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- PDB-5b6h: Crystal structure of an APRT from Yersinia pseudotuberculosis in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6h
タイトルCrystal structure of an APRT from Yersinia pseudotuberculosis in complex with AMP.
要素Adenine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / adenine phosphoribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenine phosphoribosyl transferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis serotype I
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsSTRUCTURAL GENOMICS
データ登録者Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an APRT from Yersinia pseudotuberculosis in complex with AMP.
著者: Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0185
ポリマ－19,5891
非ポリマー4294
水66737
1
A: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,03610
ポリマ－39,1792
非ポリマー8578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.875, 78.554, 53.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Adenine phosphoribosyltransferase / APRT


分子量: 19589.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AMP complex
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis serotype I (strain IP32953) (仮性結核菌)
株: IP32953 / 遺伝子: apt, YPTB0991 / プラスミド: LIC-PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M sodium malonate pH 7.0 these crystals were moved condition containing 25% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate and soaked with 5mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.2 Å / Num. obs: 17719 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.054 / Net I/av σ(I): 27.149 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.935.90.8123.21199.8
1.93-1.9760.665199.7
1.97-2.016.10.5181100
2.01-2.056.20.4691100
2.05-2.096.10.3571100
2.09-2.146.20.2671100
2.14-2.196.20.251100
2.19-2.256.20.2141100
2.25-2.326.20.161100
2.32-2.396.20.1441100
2.39-2.486.20.1231100
2.48-2.586.10.0991100
2.58-2.76.20.0771100
2.7-2.846.10.0661100
2.84-3.0260.0551100
3.02-3.255.80.049199.9
3.25-3.585.50.045199.8
3.58-4.095.40.042199.1
4.09-5.155.20.04198.2
5.15-404.90.043190.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MB6

4mb6


解像度: 1.9→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.718 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.129
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 834 5.1 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1881 15497 91.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.43 Å2 / Biso mean: 26.827 Å2 / Biso min: 12.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å20.26 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1355 0 26 37 1418
Biso mean--20.97 28.76 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3062.0071956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91533195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5865186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0924.25954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92215238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.748157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0730.996729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0710.992728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8521.48914
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 47 -
Rwork0.213 759 -
all-806 -
obs--60.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7073 Å / Origin y: -0.734 Å / Origin z: 7.1657 Å
111213212223313233
T0.2455 Å2-0.0443 Å20.0313 Å2-0.181 Å2-0.0168 Å2--0.0441 Å2
L1.0448 °2-0.146 °2-0.5316 °2-0.4966 °2-0.2788 °2--1.2629 °2
S0.3103 Å °-0.0624 Å °0.0333 Å °0.1131 Å °-0.1209 Å °0.1241 Å °-0.119 Å °-0.1097 Å °-0.1895 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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