1764 °2-0.0133 °2--0.1933 °2
S0.0122 Å °0.0054 Å °-0.0163 Å °-0.0174 Å °0.0017 Å °-0.0087 Å °0.0186 Å °0.0086 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH2 - 228
2X-RAY DIFFRACTION1allL6 - 215
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 228
4X-RAY DIFFRACTION1allD7 - 215
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 366
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 366
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1009
8X-RAY DIFFRACTION1allE2
9X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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