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- PDB-5b6b: Complex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6b
タイトルComplex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b
要素
  • MOB kinase activator 1B
  • Serine/threonine-protein kinase LATS1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / MOB1 LATS1 Hippo pathway / METAL BINDING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inner cell mass cell fate commitment / inner cell mass cellular morphogenesis / regulation of protein autophosphorylation / Signaling by Hippo / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / sister chromatid segregation / regulation of actin filament polymerization / hippo signaling ...inner cell mass cell fate commitment / inner cell mass cellular morphogenesis / regulation of protein autophosphorylation / Signaling by Hippo / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / sister chromatid segregation / regulation of actin filament polymerization / hippo signaling / regulation of organ growth / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / mammary gland epithelial cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / kinase activator activity / negative regulation of protein localization to nucleus / spindle pole body / protein kinase activator activity / keratinocyte differentiation / hormone-mediated signaling pathway / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / kinase binding / spindle pole / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein localization / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / midbody / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase LATS1, catalytic domain / : / MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / : / UBA/TS-N domain / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase LATS1, catalytic domain / : / MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / : / UBA/TS-N domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOB kinase activator 1B / Serine/threonine-protein kinase LATS1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.536 Å
データ登録者KIM, S.-Y. / Tachioka, Y. / Mori, T. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for autoinhibition and its relief of MOB1 in the Hippo pathway
著者: Kim, S.Y. / Tachioka, Y. / Mori, T. / Hakoshima, T.
履歴
登録2016年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB kinase activator 1B
J: Serine/threonine-protein kinase LATS1
B: MOB kinase activator 1B
C: Serine/threonine-protein kinase LATS1
D: MOB kinase activator 1B
E: Serine/threonine-protein kinase LATS1
F: MOB kinase activator 1B
G: Serine/threonine-protein kinase LATS1
H: MOB kinase activator 1B
I: Serine/threonine-protein kinase LATS1
K: MOB kinase activator 1B
L: Serine/threonine-protein kinase LATS1
M: MOB kinase activator 1B
N: Serine/threonine-protein kinase LATS1
O: MOB kinase activator 1B
P: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,24331
ポリマ－285,47216
非ポリマー77115
水00
1
A: MOB kinase activator 1B
J: Serine/threonine-protein kinase LATS1
B: MOB kinase activator 1B
C: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5708
ポリマ－71,3684
非ポリマー2024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
2
D: MOB kinase activator 1B
E: Serine/threonine-protein kinase LATS1
K: MOB kinase activator 1B
L: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5708
ポリマ－71,3684
非ポリマー2024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
3
F: MOB kinase activator 1B
G: Serine/threonine-protein kinase LATS1
H: MOB kinase activator 1B
I: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5708
ポリマ－71,3684
非ポリマー2024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
4
M: MOB kinase activator 1B
N: Serine/threonine-protein kinase LATS1
O: MOB kinase activator 1B
P: Serine/threonine-protein kinase LATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5347
ポリマ－71,3684
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.646, 301.437, 127.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
MOB kinase activator 1B / Mob1 homolog 1A / Mps one binder kinase activator-like 1A


分子量: 25304.953 Da / 分子数: 8 / 変異: T35D, T22D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mob1b, Mobkl1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BPB0
#2: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase LATS1 / Large tumor suppressor homolog 1 / WARTS protein kinase


分子量: 10379.002 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 621-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lats1, Warts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8BYR2, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 41452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 3.56→30 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B5W

5b5w


解像度: 3.536→48.644 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1998 5.01 %
Rwork0.2223 --
obs0.2245 39860 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.536→48.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16611 0 15 0 16626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00517042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04222889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1586435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1572430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5363-3.62470.35691370.28562499X-RAY DIFFRACTION94
3.6247-3.72270.32461380.27452698X-RAY DIFFRACTION100
3.7227-3.83220.29941530.24882696X-RAY DIFFRACTION100
3.8322-3.95580.32161330.24432667X-RAY DIFFRACTION100
3.9558-4.09710.2731450.24272692X-RAY DIFFRACTION100
4.0971-4.26110.28761360.22342681X-RAY DIFFRACTION100
4.2611-4.45490.21741470.20152701X-RAY DIFFRACTION100
4.4549-4.68960.22851420.20032704X-RAY DIFFRACTION100
4.6896-4.98310.25411360.19392713X-RAY DIFFRACTION100
4.9831-5.36740.26731510.20872721X-RAY DIFFRACTION100
5.3674-5.90670.27821430.2222713X-RAY DIFFRACTION100
5.9067-6.75950.26021390.25262739X-RAY DIFFRACTION100
6.7595-8.50880.26421470.22272773X-RAY DIFFRACTION100
8.5088-48.64850.23771510.20132865X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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