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万見
- PDB-5b7x: NMR Solution structure of an EF-hand Calcium binding protein (EhC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b7x
タイトルNMR Solution structure of an EF-hand Calcium binding protein (EhCaBP6) from Entamoeba Histolytica
要素Calmodulin, putative
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / GTPase / Nuclear Protein
機能・相同性myosin II complex / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / calcium ion binding / Calmodulin, putative
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Verma, D. / Chary, K.V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Tata Institute of Fundamental Research インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An Unusual Nuclear Localized Ca2+-Binding Protein from Entamoeba histolytica that Exhibits GTPase Activity
著者: Verma, D. / Murmu, A. / Bhattacharya, A. / Chary, K.V.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1133
ポリマ－18,0321
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11510 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin, putative / EhCaBP6


分子量: 18032.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ)
株: HM-3:IMSS / 遺伝子: KM1_072120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M7WXJ8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HNHA
171isotropic13D HNHB
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
1161isotropic13D 1H-15N NOESY
1152isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-15N] EhCaBP6, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] EhCaBP6, 90% H2O/10% D2O15N-13C90% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-13C] EhCaBP6, 100% D2O13C100% D2O
solution41 mM [U-10% 13C] EhCaBP6, 100% D2O13C100% D2O
solution51 mM EhCaBP6, 100% D2OUnlabelled100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMEhCaBP6[U-15N]1
1 mMEhCaBP6[U-13C; U-15N]2
1 mMEhCaBP6[U-13C]3
1 mMEhCaBP6[U-10% 13C]4
1 mMEhCaBP6natural abundance5
試料状態イオン強度: 0.05 M / Label: condition 1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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