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万見
- PDB-5b5i: The crystal structure of a crustacean hyperglycemic hormone precu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5i
タイトルThe crystal structure of a crustacean hyperglycemic hormone precursor from the kuruma prawn
要素Crustacean hyperglycemic hormones 1
キーワードHORMONE / crustacea / hyperglycemic / neuropeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide hormone activity / neuropeptide signaling pathway / circadian rhythm / glucose metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hyperglycemic hormone type 1 / Hyperglycemic hormone / Crustacean neurohormone, conserved site / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone superfamily / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone family / Arthropod CHH/MIH/GIH neurohormones family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Crustacean hyperglycemic hormones 1
類似検索 - 構成要素
生物種Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Tsutsui, N. / Nagata, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sport, Science and Technology of Japan25850143 日本
Ministry of Education, Culture, Sport, Science and Technology of Japan15K07576 日本
Suntory Institute for Bioorganic Research 日本
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a crustacean hyperglycemic hormone (CHH) precursor suggests structural variety in the C-terminal regions of CHH superfamily members.
著者: Tsutsui, N. / Sakamoto, T. / Arisaka, F. / Tanokura, M. / Nagasawa, H. / Nagata, K.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crustacean hyperglycemic hormones 1
B: Crustacean hyperglycemic hormones 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0493
ポリマ－17,0032
非ポリマー461
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.679, 55.793, 55.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Crustacean hyperglycemic hormones 1 / Pej-SGP-I


分子量: 8501.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15980
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8-1.0 M NaCl, 50 mM potassium sodium tartrate, 50 mM tartaric acid, 5% ethanol, 25% 1,2-ethanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 16354 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 38.72
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.599→7.944 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 847 5.18 %
Rwork0.1894 --
obs0.1902 16354 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→7.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1099 0 3 26 1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9441536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.107699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5993-1.69860.14821400.141325282668
1.6986-1.82820.15391690.148225202689
1.8282-2.00950.17191370.156725732710
2.0095-2.29410.16961340.170425622696
2.2941-2.86760.23431460.195425832729
2.8676-7.94440.24291210.213527412862

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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