[日本語] English
万見
- PDB-5b5k: Crystal structure of Izumo1, the mammalian sperm ligand for egg Juno -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5k
タイトルCrystal structure of Izumo1, the mammalian sperm ligand for egg Juno
要素Izumo sperm-egg fusion protein 1
キーワードCELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG RECEPTOR / GAMETE ADHESION / SPERM-EGG MEMBRANE FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / heterotypic cell-cell adhesion / single fertilization / acrosomal vesicle / membrane => GO:0016020 / cell adhesion ...Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / heterotypic cell-cell adhesion / single fertilization / acrosomal vesicle / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / signaling receptor binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Izumo sperm-egg fusion protein / Izumo protein, immunoglobulin domain / Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Izumo sperm-egg fusion, Ig domain-associated / Izumo-like Immunoglobulin domain / Immunoglobulin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Izumo sperm-egg fusion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nishimura, K. / Han, L. / De Sanctis, D. / Jovine, L.
資金援助 スウェーデン, 6件
組織認可番号国
Karolinska Institutet スウェーデン
Swedish Research Council2012-5093 スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation for Research in Natural Sciences and Medicine スウェーデン
Sven and Ebba-Christina Hagberg foundation スウェーデン
EMBO Young Investigator
European Research Council under the European Union's Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013)ERC 260759
引用
ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2016
タイトル: The structure of sperm Izumo1 reveals unexpected similarities with Plasmodium invasion proteins.
著者: Nishimura, K. / Han, L. / Bianchi, E. / Wright, G.J. / de Sanctis, D. / Jovine, L.
#1: ジャーナル: Curr. Biol. / 年: 2016
タイトル: Divergent evolution of vitamin B9 binding underlies Juno-mediated adhesion of mammalian gametes.
著者: Han, L. / Nishimura, K. / Sadat Al Hosseini, H. / Bianchi, E. / Wright, G.J. / Jovine, L.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Juno is the egg Izumo receptor and is essential for mammalian fertilization.
著者: Bianchi, E. / Doe, B. / Goulding, D. / Wright, G.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: The immunoglobulin superfamily protein Izumo is required for sperm to fuse with eggs.
著者: Inoue, N. / Ikawa, M. / Isotani, A. / Okabe, M.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7923
ポリマ－27,3321
非ポリマー4602
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.280, 103.280, 139.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo


分子量: 27332.318 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Izumo1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D9J7
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: Square plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2 M Ammonium formate pH 6.6, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.84 Å / Num. obs: 13389 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 59.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1948 / Net I/σ(I): 12.13
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2296 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDS20151015データ削減
XDS20151015データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JK9

5jk9


解像度: 2.5→43.84 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 670 5.01 %
Rwork0.2565 --
obs0.2577 13384 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1932 0 0 28 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8092679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0331203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.6930.40541300.37112473X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.9640.32861330.34782509X-RAY DIFFRACTION100
2.964-3.39270.36691320.31382509X-RAY DIFFRACTION100
3.3927-4.27390.28011330.24372543X-RAY DIFFRACTION100
4.2739-43.84690.2221420.20832680X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4150.1886-3.61330.03-0.04813.16520.1326-0.1940.03720.0556-0.0412-0.0229-0.07460.21910.00030.5918-0.0048-0.01190.5528-0.00520.60930.531841.829532.5578
23.108-0.5549-0.5832.4521-0.38482.093-0.04810.0193-0.09440.08450.02330.34530.0828-0.17370.00010.6185-0.0755-0.0220.562-0.00250.5399-5.882342.020757.5589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 22 through 160 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 161 through 256 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る