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- PDB-5b4x: Crystal structure of the ApoER2 ectodomain in complex with the Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4x
タイトルCrystal structure of the ApoER2 ectodomain in complex with the Reelin R56 fragment
要素
  • Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e
  • Reelin
キーワードSIGNALING PROTEIN/ENDOCYTOSIS / signal transduction / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-ENDOCYTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ammon gyrus development / spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of synaptic activity ...ammon gyrus development / spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of synaptic activity / interneuron migration / positive regulation of CREB transcription factor activity / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic density assembly / reelin receptor activity / regulation of behavior / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / ventral spinal cord development / positive regulation of synapse maturation / high-density lipoprotein particle binding / layer formation in cerebral cortex / motor neuron migration / receptor localization to synapse / low-density lipoprotein particle receptor activity / NMDA glutamate receptor clustering / glial cell differentiation / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cellular response to cholesterol / protein localization to synapse / reelin-mediated signaling pathway / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synapse maturation / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / cargo receptor activity / microtubule associated complex / regulation of neuron differentiation / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / response to pain / Platelet sensitization by LDL / regulation of innate immune response / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / associative learning / dendrite development / kinesin binding / apolipoprotein binding / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of TOR signaling / long-term memory / membrane => GO:0016020 / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / forebrain development / serine-type peptidase activity / extracellular matrix / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / axon guidance / hippocampus development / central nervous system development / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / cytokine-mediated signaling pathway / brain development / cell morphogenesis / cellular response to growth factor stimulus / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / caveola / lipid metabolic process / long-term synaptic potentiation / endocytosis / neuron migration / calcium-dependent protein binding / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / amyloid-beta binding / regulation of gene expression / : / regulation of apoptotic process / chemical synaptic transmission / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell adhesion / receptor ligand activity / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / glutamatergic synapse / cell surface / signal transduction / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. ...Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / : / Calcium-binding EGF domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Sialidase superfamily / Galactose-binding domain-like / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e / Low-density lipoprotein receptor-related protein 8 / Reelin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yasui, N. / Hirai, H. / Yamashita, K. / Takagi, J. / Nogi, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
JSPS22247010 日本
JSPS20770084 日本
JSPS05J09821 日本
MEXT17082004 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ectodomain from a LDLR close homologue in complex with its physiological ligand.
著者: Hirai, H. / Yasui, N. / Yamashita, K. / Tabata, S. / Yamamoto, M. / Takagi, J. / Nogi, T.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reelin
B: Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e
C: Reelin
D: Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,61825
ポリマ－290,8704
非ポリマー1,74721
水00
1
A: Reelin
B: Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,41913
ポリマ－145,4352
非ポリマー98411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area55860 Å2
手法PISA
2
C: Reelin
D: Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,19812
ポリマ－145,4352
非ポリマー76310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area56600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.951, 205.951, 169.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Reelin / Reeler protein


分子量: 81786.039 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1948-2662 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Reln, Rl
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q60841, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 Low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor, isoform CRA_e / LRP-8 / Apolipoprotein E receptor 2


分子量: 63649.109 Da / 分子数: 2 / 断片: ApoER2 ectodomain (UNP RESIDUES 42-607) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP8, hCG_33395
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: D3DQ39, UniProt: Q14114*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11-12.5%(wt./vol.) PEG 3350 200-250mM sodium thiocyanate, 20mM HEPES-Na (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.52 Å / Num. obs: 67441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→49.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 20.108 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.451
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25481 3467 5.1 %RANDOM
Rwork0.19999 ---
obs0.20277 63926 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 99.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å22.07 Å20 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3----6.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18806 0 86 0 18892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01919507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.9526425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.94252369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44624.159945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.674153055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.21515120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 261 -
Rwork0.26 4736 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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