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- PDB-5b5b: Crystal structure of VDR-LBD complexed with 2-methylidene-26,27-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5b
タイトルCrystal structure of VDR-LBD complexed with 2-methylidene-26,27-diphenyl-19-nor-1,25-dihydroxyvitamin D3
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / vitamin D3 / VDR / VDRE / RXR / co-factors / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / Nuclear Receptor transcription pathway / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of hepatocyte proliferation / phosphate ion transmembrane transport / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / response to aldosterone / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / negative regulation of ossification / nuclear thyroid hormone receptor binding / lens development in camera-type eye / intestinal absorption / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / histone acetyltransferase binding / negative regulation of neuron differentiation / LBD domain binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / RSV-host interactions / erythrocyte development / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / regulation of calcium ion transport / nuclear steroid receptor activity / monocyte differentiation / general transcription initiation factor binding / animal organ regeneration / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / ubiquitin ligase complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / heterochromatin / retinoic acid receptor signaling pathway / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / T-tubule / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of erythrocyte differentiation / animal organ morphogenesis / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / skeletal system development / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / chromatin DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / liver development / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AKX / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Kato, A. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2016
タイトル: Helix12-Stabilization Antagonist of Vitamin D Receptor
著者: Kato, A. / Itoh, T. / Anami, Y. / Egawa, D. / Yamamoto, K.
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
D: Vitamin D3 receptor
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4706
ポリマ－64,3324
非ポリマー1,1382
水5,513306
1
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7353
ポリマ－32,1662
非ポリマー5691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
2
D: Vitamin D3 receptor
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7353
ポリマ－32,1662
非ポリマー5691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.060, 41.490, 83.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-736-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 116-164, 212-423 / 変異: 165-211 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 640-652 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-AKX / (1R,3R)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-7a-methyl-1-[(2R)-6-oxidanyl-7-phenyl-6-(phenylmethyl)heptan-2-yl]-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-2-methylidene-cyclohexane-1,3-diol / 2-methylidene-26,27-diphenyl-19-nor-1,25-dihydroxy vitamin D3 / (7E)-10-デメチル-26,27-ジフェニル-2-メチレン-9,10-セココレスタン-5,7-ジエン-1α,3β,(以下略)


分子量: 568.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.14 Å / Num. obs: 30998 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→30.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.882 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22991 1529 4.9 %RANDOM
Rwork0.17999 ---
obs0.18251 29468 85.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.549 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å2-0 Å2-0.55 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 84 306 4470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6472.0055764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86139594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1735505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70524.516186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79315768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3971523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0892.2342038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0892.2332037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2883.3212537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2883.3232538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6462.5462218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6452.5482219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2173.693228
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.42618.3775085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.39618.14985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 91 -
Rwork0.228 1942 -
obs--76.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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